Diese Fallstudie konzentriert sich auf die Verwendung von JMP Pro 17 für die Analyse von Omic-Daten, insbesondere von mRNA-Expressionsdaten. Es befasst sich hauptsächlich mit dem Arbeitsablauf der differenziellen Genexpression (DGE).Diese Art der Analyse ist typisch für Molekularbiologen/Biochemiker/Biomarker-Forscher.
Diese Fallstudie kann verwendet werden, um Kunden von SEs Demos für diejenigen bereitzustellen, die an der Analyse von „Omic-Daten“ in den Bereichen Tierforschung/Landwirtschaft interessiert sind. Es ist so konzipiert, dass Sie nur die vom Kunden angeforderten Funktionen zeigen können (verwenden Sie die Methode „Great Demo!“), aber auch im Kontext des gesamten Analyseworkflows zur Analyse dieser Art von Daten. Wenn Sie versuchen, alle Funktionen vorzuführen, wird dies über eine Stunde dauern, da viele Funktionen verwendet werden.
Das mitgelieferte Journal enthält Ausgabe- und Skriptschaltflächen zur Durchführung der Analyse bei jedem Schritt. Es gibt auch Skriptschaltflächen, die ebenfalls einige Datenmanipulationsaufgaben ausführen.
Außerdem kommt das Venn-Diagram-Add-in zum Einsatz
Was ist verfügbar?
- Eine Zeitschrift mit einer Einführung in den Arbeitsablauf, die wissenschaftliche/Forschungsfrage und den verwendeten Datensatz
- JMP-Projekt, das Dateien, Journal, Analyseergebnisse und Datentabellen enthält
- Der Datensatz, damit Sie ihn selbst erstellen können
Warum ist das nützlich?
- JMP Genomics als Produkt wurde Anfang des Jahres eingestellt, daher benötigen wir Fallstudien, um zu zeigen, wie eine Omic-Analyse in JMP Pro 17 durchgeführt wird
- Außerdem wird hervorgehoben, was in JMP/JMP Pro 17 für große Datenmengen neu ist, insbesondere im Zusammenhang mit „Omic-Daten“.
- Darüber hinaus soll es SEs dabei helfen, in bestimmten Demos unabhängiger zu werden und über Fähigkeiten im „Omic-Bereich“ zu sprechen
- Die Datenanalyse in der „Omic-Welt“ kann skript-/workfloworientierter oder explorativer Natur sein. Diese Fallstudie konzentriert sich auf den eher explorativen Charakter der Datenanalyse und nicht auf die „automatisierte“ oder skriptbasierte Analyse. Mithilfe der Workflow-Erstellungsfunktionen von JMP Pro 17 können die Schritte in einen Workflow umgewandelt werden. Ich werde versuchen, eines zu erstellen und es in naher Zukunft als Proof of Concept dieser Fallstudie beizufügen.
WARNUNG! Das Journal und der Datensatz sind im Vergleich zu anderen Fallstudien sehr umfangreich. ~50 MB komprimiert, 13,5 MB für Daten und 41,6 MB für das Journal außerhalb der ZIP-Datei. Der Datensatz ist bereits mit JMP komprimiert.
Das Journal befindet sich im Projekt, aber ich habe die ZIP-Datei erneut angehängt, um das Journal und den Datensatz sowohl getrennt vom Projekt als auch innerhalb des Projekts zu enthalten.
Wenn ich die ZIP-Datei herunterlade, ist das Journal nicht vorhanden.
