PCA-Analyse von Zeitverlaufsdaten, um eine PCA nach Chargen-ID zu erhaltenHallo,
Ich habe mehrere Bioreaktordaten. Jeder Bioreaktor hat eine ID (1 bis 5) und mehrere Zeitverlaufsprofilvariablen (gelöster Sauerstoff, pH...). Ich habe 20 Variablen für die Zeitverlaufsdaten und 10 Zeitpunkte.
Wenn ich eine PCA-Analyse durchführe und die 20 Variablen als Y-Spalten verwende, erhalte ich ein Score-Plot der Bioreaktordaten, was gut ist. Das heißt, für jeden Bioreaktor erhalte ich ein Zeitverlaufsprofil unter Berücksichtigung der 20 Variablen mit 10 Datenpunkten pro Charge. Ich möchte aber auch eine "Batch ID PCA" erhalten, in der die Daten für jeden Bioreaktor zu nur einem Datenpunkt verdichtet würden und ich erkennen könnte, welche Bioreaktoren einander ähnlich sind. SO möchte ich ein PCA-Diagramm mit nur 5 Datenpunkten erhalten, in dem diese Datenpunkte die (20 * 10 Daten für jeden Bioreaktor) berücksichtigen würden.
Je näher ich diesem Ziel gekommen bin, desto näher war ich durch die K-Means-Cluster-Plattform.
Irgendeine Hilfe? Verwenden Sie vorzugsweise JMP-Menüs anstelle von Skripten.
Ich weiß, dass eine Alternative darin bestehen würde, meine Matrix zu teilen. Weil der Grund, warum ich Zeitverlaufsdaten in meiner PCA-Analyse erhalte, darin besteht, dass ich meine Datentabelle als Spalte 1 = ID habe; Spalte 2=Zeit; Spalten 3-20=Variablen.
Wenn ich zu jeder Charge nur eine Zeile machen könnte, würde mir die PCA-Analyse geben, was ich will. Ich habe versucht, meine Daten aufzuteilen, aber ich war erfolglos.Wenn ich meine Datentabelle in Spalte 1 konvertieren könnte = ID; Spalte 2-201 - Datenpunkte, ich glaube, die PCA-Analyse würde mir geben, was ich will.
Wie konvertiere ich meine aktuelle Datentabelle in die 200 neuen Spalten? (21 erste Spalten wären Zeit 1, Werte für die 20 Variablen für Zeit 1; 21 nächste Spalten wären Zeit 2 und die Werte für die 20 Variablen für Zeitpunkt 2 und so weiter).
Danke vielmals
Betreff: PCA-Analyse von Zeitverlaufsdaten, um eine PCA nach Chargen-ID zu erhaltenHi @gzmorgan0 ,
Vielen Dank für Ihre Antwort!
Ich weiß Ihren Beitrag zur visuellen Analyse zu schätzen. Das ist in der Tat mein erster Schritt, die Daten zu beobachten und seltsame Muster und Profile zu finden.
Dafür müsste ich die PCA jedoch wirklich so durchführen, wie ich es beschrieben habe, und leider habe ich nicht die gleichen Zeitpunkte für jede Charge. Also irgendein anderer Vorschlag? Andernfalls werde ich die Daten wohl einfach nach Excel exportieren und den einen Stapel pro Zeile auf die alte, langweilige Art und Weise ausführen!
Vielen Dank für Ihren Beitrag
Betreff: PCA-Analyse von Zeitverlaufsdaten, um eine PCA nach Chargen-ID zu erhalten@FEUCHTE ,
Angehängt ist eine Teilmenge der Datentabelle Fermentation Process.jmp Wenn Sie Ihre Y-Spalten nach Zeit aufteilen (ich gehe davon aus, dass Sie dieselben Zeitwerte haben), können Sie die von Ihnen beschriebene Datentabelle erstellen.
Data Table( "Subset of Fermentation Process" ) <<
Split(
Split By( :Time ),
Split( :Ethanol, :Temp, :Molasses Feed, :NH3 Feed, :Air, :Tank Level, :pH ),
Group( :BatchID ),
Remaining Columns( Drop All ),
Sort by Column Property
);
Ich bin jedoch ein überzeugter Verfechter der visuellen Analyse und empfehle sie als erste Analyse, wenn Ihr Datensatz nicht zu groß ist, vor anderen Modellierungen.
Daher schlage ich vor, dass Sie vor Ihrer PCA jede Ihrer 20 Variablen nach Zeit darstellen, indem Sie ID als Überlagerungs- und Farbvariable in GraphBuilder verwenden, um eine gewisse Intuition der Zeitmuster und der Konsistenz der Reaktoren zu erhalten. Wenn Sie JMP PRO FDE hatten, erstellt es diese Diagramme zusätzlich zu Methoden, die Ihre Daten skalieren, filtern und ausrichten können (Zeitverzerrung), was großartig ist.Die visuelle Analyse kann jedoch möglicherweise zu intuitiveren Unterscheidungsvariablen als Eigenvektoren führen. Betrachten Sie das nachstehende Diagramm NH3-Feed vs. Time. BatchID 6, 29, 33 und 47 haben unterschiedliche zeitliche Muster, insbesondere vor Zeit 1,5 und nach Zeit 7.Eine Metrik der Startstabilität und der Endstabilität könnte bessere Prädiktoren für Qualitätsmetriken sein und ist für andere, die sich nicht mit PCA auskennen, oft leichter erklärbar.
Nur ein paar Vorschläge. Viel Glück!
Betreff: PCA-Analyse von Zeitverlaufsdaten, um eine PCA nach Chargen-ID zu erhaltenHallo,
Danke für Ihre Antwort. Leider habe ich kein JMP Pro. Irgendein anderer Vorschlag?
Am besten,
Betreff: PCA-Analyse von Zeitverlaufsdaten, um eine PCA nach Chargen-ID zu erhaltenHast du gesehen, was die Funktionaler Daten-Explorer tun können? Diese Dokumentation enthält ein Beispiel für die Fermentation von Biokraftstoffen, das für Ihren Fall relevant ist.
