Analisi PCA dei dati nel corso del tempo per produrre una PCA in base all'ID batchCiao,
Ho diversi dati del bioreattore. Ogni bioreattore ha un ID (da 1 a 5) e diverse variabili del profilo temporale (ossigeno disciolto, pH...). Ho 20 variabili per i dati del corso temporale e 10 punti temporali.
Quando eseguo un'analisi PCA, utilizzando le 20 variabili come colonne Y, ottengo un grafico dei punteggi dei dati del bioreattore, il che è positivo. Ciò significa che per ciascun bioreattore ottengo un profilo temporale considerando le 20 variabili, con 10 punti dati per lotto. Ma vorrei anche ottenere un "Batch ID PCA", in cui i dati per ciascun bioreattore sarebbero condensati in un solo punto dati e potrei identificare quali bioreattori sono simili tra loro. Quindi vorrei ottenere un grafico PCA con solo 5 punti dati, in cui questi punti dati considererebbero i (20 * 10 dati per ciascun bioreattore)
Quanto più mi sono avvicinato a raggiungere questo obiettivo è stato attraverso la piattaforma cluster K-means.
Qualsiasi aiuto? Preferibilmente utilizzando i menu JMP anziché lo scripting.
So che un'alternativa sarebbe quella di dividere la mia matrice. Perché il motivo per cui ottengo dati sull'andamento temporale nella mia analisi PCA è perché ho la mia tabella dati come colonna 1= ID; Colonna 2=ora; Colonne 3-20=Variabili.
Se potessi creare solo una riga per ciascun lotto, l'analisi PCA mi darebbe quello che voglio. Ho provato a dividere i miei dati, ma non ho avuto successo.Se potessi convertire la mia tabella dati nella colonna 1= ID; colonna 2-201 - punti dati, credo che l'analisi PCA mi darebbe quello che voglio.
Come posso convertire la mia tabella dati corrente nelle 200 nuove colonne? (21 prime colonne sarebbero l'ora 1, i valori per le 20 variabili per l'ora 1; 21 colonne successive sarebbero l'ora 2 e i valori per le 20 variabili per l'ora 2 e così via).
Grazie molto
Ri: Analisi PCA dei dati nel corso del tempo per produrre una PCA in base all'ID batchCIAO @gzmorgan0 ,
Grazie mille per la tua risposta!
Apprezzo il tuo contributo riguardo all'analisi visiva. In effetti questo è il mio primo passo, osservare i dati e trovare modelli e profili strani.
Tuttavia, per questo avrei davvero bisogno di eseguire la PCA come ho descritto e sfortunatamente non ho gli stessi tempi per ogni batch. Quindi qualche altro suggerimento? Altrimenti immagino che esporterò semplicemente i dati in Excel e farò un batch per riga nel vecchio e noioso modo!
Grazie mille per il tuo contributo
Ri: Analisi PCA dei dati nel corso del tempo per produrre una PCA in base all'ID batch@UMIDO ,
In allegato c'è un sottoinsieme della tabella dati Fermentation Process.jmp Se dividi le colonne Y in base al tempo (presumo che tu abbia gli stessi valori temporali), puoi creare la tabella dati che descrivi.
Data Table( "Subset of Fermentation Process" ) <<
Split(
Split By( :Time ),
Split( :Ethanol, :Temp, :Molasses Feed, :NH3 Feed, :Air, :Tank Level, :pH ),
Group( :BatchID ),
Remaining Columns( Drop All ),
Sort by Column Property
);
Tuttavia, sono un convinto sostenitore dell'analisi visiva e la consiglio come prima analisi se il set di dati non è troppo grande, prima di altri modelli.
Quindi, prima del tuo PCA, ti suggerisco di tracciare ciascuna delle tue 20 variabili in base al tempo utilizzando l'ID come variabile di sovrapposizione e colore in GraphBuilder per avere un'intuizione dei modelli temporali e della coerenza dei reattori. Se disponi di JMP PRO FDE, crea questi grafici oltre a metodi in grado di ridimensionare, filtrare e allineare i tuoi dati (deformazione temporale), il che è fantastico.Tuttavia, l'analisi visiva può potenzialmente portare a variabili discriminanti più intuitive rispetto agli autovettori. Considera il grafico Feed NH3 rispetto al tempo riportato di seguito. BatchID 6, 29, 33 e 47 hanno modelli temporali diversi, in particolare prima dell'ora 1.5 e dopo l'ora 7.Una metrica di stabilità iniziale e stabilità finale potrebbe essere un migliore predittore per le metriche di qualità e spesso è più facilmente spiegabile ad altri non esperti di PCA.
Solo alcuni suggerimenti. Buona fortuna!
Ri: Analisi PCA dei dati nel corso del tempo per produrre una PCA in base all'ID batchCiao,
Grazie per la risposta. Purtroppo non ho JMP Pro. Qualche altro suggerimento?
Migliore,
Ri: Analisi PCA dei dati nel corso del tempo per produrre una PCA in base all'ID batchHai visto cosa? Esplora dati funzionali può fare? Questa documentazione include un esempio di fermentazione di biocarburanti rilevante per il tuo caso.
