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Matched-Pair-Analyse: Tabellierung der t-Statistiken; mehrere Y-Antworten

Hallo JMP-Community,

 

Für den Kontext und für den Fall, dass dies bei der Google-Indexierung hilfreich ist: Dies ist ein Anwendungsfall aus einem proteomischen Experiment, und die einzelnen „Messungen“ in der beigefügten Beispieldatei stellen einzelne Peptidmessungen dar.   

 

Die Matched-Pair-Analyse gibt mir bereits die Antwort, die ich brauche ( Matched-Pairs-Analyse (jmp.com))

• Gruppieren nach „GroupBy“
• Zwei Bedingungen gleichzeitig abgleichen (z. B. Drug00 vs. Drug01, Drug00 vs. Drug02, Drug00 vs. Drug03)

 

Da ich jedoch eigentlich nur den p-Wert des zweiseitigen t-Tests benötige, muss ich derzeit Folgendes tun:

• Durchgehen Analysieren >> Spezialisierte Modellierung >> Passende Paare
• Wählen Sie zwei Y-Spalten gleichzeitig aus (z. B. Drug00 und Drug01).
• durch die Spalte Gruppiere nach
• Warten Sie auf die Ausgabe mit Diagrammen und allen t-Statistiken
• Machen Kombinierte Datentabelle
• Sortieren nach Spalte 4
• Scrollen Sie nach unten zu „ Wahrscheinlich > |t| "
• Wählen Sie alle Zeilen mit „Prob > |t|“ aus. in Spalte 4
• Auswahl umkehren und dann ausgewählte Zeilen löschen

Frage 1:

Gibt es eine Möglichkeit, über JSL oder auf andere Weise einfach alle statistischen Ausgaben (z. B. mittlere Differenz, Standardfehler, obere/untere 95 %, Wahrscheinlichkeit > |t|) tabellarisch aufzulisten, oder noch besser, einfach Wahrscheinlich > |t| ?Ich weiß nicht, wie ich anfangen soll, da ich im Gegensatz zum Graph Builder nicht herausfinden kann, wie man „Skript speichert“.

 

Frage 2:

Die Lösung von „Frage 1“ wäre für mich schon ein großer Schritt, aber gibt es eine Möglichkeit, mehrere Matched-Pair-Analysen durchzuführen (d. h Drug00 gegen Drug01 , Drug00 vs. Drug02 , Drug00 vs. Drug03 )?

Analysieren >> Screening >> Antwort-Screening scheint das zu sein, wonach ich suche.Starten Sie die Response Screening-Plattform (jmp.com)

• Droge01 , Droge02 , Und Droge03 als Y, Antwort
• Drug00 als X
• Gruppierung von Gruppiere nach
• Geprüft: PValues-Tabelle beim Start Und Gepaart X und Y

Allerdings ist mir nicht klar, was das ist PValue Spalte in der Ausgabe darstellt.

zusätzlich PValue aus dem Antwort-Screening-Workflow entspricht keinem der ein- oder zweiseitigen p-Werte, die ich durch den erhalte, und scheint kleiner zu sein als diese Matched-Pair-Analyse Arbeitsablauf; Die Wahrscheinlich > |t| Werte aus dem Matched-Pair-Analyse Der Arbeitsablauf erscheint vernünftiger.

 

Danke für deinen Rat.

Datenmischung und -bereinigungWindowsBetreff: Matched-Pair-Analyse: Tabellieren Sie die t-Statistiken; mehrere Y-Antworten

Danke für die Einzelheiten.OK...um das gemischte Modell wie beschrieben zu verwenden, müssen Sie zuerst die Daten stapeln. Am Ende gibt es vier Spalten: GroupBy (Zeichen, nominal), Measurement (Zeichen, nominal), Drug (Zeichen, nominal) und die Peptidmessung (numerisch, kontinuierlich). Wenn Sie die Fit Model-Plattform verwenden, ist Y Ihre Peptidmessung und geben Sie dann Arzneimittel und Messung als Modelleffekte ein. Geben Sie GroupBy als Ihre „By“-Variable ein.Stellen Sie dann mithilfe des Pulldown-Dreiecks „Attribute“ die Messung auf „Zufälliger Effekt“ ein (und lassen Sie „Unbegrenzte Varianzkomponenten“ aktiviert, wobei „Hervorhebung“ auf „Effekt-Screening“ eingestellt ist). Dies ist ein gemischtes Modell; es wird gemischt genannt, weil es feste Wirkungen (Medikament) enthält Und zufällige Effekte (Messung).Es handelt sich „einfach“ um ein Zwei-Wege-ANOVA-Modell ... a gemischt Zweiwege-ANOVA-Modell.

FWIW, hier ein paar Details: https://www.lexjansen.com/pharmasug/2004/Posters/PO05.pdf

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Betreff: Matched-Pair-Analyse: Tabellieren Sie die t-Statistiken; mehrere Y-Antworten

Danke für den Vorschlag, @MRB3855 .

