Analisi PCA dei dati di andamento temporale per produrre un PCA per Batch IDCiao,
Ho diversi dati sui bioreattori. Ogni bioreattore ha un ID (da 1 a 5) e diverse variabili del profilo temporale (ossigeno disciolto, pH...). Ho 20 variabili per i dati del corso temporale e 10 punti temporali.
Quando eseguo un'analisi PCA, utilizzando le 20 variabili come colonne Y, ottengo un grafico del punteggio dei dati del bioreattore, il che è buono. Ciò significa che per ogni bioreattore ottengo un profilo del corso temporale considerando le 20 variabili, con 10 punti dati per batch. Ma vorrei anche ottenere un "Batch ID PCA", in cui i dati per ciascun bioreattore sarebbero condensati in un solo punto dati e potrei identificare quali bioreattori sono simili tra loro. Quindi vorrei ottenere un grafico PCA con solo 5 punti dati, in cui questi punti dati considererebbero i (20 * 10 dati per ciascun bioreattore)
Più sono stato vicino a raggiungere questo obiettivo attraverso la piattaforma cluster K-means.
Qualsiasi aiuto? Preferibilmente utilizzando i menu JMP anziché lo scripting.
So che un'alternativa sarebbe quella di dividere la mia matrice. Perché il motivo per cui ottengo i dati del corso temporale nella mia analisi PCA è perché ho la mia tabella di dati come colonna 1= ID; Colonna 2=ora; Colonne 3-20=Variabili.
Se potessi fare solo una riga per ogni batch, l'analisi PCA mi darebbe quello che voglio. Ho provato a dividere i miei dati, ma non ho avuto successo.Se potessi convertire la mia tabella di dati nella colonna 1= ID; colonna 2-201 - punti dati, credo che l'analisi PCA mi darebbe quello che voglio.
Come posso convertire la mia tabella di dati corrente nelle 200 nuove colonne? (21 prime colonne sarebbero l'ora 1, i valori per le 20 variabili per l'ora 1; 21 colonne successive sarebbero l'ora 2 e i valori per le 20 variabili per il punto temporale 2 e così via).
Grazie molto
Re: Analisi PCA dei dati di andamento temporale per produrre un PCA per Batch IDCiao @gzmorgan0 ,
Grazie mille per la tua risposta!
Apprezzo il tuo contributo per quanto riguarda l'analisi visiva. In effetti, questo è il mio primo passo, osservare i dati e trovare schemi e profili strani.
Tuttavia, per questo avrei davvero bisogno di fare il PCA come ho descritto e sfortunatamente non ho gli stessi punti temporali per ogni batch. Quindi qualche altro suggerimento? Altrimenti immagino che esporterò i dati in Excel e farò un batch per riga nel vecchio modo noioso!
Grazie mille per il tuo contributo
Re: Analisi PCA dei dati di andamento temporale per produrre un PCA per Batch ID@UMIDO ,
In allegato è un sottoinsieme della tabella di dati Fermentation Process.jmp Se dividi le colonne Y in base al tempo (suppongo che tu abbia gli stessi valori di tempo), puoi creare la tabella di dati che descrivi.
Data Table( "Subset of Fermentation Process" ) <<
Split(
Split By( :Time ),
Split( :Ethanol, :Temp, :Molasses Feed, :NH3 Feed, :Air, :Tank Level, :pH ),
Group( :BatchID ),
Remaining Columns( Drop All ),
Sort by Column Property
);
Tuttavia, credo fermamente nell'analisi visiva e la consiglio come prima analisi se il tuo set di dati non è troppo grande, prima di altri modelli.
Quindi, prima del tuo PCA, ti suggerisco di tracciare ciascuna delle tue 20 variabili in base al tempo usando ID come variabile Overlay e Color in GraphBuilder per avere un'idea dei modelli temporali e della consistenza dei reattori. Se avevi JMP PRO FDE, crea questi grafici oltre a metodi in grado di ridimensionare, filtrare e allineare i tuoi dati (time warping), il che è fantastico.Tuttavia, l'analisi visiva può potenzialmente portare a variabili discriminanti più intuitive rispetto agli autovettori. Considera il grafico NH3 Feed vs.Time di seguito. BatchID 6, 29, 33 e 47 hanno modelli temporali diversi, in particolare prima dell'ora 1.5 e dopo l'ora 7.Una metrica di stabilità iniziale e stabilità finale potrebbe essere predittori migliori per metriche di qualità e spesso sono più facilmente spiegabili ad altri non esperti in PCA.
Solo alcuni suggerimenti. Buona fortuna!
Re: Analisi PCA dei dati di andamento temporale per produrre un PCA per Batch IDCiao,
Grazie per la risposta. Purtroppo non ho JMP Pro. Qualche altro suggerimento?
Migliore,
Re: Analisi PCA dei dati di andamento temporale per produrre un PCA per Batch IDHai visto cos'è Esplora dati funzionali può fare? Questa documentazione include un esempio di fermentazione di biocarburanti rilevante per il tuo caso.
