借助 JMP 实现临床和转化生物信息学数据驱动发现的完整循环 (2022-US-EPO-1166)Jennfier Barb，美国国立卫生研究院研究员
Gwenyth R. Wallen，美国国立卫生研究院首席研究员
JMP 已被我们在 NIH 临床中心的跨学科小组用于分析临床研究数据，以测试和开发数据驱动的假设，支持我们的工作台到床边到社区和反向转化模型。 我们将展示抗生素使用与患者特定口腔微生物组之间相关性的工作流程示例可视化。从一个包含 2000 多个罕见病患者抗生素药物使用条目的电子表格开始，以及每个患者口腔微生物组中存在的细菌的单独电子表格，我们创建了整个治疗过程中纵向抗生素使用的可视化程序并将抗生素的使用与口腔微生物组多样性指标相关联。众所周知，使用抗生素会扰乱正常的人类微生物群，但其对口腔微生物群的全球影响仍不清楚。我们描述了如何使用 JMP Graph Builder 工具进一步解释抗生素是否可能影响了这一罕见病患者队列中的口腔微生物组。多年来，JMP 的图形特性一直被用作我们集团内的数据分析工具，并促进了经常被引用的同行评审转化临床研究文章的发表。
你好。
我的姓名是詹妮弗倒钩，和我是A研究科学家
在这国家的研究所的健康临床中心。
我是去到讲话到你今天
关于如何我使用JMP到操纵研究临床药物数据
和如何我曾是有能力的到创建一个出版物质量数字
到展示如何这病人药物是用过的
通过这课程的A治疗协议在这临床中心。
临床数据，
尤其在A研究环境，能是极其嘈杂。
那里是A很多的职员和人员WHO是涉及在研究协议，
和这收藏和贮存的相关的研究数据
是不是总是流线型。
我将要讲话到你关于如何我使用这JMP图形生成器工具
到可视化病人药物处方
通过这课程的A六-月治疗协议
和如何我们是有能力的到可视化什么是称为A香农多样性指数
和关系到这抗生素使用
那是规定的在这病人[听不清 00:00:55]
在这临床研究环境。
我将要去通过如何我创建这插图在JMP
使用四患者和A非常稀有的疾病
那是已注册在这治疗协议。
作为部分的这治疗养生之道的这协议，
这四患者是规定的A范围的抗生素，
合计向上到21不同的类型的药物。
这数据是假如到我在A长的格式，
包括A开始和停止日期的药物行政。
作为你能看这里，我放大进入这第一的数字的这海报。
什么是看着在这里是A快照
的什么一些的这研究数据看喜欢。
在这长的格式，
你看那那里是重复的行的这病人ID
和那里是重复的行的这不同的药物
那这病人已收到期间这治疗协议。
有A很多的冗余这里。
在添加到那，我们有A开始的药物日期
和A停止的药物日期那每个人已收到。
一的这第一的脚步我有到拿之内这JMP数据操纵工具
曾是到编辑这药物姓名所以那它做过不是有所以许多字
在这药物姓名
和还做过不是包括这剂量信息
所以那我们可以使用这
作为一的这轴的这图形那我是去到制作。
在添加到那，我有到查看这日期的病人同意
进入这治疗程序
和到看如果这开始和停止日期的那人的药物行政
跌倒之内这治疗协议。
从那观点然后，我有到归一化每个人的药物开始和停止
所以那大家有A天一和它会全部相应的
到这肯定观点的这治疗协议。
全部的这信息将要是用过的到创造这数字那我将要展示
在这结尾的这。
一次我曾是有能力的到编辑这药物姓名
和创造这归一化药物开始和停止，
我将要然后使用这图形生成器工具。
我还通缉到讲话关于一其他方面
的这特别的研究协议，
和那是这事实那我们通缉到看
在这口服微生物组的这患者在这治疗程序。
什么这方法是那
我们拿样品的每个患者口服舌头刷牙
和然后转换那些进入具体的计数的细菌
那是成立在他们的嘴。
