スペクトルツール説明
Spectral Tools は、次の共同作業によるものです。 @JeremyAshと@Bill_Worley 。 スペクトル データまたは関連データ (クロマトグラムなど) を分析するための便利な関数がいくつか用意されています。 ほとんどの機能はすでに JMP で実行できますが、その目的はプロセスを合理化することでした。 これにより、新規ユーザーの参入障壁が低くなり、経験豊富なユーザーにとって日常的なタスクが高速化されることが期待されます。 見るパート1とパート2スペクトル分析ワークフローについて説明したブログの。
使用法
データ例:スペクトルデータセットの例マルテンスら。アナルケム。2003 年 2 月 1 日;75(3):394-404。
スペクトルをインポート:スペクトルをインポートするとき、Spectral Tools は、各スペクトルが 1 つのディレクトリ内の別個のファイルにあると想定します。
スペクトルのインポート > 区切り文字付きテキスト ファイルのインポート:スペクトルは、区切り文字で区切られたテキスト ファイル (.csv または .tsv など) に含めることができます。Spectral Tools は、X 変数が最初の列にあり、Y 変数が 2 番目の列にあると想定します。
スペクトルのインポート > JCAMP-DX ファイルのインポート: JCAMP-DX ファイルの最も単純なバリエーションもサポートされています。これは、圧縮なしで XYDATA=(X++(Y..Y)) 変数リストを含む JCAMP-DX ファイルを意味します。ファイル形式のさまざまなバリエーションでこれをテストしたことはありません。所有者から許可が得られたら、テストしたデータをこの投稿に追加する予定です。
前処理 > 標準正規変量:スペクトルに適用された標準正規変量を使用して新しい列を作成します。データがスタック形式であると仮定します。
前処理 > Savtizky-Golay スムージング:各スペクトルに Savitzky-Golay スムーザーを適用してグラフ ビルダーを起動します。 スムージング パラメーター (ローカル幅) を選択し、レポートの左上にあるボタンを使用してスムージング用の新しい列を作成します。データがスタック形式であると仮定します。JMP 16 以降でのみ使用できます。
グラフビルダーを起動します。比較のために 1 つのスペクトル列または 2 つのスペクトル列のスペクトル線プロットを開始します (前処理の前後など)。 使用したい機能の一部がセットアップされています。 データがスタック形式であると仮定します。
見るこのブログ投稿Savtizky-Golay 派生フィルタ アドインとその使用例について説明します。
免責事項
各起動ダイアログには免責事項が表示されます。 基本的に、これは単なるプロトタイプであると言われています。これは厳密にテストされていないため、エラー処理の点ではあまり役に立ちません。当社では定期的なメンテナンスやサポートを提供するつもりはありません。これは、JMP でのスペクトル分析をより便利にするための最初のステップにすぎません。
とはいえ、ぜひお試しいただき、コメント欄またはメッセージでフィードバックをお寄せいただければ幸いです。 @Bill_Worley 。おそらくアドインに新しい機能を実装する時間はありませんが、将来的に搭載したい機能について聞くと開発に役立ちます。JMP ウィッシュ リストもリクエストに最適な場所です。
Spectral Tools は、次の共同作業によるものです。 @JeremyAshと@Bill_Worley 。 スペクトル データまたは関連データ (クロマトグラムなど) を分析するための便利な関数がいくつか用意されています。
データの視覚化探索的データ分析公共事業Re: スペクトルツールそして、前処理オプションとして忘れていたのは、古典的な平均的なセンタリングとスケーリングも時には良いことです。 正規化 (領域またはピークへの) も役立ちます。
Re: スペクトルツール@JeremyAsh参照濃度を追加するとは、スペクトルを介して分析しようとしている化学物質などの濃度を含む列 (または複数) をアドインに与えることを意味します。 ID、スペクトル列は良いスタートですが、複数の参照値がある場合があり、スペクトルに独自のサンプル名が付いている場合もあります。 または、濃度を ID 列として使用し、同じ濃度で測定値が異なる複数のスペクトルがある場合...
