스펙트럼 도구설명
Spectral Tools는 @JeremyAshJMP 그리고 @Bill_Worley . 스펙트럼 데이터 또는 관련 데이터(크로마토그램 등)를 분석하기 위한 몇 가지 편의 기능을 제공합니다. 대부분의 기능은 이미 JMP에서 수행할 수 있지만 의도는 프로세스를 간소화하는 것이었습니다. 이것이 신규 사용자의 진입 장벽을 낮추고 숙련된 사용자의 일상적인 작업을 더 빠르게 만드는 데 도움이 되기를 바랍니다. 보다 1 부 그리고 2 부 스펙트럼 분석 워크플로를 설명하는 블로그의
용법
예시 데이터: 스펙트럼 데이터 세트의 예 Martenset al. 항문 화학.2003년 2월 1일;75(3):394-404.
스펙트럼 가져오기: 스펙트럼을 가져올 때 Spectral Tools는 각 스펙트럼이 단일 디렉토리의 별도 파일에 있다고 가정합니다.
스펙트럼 가져오기 > 구분된 텍스트 파일 가져오기: 스펙트럼은 구분된 텍스트 파일(예: .csv 또는 .tsv)에 있을 수 있습니다.Spectral Tools는 X 변수가 첫 번째 열에 있고 Y 변수가 두 번째 열에 있다고 가정합니다.
스펙트럼 가져오기 > JCAMP-DX 파일 가져오기: JCAMP-DX 파일의 가장 간단한 변형도 지원됩니다.이는 압축이 없고 XYDATA=(X++(Y..Y)) 변수 목록이 있는 JCAMP-DX 파일을 의미합니다.파일 형식의 다른 변형에서 이것을 테스트하지 않았습니다.소유자로부터 허가를 받으면 테스트한 일부 데이터를 이 게시물에 추가할 계획입니다.
전처리 > 표준 정규 변량: 스펙트럼에 적용된 표준 정규 변량으로 새 열을 만듭니다.데이터가 누적 형식이라고 가정합니다.
전처리 > Savtizky-Golay 스무딩: 각 스펙트럼에 Savitzky-Golay 스무더가 적용된 그래프 빌더를 시작합니다. 평활화 매개변수(로컬 너비)를 선택한 다음 보고서 왼쪽 상단에 있는 버튼을 사용하여 평활화에 대한 새 열을 만듭니다.데이터가 누적 형식이라고 가정합니다.JMP 16 이상에서만 사용할 수 있습니다.
그래프 빌더 실행: 비교를 위해 하나의 스펙트럼 열 또는 두 개의 스펙트럼 열에 대한 스펙트럼 선 플롯을 시작합니다(예: 전처리 전과 후). 사용하려는 일부 기능은 자동으로 설정됩니다. 데이터가 누적 형식이라고 가정합니다.
보다 이 블로그 게시물 Savtizky-Golay 파생 필터 애드인 및 시연 사용법.
부인 성명
각 실행 대화 상자에 표시되는 고지 사항이 있습니다. 기본적으로 이것은 프로토타입일 뿐이라고 합니다.이것은 엄격하게 테스트되지 않았으며 오류 처리 측면에서 많은 역할을 하지 않습니다.정기적인 유지 관리나 지원을 제공할 계획은 없으며 이는 JMP에서 스펙트럼 분석을 보다 편리하게 하기 위한 첫 번째 단계일 뿐입니다.
즉, 사용해 보시고 댓글이나 메시지로 피드백을 보내주시면 좋을 것 같습니다. @Bill_Worley .추가 기능에 새 기능을 구현할 시간이 없을 수도 있지만 앞으로 보고 싶은 기능에 대해 듣는 것이 개발에 도움이 될 것입니다.JMP 위시리스트는 또한 요청하기에 좋은 곳입니다.
Spectral Tools는 @JeremyAshJMP 그리고 @Bill_Worley . 스펙트럼 데이터 또는 관련 데이터(크로마토그램 등)를 분석하기 위한 몇 가지 편의 기능을 제공합니다.