Ich gebe zu, dass ich mit Mixed Model oder Fit Model nicht vertraut bin.

1) Ja, wir können von Homoskedastizität ausgehen, wenn Sie meinen, dass wir die gleiche Variabilität erwarten, unabhängig von der Größe der Werte in den Spalten Drug00/Drug01/Drug02/Drug03 (z. B. ist keine Protokollierung der Transformation erforderlich).

2) Ich habe das Attribut für „Messung“ in „Numerisch, kontinuierlich“ geändert, aber ich verstehe die Ergebnisse nicht (im Anhang).

• Vielleicht war mir nicht klar: bei der Durchführung des Spezialisierte Modellierung >> Matched Pairs , wir füllen das „ Von „Box mit der Spalte“ Gruppiere nach " ( nicht „X-Gruppierung“. ").

 

Könnten Sie mir in diesem Zusammenhang Hinweise geben, welcher der Modelltypen der „Matched Pairs“-Analyse entspricht, falls Sie sich darauf beziehen?Danke.

Überblick über die Fit Model Plattform (jmp.com)

Betreff: Matched-Pair-Analyse: Tabellieren Sie die t-Statistiken; mehrere Y-Antworten

Wenn ich Ihre Frage richtig verstehe, handelt es sich bei der umfassenderen Analyse um ein gemischtes Modell. Ihr Datensatz enthält drei Spalten. GroupBy (Zeichen, nominal), Drug (Zeichen, nominal) und die Peptidmessung (numerisch, kontinuierlich).Wenn Sie die Fit Model-Plattform verwenden, ist Y Ihre Peptidmessung und geben Sie dann Drug und GroupBy als Modelleffekte ein.Stellen Sie dann mithilfe des Pulldown-Dreiecks „Attribute“ GroupBy auf „Zufälliger Effekt“ ein (und lassen Sie „Unbegrenzte Varianzkomponenten“ aktiviert, wobei „Emphasis“ auf „Effekt-Screening“ eingestellt ist).Unter Berücksichtigung der üblichen Annahmen zur Homoskedastizität usw. handelt es sich hierbei um eine verallgemeinerte Version der Matched-Pairs-Analyse, die sich auf zwei oder mehr Gruppen (in Ihrem Fall Drogen) erstreckt. Tatsächlich können Sie dies überprüfen, indem Sie dieses gemischte Modell mit nur zwei der Medikamente anwenden. Die Ergebnisse sind identisch mit den Matched-Pairs-Ergebnissen für diese beiden Medikamente. Die Verwendung dieses gemischten Modells bietet viele Vorteile. Dazu gehören: Mehr Leistung für jeden Vergleich und alle Möglichkeiten der Fit-Modell-Plattform stehen Ihnen zur Verfügung (mehrere Vergleiche, Varianzkomponenten usw.).

 

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Betreff: Matched-Pair-Analyse: Tabellieren Sie die t-Statistiken; mehrere Y-Antworten

Die ProteinA-Zeile ist ein Fehler.Löschen Sie einfach die gesamte Zeile.

Betreff: Matched-Pair-Analyse: Tabellieren Sie die t-Statistiken; mehrere Y-Antworten

Habe Ihr Skript mit 133.000 Zeilen und 10 Bedingungen getestet und beide Fragen gelöst.

 

Ich musste es bearbeiten ProteinA , und es wird einige Zeit dauern, später herauszufinden, was das tatsächlich bewirkt.

SendToByGroup( {:GroupBy == "ProteinA"} ),

 

Danke, @txnelson !

Betreff: Matched-Pair-Analyse: Tabellieren Sie die t-Statistiken; mehrere Y-Antworten

Sehen Sie, ob Ihnen das weiterhilft

Names Default To Here( 1 );
dt = Current Data Table();

colNames = dt << get column names( continuous );

// Start final data table
dtFinal = New Table( "Final", New Column( "Comparison", character ) );

For( i = 2, i <= N Items( colNames ), i++,
 platform = Data Table( "Matched_Pair_by_Group" ) <<
 Matched Pairs(
  invisible,
  SendToByGroup( {:GroupBy == "ProteinA"} ),
  Y( colNames[1], colNames[i] ),
  By( :GroupBy )
 );
 Wait( 0 );

    // Make combined data table
 dtCombined = Report( platform[1] )[Table Box( 1 )] << Make Combined Data Table;
 
    // Close report window
 Report( platform[1] ) << Close Window;

    // Keep only the Prob > |t| rows
 dtCombined << select where( :column 4 != "Prob > |t|" );
 dtCombined << delete rows;
 
 // Add the comparison column
 dtCombined << New Column( "Comparison",
  character,
  set each value( colNames[1] || " vs. " || colNames[i] )
 );

    // Add the data table to the Final data table
 dtFinal << concatenate( dtCombined, Append to first table( 1 ) );

    // Delete the Combined table
 Close( dtCombined, nosave );
);