デコンボリューションに関しては、1と2の両方が大きなメリットになると私も思います。 MCR は、時間解決されたデータや順序付けされたデータがある場合に最適です。単一のスペクトルや (タイムリーに) バラバラなスペクトルを解決しようとする場合は、1 の方が効果的かもしれません。 ピーク フィッティングは、スペクトルを扱う際の大きな古典です。
Re: スペクトルツールありがとうございます、実装されるのを楽しみにしています
Re: スペクトルツール@ヴィンチェンツォEPR スペクトルの混合モデリングは、私たちが考えていた 2 のアプリケーションの完璧な例です。非線形で知識に基づいた推測を使用して、ピークの混合物を JMP で適合させることができたという話を聞いて、本当に役立ちました。
1 と 2 の両方が役立つと考えているようですね。1 は、2 について適切な解決策を得るために必要な知識に基づいた推測を提供してくれることが多いためです。私は、同様のタイプのスペクトル (XRD など) をモデル化したことがあり、適切な適合を得るために必要な知識に基づいた推測を得るのに非常に苦労した人を知っています。多くの場合、さまざまな数のコンポーネント、初期化、制約を試行する必要があります。したがって、2 についての私の解釈は、一般的にうまく機能するものを作成するには、ユーザー介入の機会が多いリッチな UI が必要になる可能性があるということです。 ただし、違うと感じた場合はお知らせください。
私たちは 1 と 2 の両方をよりユーザーフレンドリーにすることに間違いなく興味を持っており、お客様のユースケースについて知ることは有益です。
また、MCR の使用例について聞くのも興味深いです。これは他のユーザーからもリクエストされているため、リクエストの記録に追加します。
引き続き提案をしていただき、本当に感謝しています。
Re: スペクトルツールこんにちは、ジェレミー
過去に、1) と 2) の間のことを実行して EPR スペクトルを分析したことがあります。私は、固定数の (事前に定義された) ガウス関数またはローレンツ関数を使用して曲線をフィッティングしていました。 JMP は、ある程度の知識に基づいた初期推測により、安定した適合で適切に動作していました。
SAXS 曲線と UV VIS 曲線もフィッティングしていましたが、それらの場合、混合モデルはあまり役に立ちませんでした。最初のステップとして PCA を使用して曲線を分解し、多変量曲線分解能を使用して速度論モデルに適合するためのより良い分解を作成していましたが、この後のステップではJMPでは不可能でした。
一般に、ケモメトリクスは、多くの方法が利用可能であり、興味深い応用が可能な非常に興味深い分野です。私は、温度と時間が変化して生成される一連のスペクトルを分析することに特に興味があり、同時に発生する独立した現象の数を理解する擬似運動学モデルを作成しようとしていました。
Re: スペクトルツール@フェリ@ヴィンチェンツォデコンボリューションに関して何を探しているのか、もう少し説明してもらえますか?これは多くの場合、1) ピークの検出とピーク面積などのピーク パラメーターの計算、または 2) 本格的な混合モデルをスペクトルに適合させ、基礎となる混合成分を推定することを指します。2 はさらに難しく、混合フィッターでパラメーターを多く調整する必要があるため、他のソフトウェアでは退屈なプロセスになることがよくあります。しかし、これにユーザーの関心が高いかどうかを知るのは良いことです...
Re: スペクトルツール@フェリフィードバックをお寄せいただきありがとうございます。 ワークフローを改善する方法についてのアイデアがあれば助かります。
基準スペクトルを減算することは、アドインの前処理オプションとして簡単に追加できるので、すぐに試してみます。
PLS に関する他の提案を開発に伝えます。私たちはそのようなことを検討してきました。
ただし、最後のリクエストを理解できたかどうかはわかりません。スペクトルに参照濃度を追加するという意味を明確にしていただけますか?
Re: スペクトルツール最近 SpectralTools を使って作業しているとき (とても楽しいです、ありがとう!) 次の 2 つの機能が欠けていました。
- 参照スペクトル (水など) の簡単な減算
- 私はスペクトルから PLS に直接ジャンプするのが好きです。 残念ながら、PLS はワイド テーブル形式でのみ動作し、FDE とは異なり、スタックされたテーブル形式では動作しません。 正しいアンスタック形式を作成するボタンがあればいいですね
参照濃度をスペクトル (PLS の y 変数) に追加する可能性も優れています。
Re: スペクトルツール@joelahn返信が遅れて申し訳ありません。データは csv などの区切りテキスト ファイルに保存されていると仮定していますか?区切りテキスト ファイルの場合、スペクトル ツールは複数のファイル インポーターに合理化されたインターフェイスを提供するだけであり、タスクに使用できるようになります。次のことを試してみてはいかがでしょうか。
1. [ファイル] >> [複数のファイルをインポート] に移動します。
2. ファイルのディレクトリに移動し、インポートするファイルを選択します。
3. ファイル名列が必要な場合は、「ファイル名列を追加」にチェックを入れます。
4. 設定に移動します。ヘッダーセクションにありました。 最初のデータ行を 38 に設定します。ヘッダー行は 37 行目で、1 行です。
5. 「インポート」をクリックします。
この手順は、モックアップしたばかりのテスト データ セットでうまく機能しました。このオプションをアドインに追加するのは簡単なはずなので、これでうまくいく場合は、そのまま実行してみます。リクエストと、必要なものの明確な例をありがとうございます。
Re: スペクトルツールフォルダーにファイルをインポートするときに、X 変数と Y 変数のデータをどの行から開始するかを選択するオプションを提供していただけますか?