데이터 시각화탐색적 데이터 분석유용Re: 스펙트럼 도구그리고 내가 전처리 옵션으로 잊은 것: 고전적인 평균 센터링 및 스케일링도 때때로 좋을 것입니다. 정규화(면적 또는 피크로)도 도움이 될 수 있습니다.
Re: 스펙트럼 도구@JeremyAshJMP 참조 농도를 추가하면 스펙트럼을 통해 분석하려는 화학 물질 등의 농도를 포함하는 Addin에 열(또는 여러 개)을 제공한다는 의미입니다. ID,스펙트럼 열은 좋은 시작이지만 때로는 둘 이상의 참조 값이 있고 스펙트럼에 고유한 샘플 이름이 있을 수 있습니다. 또는 농도를 ID 열로 사용하고 농도는 같지만 측정값이 다른 둘 이상의 스펙트럼이 있는 경우...
deconvolution에 관해서도 1과 2 모두 큰 이점이 될 것이라고 생각합니다. MCR은 시간이 해결된 데이터가 있거나 다른 방법으로 주문한 경우 유용합니다. 1은 단일 스펙트럼 또는 (적시에) 분리된 스펙트럼을 해결하려고 할 때 더 잘 작동할 수 있습니다. 피크 피팅은 스펙트럼을 다룰 때 큰 고전입니다.
Re: 스펙트럼 도구대단히 감사합니다. 이것이 구현되기를 기대합니다.
Re: 스펙트럼 도구@빈센조 EPR 스펙트럼의 혼합 모델링은 우리가 생각했던 2에 대한 응용 프로그램의 완벽한 예입니다.JMP가 비선형에서 교육받은 추측을 통해 피크 혼합을 맞출 수 있었다는 소식을 듣고 정말 도움이 되었습니다.
1과 2가 모두 유용할 것이라고 생각하는 것 같습니다. 1은 종종 2에 대한 좋은 솔루션을 얻는 데 필요한 교육적인 추측을 제공하기 때문입니다.나는 유사한 유형의 스펙트럼(예: XRD)을 모델링한 사람들을 알고 있으며 잘 맞는 데 필요한 교육적인 추측을 얻는 데 많은 어려움을 겪었습니다.다른 수의 구성 요소, 초기화, 제약 조건을 시도해야 하는 경우가 많습니다.그래서 2에서 제가 읽은 것은 일반적으로 잘 작동하는 무언가를 만들려면 사용자 개입을 위한 많은 기회가 있는 풍부한 UI가 필요할 수 있다는 것입니다. 그래도 다르게 느끼시면 알려주세요.
우리는 확실히 1과 2를 모두 사용자 친화적으로 만드는 데 관심이 있으며 사용 사례에 대해 아는 것이 좋습니다.
MCR에 대한 귀하의 사용 사례에 대해 듣는 것도 흥미로울 것입니다. 다른 사용자들도 요청했기 때문입니다. 그래서 요청 기록에 추가하겠습니다!
계속 제안해 주셔서 정말 감사합니다!
Re: 스펙트럼 도구안녕 제레미,
과거에는 1)과 2) 사이에서 EPR 스펙트럼을 분석했습니다.가우시안 또는 로렌츠 함수의 고정된 수(선험적으로 정의됨)를 사용하여 곡선을 피팅하고 있었습니다. JMP는 약간의 교육을 받은 초기 추측과 함께 안정적으로 적합하게 잘 작동했습니다.
나는 또한 SAXS 및 UV VIS 곡선을 피팅하고 있었지만 혼합 모델이 실제로 유용하지 않은 경우 첫 번째 단계로 PCA를 사용하여 곡선을 분해하고 다변량 곡선 분해능을 사용하여 동역학 모델에 맞게 더 나은 분해를 생성했습니다. JMP에서는 불가능했습니다.
일반적으로 chemometrics는 많은 방법을 사용할 수 있고 흥미로운 응용 프로그램이 있는 매우 흥미로운 분야입니다.저는 특히 다양한 온도와 시간을 생성하는 일련의 스펙트럼을 분석하는 데 관심이 있었고 의사 운동학 모델을 만들어 동시에 얼마나 많은 독립적인 현상이 발생하는지 이해하려고 했습니다.
