Análisis PCA de datos de curso de tiempo para producir un PCA por ID de loteHola,
Tengo varios datos del biorreactor. Cada biorreactor tiene un ID (1 a 5) y varias variables de perfil temporal (Oxígeno disuelto, pH...). Tengo 20 variables para los datos de curso de tiempo y 10 puntos de tiempo.
Cuando hago un análisis PCA, usando las 20 variables como columnas Y, obtengo un gráfico de puntuación de los datos del biorreactor, lo cual es bueno. Lo que significa que para cada biorreactor obtengo un perfil de curso de tiempo considerando las 20 variables, con 10 puntos de datos por lote. Pero también me gustaría obtener un "PCA de ID de lote", en el que los datos de cada biorreactor se condensarían en un solo punto de datos, y podría identificar qué biorreactores son similares entre sí. Entonces, me gustaría obtener un gráfico de PCA con solo 5 puntos de datos, en los que estos puntos de datos considerarían (20 * 10 datos para cada biorreactor)
Lo más cerca que he estado de lograr esto fue a través de la plataforma de clústeres K-means.
¿Alguna ayuda? Preferiblemente utilizando menús JMP en lugar de secuencias de comandos.
Sé que una alternativa sería dividir mi matriz. Porque la razón por la que obtengo datos de curso de tiempo en mi análisis de PCA es porque tengo mi tabla de datos como columna 1 = ID; Columna 2=tiempo; Columnas 3-20=Variables.
Si pudiera hacer solo una fila para cada lote, el análisis PCA me daría lo que quiero. He intentado dividir mis datos, pero no he tenido éxito.Si pudiera convertir mi tabla de datos a la columna 1 = ID; columna 2-201 - puntos de datos, creo que el análisis PCA me daría lo que quiero.
¿Cómo convierto mi tabla de datos actual en las 200 columnas nuevas? (Las 21 primeras columnas serían el tiempo 1, los valores de las 20 variables para el tiempo 1; las 21 columnas siguientes serían el tiempo 2 y los valores de las 20 variables para el punto de tiempo 2, y así sucesivamente).
Muchas gracias
Re: Análisis de PCA de datos de curso de tiempo para generar un PCA por ID de loteHola @gzmorgan0 ,
¡Muchas gracias por tu respuesta!
Agradezco su aporte con respecto al análisis visual. De hecho, ese es mi primer paso, observar los datos y encontrar patrones y perfiles extraños.
Sin embargo, para esto realmente necesitaría hacer el PCA como lo describí y, lamentablemente, no tengo los mismos puntos de tiempo para cada lote. Entonces, ¿alguna otra sugerencia? De lo contrario, supongo que solo exportaré los datos a Excel y haré un lote por fila de la manera antigua y aburrida.
Muchas gracias por su contribución
Re: Análisis de PCA de datos de curso de tiempo para generar un PCA por ID de lote@HÚMEDO ,
Se adjunta un subconjunto de la tabla de datos Fermentation Process.jmp Si divide sus columnas Y por tiempo (supongo que tiene los mismos valores de tiempo), puede crear la tabla de datos que describe.
Data Table( "Subset of Fermentation Process" ) <<
Split(
Split By( :Time ),
Split( :Ethanol, :Temp, :Molasses Feed, :NH3 Feed, :Air, :Tank Level, :pH ),
Group( :BatchID ),
Remaining Columns( Drop All ),
Sort by Column Property
);
Sin embargo, creo firmemente en el análisis visual y lo recomiendo como primer análisis si su conjunto de datos no es demasiado grande, antes de otros modelos.
Entonces, antes de su PCA, le sugiero que trace cada una de sus 20 variables por tiempo usando ID como una variable de superposición y color en GraphBuilder para tener una idea de los patrones de tiempo y la consistencia de los reactores. Si tenía JMP PRO FDE, crea estos gráficos además de métodos que pueden escalar, filtrar y alinear sus datos (distorsión de tiempo), lo cual es excelente.Sin embargo, el análisis visual puede conducir potencialmente a variables de discriminación más intuitivas que los vectores propios. Considere el diagrama de NH3 Feed vs.Time a continuación. BatchID 6, 29, 33 y 47 tienen diferentes patrones temporales, especialmente antes del tiempo 1.5 y después del tiempo 7.Una métrica de estabilidad inicial y estabilidad final podría ser un mejor predictor de las métricas de calidad y, a menudo, es más fácil de explicar para otras personas que no estén versadas en PCA.
Solo algunas sugerencias. ¡Buena suerte!
Re: Análisis de PCA de datos de curso de tiempo para generar un PCA por ID de loteHola,
Gracias por su respuesta. Lamentablemente no tengo JMP Pro. ¿Alguna otra sugerencia?
Mejor,
Re: Análisis de PCA de datos de curso de tiempo para generar un PCA por ID de lote¿Has visto lo que Explorador de datos funcionales ¿puede hacer? Esta documentación incluye un ejemplo de fermentación de biocombustibles que es relevante para su caso.
