借助 JMP 實現臨床和轉化生物信息學數據驅動發現的完整循環 (2022-US-EPO-1166)Jennfier Barb，美國國立衛生研究院研究員
Gwenyth R. Wallen，美國國立衛生研究院首席研究員
JMP 已被我們在 NIH 臨床中心的跨學科小組用於分析臨床研究數據，以測試和開發數據驅動的假設，支持我們的工作台到床邊到社區和反向轉化模型。 我們將展示抗生素使用與患者特定口腔微生物組之間相關性的工作流程示例可視化。從一個包含 2000 多個罕見病患者抗生素藥物使用條目的電子表格開始，以及每個患者口腔微生物組中存在的細菌的單獨電子表格，我們創建了整個治療過程中縱向抗生素使用的可視化程序並將抗生素的使用與口腔微生物組多樣性指標相關聯。眾所周知，使用抗生素會擾亂正常的人類微生物群，但其對口腔微生物群的全球影響仍不清楚。我們描述瞭如何使用 JMP Graph Builder 工具進一步解釋抗生素是否可能影響了這一罕見病患者隊列中的口腔微生物組。多年來，JMP 的圖形特性一直被用作我們集團內的數據分析工具，並促進了經常被引用的同行評審轉化臨床研究文章的發表。
你好。
我的姓名是詹妮弗倒鉤，和我是A研究科學家
在這國家的研究所的健康臨床中心。
我是去到講話到你今天
關於如何我使用JMP到操縱研究臨床藥物數據
和如何我曾是有能力的到創建一個出版物質量數字
到展示如何這病人藥物是用過的
通過這課程的A治療協議在這臨床中心。
臨床數據，
尤其在A研究環境，能是極其嘈雜。
那裡是A很多的職員和人員WHO是涉及在研究協議，
和這收藏和貯存的相關的研究數據
是不是總是流線型。
我將要講話到你關於如何我使用這JMP圖形生成器工具
到可視化病人藥物處方
通過這課程的A六-月治療協議
和如何我們是有能力的到可視化什麼是稱為A香農多樣性指數
和關係到這抗生素使用
那是規定的在這病人[聽不清 00:00:55]
在這臨床研究環境。
我將要去通過如何我創建這插圖在JMP
使用四患者和A非常稀有的疾病
那是已註冊在這治療協議。
作為部分的這治療養生之道的這協議，
這四患者是規定的A範圍的抗生素，
合計向上到21不同的類型的藥物。
這數據是假如到我在A長的格式，
包括A開始和停止日期的藥物行政。
作為你能看這裡，我放大進入這第一的數字的這海報。
什麼是看著在這裡是A快照
的什麼一些的這研究數據看喜歡。
在這長的格式，
你看那那裡是重複的行的這病人ID
和那裡是重複的行的這不同的藥物
那這病人已收到期間這治療協議。
有A很多的冗餘這裡。
在添加到那，我們有A開始的藥物日期
和A停止的藥物日期那每個人已收到。
一的這第一的腳步我有到拿之內這JMP數據操縱工具
曾是到編輯這藥物姓名所以那它做過不是有所以許多字
在這藥物姓名
和還做過不是包括這劑量信息
所以那我們可以使用這
作為一的這軸的這圖形那我是去到製作。
在添加到那，我有到查看這日期的病人同意
進入這治療程序
和到看如果這開始和停止日期的那人的藥物行政
跌倒之內這治療協議。
從那觀點然後，我有到歸一化每個人的藥物開始和停止
所以那大家有A天一和它會全部相應的
到這肯定觀點的這治療協議。
全部的這信息將要是用過的到創造這數字那我將要展示
在這結尾的這。
一次我曾是有能力的到編輯這藥物姓名
和創造這歸一化藥物開始和停止，
我將要然後使用這圖形生成器工具。
我還通緝到講話關於一其他方面
的這特別的研究協議，
和那是這事實那我們通緝到看
在這口服微生物組的這患者在這治療程序。
什麼這方法是那
我們拿樣本的每個患者口服舌頭刷牙
和然後轉換那些進入具體的計數的細菌
那是成立在他們的嘴。
