Cette étude de cas se concentre sur la façon d'utiliser JMP Pro 17 pour l'analyse de données omiques, en particulier les données d'expression d'ARNm. Il examine principalement le flux de travail de l’expression génique différentielle (DGE).Ce type d'analyse est typique des biologistes moléculaires/biochimistes/chercheurs en biomarqueurs.
Cette étude de cas peut être utilisée pour proposer des démonstrations aux clients par les SE pour ceux qui sont intéressés par l'analyse des données « omiques » dans les domaines de la recherche animale/de l'agriculture. Il est conçu pour que vous puissiez afficher uniquement les capacités demandées par le client (utilisez la méthode Great Demo !), mais également dans le contexte de l'ensemble du flux de travail analytique d'analyse de ce type de données. Si vous essayez de faire une démonstration de toutes les fonctionnalités, cela vous prendra plus d’une heure car de nombreuses fonctionnalités sont utilisées.
Le journal inclus contient des résultats ainsi que des boutons de script pour effectuer l'analyse à chaque étape. Il existe également des boutons de script qui effectuent également certaines tâches de manipulation de données.
Le complément Diagramme de Venn est également utilisé
Ce qui est disponible
- Un journal avec une introduction au flux de travail, à la question scientifique/de recherche et à l'ensemble de données utilisé
- Projet JMP contenant des fichiers, un journal, des résultats d'analyse et des tableaux de données
- L'ensemble de données pour que vous puissiez le faire vous-même
Pourquoi est-ce utile ?
- JMP Genomics en tant que produit a été abandonné plus tôt cette année, nous avons donc besoin d'études de cas pour montrer comment effectuer une analyse 'omique dans JMP Pro 17.
- Il met également en évidence les nouveautés de JMP/JMP Pro 17 pour les données étendues, en particulier dans le contexte des « données omiques ».
- Il vise également à aider les SE à devenir plus autonomes dans les démos données et à parler des capacités dans l'espace « omic ».
- L'analyse des données dans le monde « omique » peut être orientée script/workflow ou de nature exploratoire. Cette étude de cas se concentrera sur la nature plus exploratoire de l'analyse des données et non sur l'analyse de type « automatisée » ou scriptée. On peut convertir les étapes en flux de travail à l'aide des capacités de création de flux de travail de JMP Pro 17. J'essaierai d'en créer un et de le joindre à cette étude de cas comme preuve de concept dans un avenir proche.
AVERTISSEMENT! La revue et l'ensemble des données sont très volumineux par rapport à d'autres études de cas. ~ 50 Mo compressés, 13,5 Mo pour les données et 41,6 Mo pour le journal en dehors du fichier .zip. L'ensemble de données est déjà compressé à l'aide de JMP.
Le journal est dans le projet, mais j'ai ré-attaché le fichier zip pour contenir le journal et l'ensemble de données séparément du projet ainsi qu'au sein du projet.
Lorsque je télécharge le fichier ZIP, le Journal n'est pas là.