FTIR 生データ形式のスペクトル データには、37 行 2 列のファイル記述があります。 したがって、列 #1 には文字ラベルが含まれ、列 #2 には文字と数値の混合値が含まれます。 その後、列 #1&2 の行 #38 以降のすべての行に科学数値形式の数値が表示されます。
つまり、特定の行番号より上のデータをすべて切り捨てて、インポート時にファイル名を含むデータをスタックすることはできますか?
以下にその例を示します。
| レス | 4 |
| 絞り | 開ける |
| ビーム | INT |
| DET | INT1 |
| フィルター | 1.2 |
| 感度 | 1 |
| SYM | SYM |
| UDR | 2 |
| スキャン | 64 |
| X軸ラベル | 波数 |
| YA軸ラベル | 吸光度 |
| タイトル | 吸光度 |
| 点の分離 | 1.93E+00 |
| 開始点番号 | 207 |
| ピークの位置 | 3555 |
| XLラベル | 20402 |
| Yラベル | 20502 |
| ファイルの種類 | 20602 |
| 表示方向 | 20300 |
| ピーク方向 | 20312 |
| X位置(mm) | 0 |
| Y位置(mm) | 0 |
| 半径(mm) | 0 |
| シータ (度) | 90 |
| サイト番号 | 1 |
| 時間 | 06302021_155524 |
| レシピ | アスダッドサッド |
| バックグラウンド | |
| スキャン速度 (kHz) | 5 |
| ベースライン法 | ローカル/部分的/線形 |
| 使用されるスムージング | 間違い |
| 平滑化方法 | 移動平均 |
| スムージングウィンドウの長さ | 3 |
| 多項式次数の平滑化 | 2 |
| 大気補正を使用 | 真実 |
| CO2 基準スペクトル | ReferenceSpectrumCO2_20210617T084605.csv |
| H2O 基準スペクトル | ReferenceSpectrumH2O_20210617T084605.csv |
| 波数 | 吸光度 |
| 3.99263973E+02 | 4.29913431E-02 |
| 4.01192784E+02 | 4.45658502E-02 |
| 4.03121596E+02 | 4.56853577E-02 |
| 4.05050407E+02 | 4.88489802E-02 |
| 4.06979219E+02 | 5.18775801E-02 |
| 4.08908030E+02 | 5.25619803E-02 |
| 4.10836841E+02 | 5.26030929E-02 |
| 4.12765653E+02 | 5.19562901E-02 |
| 4.14694464E+02 | 5.12063073E-02 |
| 4.16623276E+02 | 5.23197525E-02 |
Re: スペクトルツール@ヴィンチェンツォ同意。 スペクトルのデコンボリューションは非常に気の利いたものになるでしょう。
Re: スペクトルツール@ヴィンチェンツォありがとうございます。私たちが求めているのはこのような種類のリクエストです。
Re: スペクトルツールスペクトルデータのデコンボリューション機能も構築すると便利です
Re: スペクトルツール@フェリ、添付されたアップデートは 15.2 で動作するはずです。 Savitsky-Golay スムージングは 16 でのみ使用できることに注意してください。JMP 14 を通じてアドインの下位互換性をテストしました。ありがとうございます。
Re: スペクトルツールありがとう@フェリ。まあ、それはあまり優雅ではありませんでしたね？16に依存するアドインにJSLがあるようです。 16がまだ発送されていないことに気づきませんでした。3月下旬には発売されるはずだと思います。これを 15.2 との下位互換性を持たせるために取り組んでいます。すぐに修正されることを願っています。
Re: スペクトルツールお二人、ありがとう！ 私はスペクトル分析のためのより優れたツールを常に見逃していました。
残念ながら、サンプル データで起動グラフ ビルダーを使用しようとすると、JMP 15.2 がクラッシュします。
Re: スペクトルツールラマンスペクトルをテキストファイルとしてインポートし、JMP でスペクトル分析を行うのに問題があります。 Functional Data Explorer を使用してプロットし、ベースライン補正を実行することができました。 ただし、これらはすべて、波数をプロットに追加することなく行われています。 Matlab でこれの一部を実行しようと考えていますが、JMP でも同様に実行できるはずだと感じています。誰かこれを行う方法を知っていますか？
ありがとう。