什麼我們結束向上想要到做曾是到看在如何這抗生素治療
通過這治療協議可能有做作的這口服微生物組。
作為我們知道，
抗生素能徹底改變你的直覺微生物組
和能原因增加和減少
的不同的微生物的多樣性在這直覺。
但一問題那有不是到過闡明
是無論或者不是抗生素使用會還影響這口服微生物組。
什麼我是顯示這裡是那
我們有建成A放的劇本之內這JMP
在哪裡我們安裝那在這工具欄。
我們有A具體的放的劇本那會計算這香農多樣性
的這細菌計數在這桌子
聯繫和這藥物的什麼我只是顯示在這以前的滑動。
後退到這藥物桌子，
這第一的步那我拿曾是到打開向上這JMP圖形生成器工具。
這第一的事物那我做過曾是到拖和降低
這藥物開始和停止日期進入這X-軸作為顯示這裡。
然後我會去到這酒吧圖形工具
和點擊那到製作這數據進入A酒吧圖形。
這第三步曾是到拖和降低
這實際的抗生素縮短藥品姓名
進入這Y-軸。
和然後最後，在命令到創造這圖形所以那我可以可視化
這縱期間的藥物行政，
我變了這酒吧類型進入庫存。
最後，作為我談過到你早些時候關於這方式
在哪個我們是有能力的到代碼這治療時間的這協議
基於在這藥物開始和停止，
我們還是有能力的到分層這抗生素使用
進入這不同的時間觀點的這治療協議作為這裡。
現在，全部的這些，
如果你是熟悉的和這JMP圖形生成器工具，
是偉大的方法那有所以許多不同的可能性
在如何你能操縱數據到得到A特別的圖形那你想。
和最後，一最後的事物我們做過曾是我們拿這病人ID
那曾是在這藥物桌子
和有色每個酒吧在這圖形經過病人。
這最終的數字看起來喜歡這。
所以什麼你看這裡是全部的這不同的抗生素
那是規定的在這治療協議。
你還看時間觀點乙,
哪個是這時間觀點之間基線和這治療的這協議，
和時間點C，哪個是這干涉觀點
開始在時間觀點C，和然後這結尾的這治療協議。
什麼你看這裡是A縱酒吧
表明這數量的時間A人曾是在A給予抗生素。
和然後你還看每個的這些不同的酒吧
分層經過病人顏色。
這特別的數字做過結尾向上去進入這出版物，
和它曾是A另一個方式到看在A大的桌子的藥物
下載從我們的研究數據庫進入A圖形化的形式到可視化
全部的這不同的藥物
那這病人已收到期間這治療。
現在，最後，你可能想到問，為什麼做我們想到看在這？
一事物的重要性為了我們
曾是到實際上看在這口服微生物的多樣性。
作為我提及，
我們是有能力的到拿A分離桌子那相應的到這患者
之內這治療協議
和計算什麼是稱為A香農多樣性公制。
A更高多樣性表明更高口服微生物的多樣性，
和A降低指數表明降低微生物的多樣性。
從之內跳轉,我們是有能力的到疊加
這治療腿之間時間觀點A和乙
和這改變的這多樣性公制
從時間觀點這開始的這治療到這結尾的這治療。
還，是有能力的到看在之內一病人
如何這不同的抗生素通訊員到這。
然後這第二腿的這協議，我們是有能力的到看A輕微反彈
的這多樣性指數
在相關性和這數字的抗生素
那是用過的在那治療腿。
在結論，
我們是有能力的到可視化病人-規定的抗生素
通過這課程的A治療協議
使用這JMP圖形生成器工具。
我們拿A桌子的1,289行的藥物受僱在這協議
和創建A簡化的圖形的可視化。
我們還是有能力的到計算A香農多樣性指數
在細菌數據聯繫和每個人的口服樣品。
我們疊加這些二圖表，和它允許我們到畫結論
在如何這抗生素規定的到每個病人
可能有做作的這口服微生物組的個人在這治療協議。
最後，我們的團體有用過的這圖形化的自然的JMP為了許多年
在A方式到翻譯複雜的醫療的研究數據
進入數據-驅動的發現和調查。
這使用的JMP有促進許多出版物
和高度引用研究期刊為了我們的團體。
感謝你為了你的時間今天。