什么我们结束向上想要到做曾是到看在如何这抗生素治疗
通过这治疗协议可能有做作的这口服微生物组。
作为我们知道，
抗生素能彻底改变你的直觉微生物组
和能原因增加和减少
的不同的微生物的多样性在这直觉。
但一问题那有不是到过阐明
是无论或者不是抗生素使用会还影响这口服微生物组。
什么我是显示这里是那
我们有建成A放的剧本之内这JMP
在哪里我们安装那在这工具栏。
我们有A具体的放的剧本那会计算这香农多样性
的这细菌计数在这桌子
联系和这药物的什么我只是显示在这以前的滑动。
后退到这药物桌子，
这第一的步那我拿曾是到打开向上这JMP图形生成器工具。
这第一的事物那我做过曾是到拖和降低
这药物开始和停止日期进入这X-轴作为显示这里。
然后我会去到这酒吧图形工具
和点击那到制作这数据进入A酒吧图形。
这第三步曾是到拖和降低
这实际的抗生素缩短药品姓名
进入这Y-轴。
和然后最后，在命令到创造这图形所以那我可以可视化
这纵期间的药物行政，
我变了这酒吧类型进入库存。
最后，作为我谈过到你早些时候关于这方式
在哪个我们是有能力的到代码这治疗时间的这协议
基于在这药物开始和停止，
我们还是有能力的到分层这抗生素使用
进入这不同的时间观点的这治疗协议作为这里。
现在，全部的这些，
如果你是熟悉的和这JMP图形生成器工具，
是伟大的方法那有所以许多不同的可能性
在如何你能操纵数据到得到A特别的图形那你想。
和最后，一最后的事物我们做过曾是我们拿这病人ID
那曾是在这药物桌子
和有色每个酒吧在这图形经过病人。
这最终的数字看起来喜欢这。
所以什么你看这里是全部的这不同的抗生素
那是规定的在这治疗协议。
你还看时间观点乙,
哪个是这时间观点之间基线和这治疗的这协议，
和时间点C，哪个是这干涉观点
开始在时间观点C，和然后这结尾的这治疗协议。
什么你看这里是A纵酒吧
表明这数量的时间A人曾是在A给予抗生素。
和然后你还看每个的这些不同的酒吧
分层经过病人颜色。
这特别的数字做过结尾向上去进入这出版物，
和它曾是A另一个方式到看在A大的桌子的药物
下载从我们的研究数据库进入A图形化的形式到可视化
全部的这不同的药物
那这病人已收到期间这治疗。
现在，最后，你可能想到问，为什么做我们想到看在这？
一事物的重要性为了我们
曾是到实际上看在这口服微生物的多样性。
作为我提及，
我们是有能力的到拿A分离桌子那相应的到这患者
之内这治疗协议
和计算什么是称为A香农多样性公制。
A更高多样性表示更高口服微生物的多样性，
和A降低指数表明降低微生物的多样性。
从之内跳转,我们是有能力的到叠加
这治疗腿之间时间观点A和乙
和这改变的这多样性公制
从时间观点这开始的这治疗到这结尾的这治疗。
还，是有能力的到看在之内一病人
如何这不同的抗生素通讯员到这。
然后这第二腿的这协议，我们是有能力的到看A轻微反弹
的这多样性指数
在相关性和这数字的抗生素
那是用过的在那治疗腿。
在结论，
我们是有能力的到可视化病人-规定的抗生素
通过这课程的A治疗协议
使用这JMP图形生成器工具。
我们拿A桌子的1,289行的药物受雇在这协议
和创建A简化的图形的可视化。
我们还是有能力的到计算A香农多样性指数
在细菌数据联系和每个人的口服样品。
我们叠加这些二图表，和它允许我们到画结论
在如何这抗生素规定的到每个病人
可能有做作的这口服微生物组的个人在这治疗协议。
最后，我们的团体有用过的这图形化的自然的JMP为了许多年
在A方式到翻译复杂的医疗的研究数据
进入数据-驱动的发现和调查。
这使用的JMP有促进许多出版物
和高度引用研究期刊为了我们的团体。
感谢你为了你的时间今天。
