Questo caso di studio si concentra su come utilizzare JMP Pro 17 per l'analisi dei dati "omici", in particolare i dati di espressione dell'mRNA. Esamina principalmente il flusso di lavoro di espressione genica differenziale (DGE).Questo tipo di analisi è tipico dei Biologi Molecolari/Biochimici/Ricercatori di Biomarcatori.
Questo caso di studio può essere utilizzato per fornire demo ai clienti da SE per coloro che sono interessati ad analizzare i dati 'omici nei settori della ricerca sugli animali/agricoltura. È progettato in modo da poter mostrare solo le funzionalità richieste dal cliente (utilizzare il metodo Great Demo!) ma anche nel contesto dell'intero flusso di lavoro analitico di analisi di questo tipo di dati. Se provi a provare tutte le funzionalità, ci vorrà più di un'ora poiché ci sono molte funzionalità utilizzate.
Il diario incluso contiene output e pulsanti di script per eseguire l'analisi in ogni fase. Esistono anche pulsanti di script che eseguono anche alcune attività di manipolazione dei dati.
Viene utilizzato anche il componente aggiuntivo Diagramma di Venn
Cosa è disponibile
- Un diario con un'introduzione al flusso di lavoro, alla domanda scientifica/di ricerca e al set di dati utilizzato
- Progetto JMP che contiene file, journal, risultati di analisi e tabelle di dati
- Il set di dati in modo che tu possa farlo da solo
Perché è utile?
- JMP Genomics come prodotto è stato interrotto all'inizio di quest'anno, quindi abbiamo bisogno di case study per mostrare come eseguire l'analisi 'omica in JMP Pro 17
- Evidenzia inoltre le novità di JMP/JMP Pro 17 per i dati estesi, in particolare nel contesto dei dati "omici"
- Inoltre ha lo scopo di aiutare gli SE a diventare più autosufficienti in determinate demo e parlare di capacità nello "spazio omico"
- L'analisi dei dati nel mondo 'omico può essere orientata allo script/flusso di lavoro o di natura esplorativa. Questo caso di studio si concentrerà sulla natura più esplorativa dell'analisi dei dati e non sull'analisi di tipo "automatizzata" o basata su script. È possibile convertire i passaggi in un flusso di lavoro utilizzando le funzionalità di creazione del flusso di lavoro di JMP Pro 17. Proverò a crearne uno e ad allegarlo a questo caso di studio come prova di concetto nel prossimo futuro.
AVVERTIMENTO! La rivista e il set di dati sono molto ampi rispetto ad altri casi di studio. ~50 MB compressi, 13,5 MB per i dati e 41,6 MB per il journal al di fuori del file .zip. Il set di dati è già compresso utilizzando JMP.
Il diario è nel progetto, ma ho riallegato il file zip per contenere il diario e il set di dati separatamente dal progetto e all'interno del progetto.
Quando scarico il file ZIP, il Journal non c'è.