Re: 스펙트럼 도구@펠리 @빈센조 디컨볼루션에 대해 찾고 있는 것이 무엇인지 좀 더 명확하게 설명해 주시겠습니까?이것은 종종 1) 피크를 감지하고 피크 면적과 같은 피크 매개변수를 계산하거나 2) 본격적인 혼합물 모델을 스펙트럼에 맞추고 기본 혼합물 성분을 추정하는 것을 말합니다.2는 더 까다로울 수 있으며 혼합 피팅기에서 많은 매개변수 조정이 필요하기 때문에 다른 소프트웨어에서는 종종 지루한 프로세스입니다.하지만 이에 대한 유저들의 관심이 많다면 알아두면 좋을텐데....
Re: 스펙트럼 도구@펠리 이 피드백에 감사드립니다. 작업 흐름을 개선할 수 있는 방법에 대한 아이디어가 있으면 도움이 될 것입니다!
참조 스펙트럼을 빼는 것은 애드인의 전처리 옵션으로 쉽게 추가할 수 있으므로 곧 다루도록 하겠습니다.
PLS에 대한 귀하의 다른 제안을 개발에 전달하겠습니다.우리는 그런 일을 고려하고 있습니다.
그래도 마지막 요청을 이해했는지 잘 모르겠습니다.스펙트럼에 참조 농도를 추가하여 의미하는 바를 명확히 할 수 있습니까?
Re: 스펙트럼 도구최근 SpectralTools로 작업할 때(지금은 너무 재미있습니다. 감사합니다!), 두 가지 기능이 누락되었습니다.
- 참조 스펙트럼(예: 물)의 쉬운 빼기
- 저는 스펙트럼에서 PLS로 직접 이동하는 것을 좋아합니다. 불행히도 PLS는 FDE와 달리 누적 테이블 형식이 아닌 넓은 테이블 형식에서만 작동합니다. 올바른 스택되지 않은 형식을 만드는 버튼이 있으면 좋을 것입니다.
스펙트럼에 참조 농도를 추가할 수 있는 가능성(PLS의 y 변수)도 좋습니다.
Re: 스펙트럼 도구@joelahn 답변이 늦어 죄송합니다.데이터가 csv와 같은 구분된 텍스트 파일에 저장되어 있다고 가정하고 있습니까?구분된 텍스트 파일의 경우 스펙트럼 도구는 여러 파일 가져오기에 대한 간소화된 인터페이스를 제공하므로 작업을 수행할 수 있어야 합니다.다음을 시도해 보시겠습니까?
1. 파일 >> 여러 파일 가져오기로 이동합니다.
2. 파일 디렉토리로 이동하고 가져올 파일을 선택합니다.
3. 파일 이름 열을 원하는 경우 파일 이름 열 추가를 선택합니다.
4. 설정으로 이동합니다.had 헤더 섹션에서. 첫 번째 데이터 라인을 38로 설정합니다. 헤더 라인은 37라인에 있으며 한 라인입니다.
5. 가져오기를 클릭합니다.
이 절차는 방금 만든 테스트 데이터 세트에서 저에게 효과적이었습니다.이 옵션을 애드인에 추가하는 것은 쉬울 것이므로 이것이 효과가 있다면 계속해서 그렇게 할 것입니다.요청과 필요한 것에 대한 명확한 예에 감사드립니다!
Re: 스펙트럼 도구폴더의 파일을 가져올 때 X 및 Y 변수에 대한 데이터를 시작할 라인을 선택하는 옵션을 제공할 수 있습니까?
FTIR 원시 데이터 형식에 대한 스펙트럼 데이터에는 37개의 행과 2개의 파일 설명 열이 있습니다. 따라서 열#1에는 문자 레이블이 있고 열#2에는 문자와 숫자가 혼합된 값이 있습니다. 그 후 열 #1&2의 행 #38에 있는 모든 행은 과학적 숫자 형식의 숫자를 갖게 됩니다.
즉, 가져올 때 특정 행 번호 이상의 모든 데이터와 파일 이름을 포함한 스택 데이터를 잘라낼 수 있습니까?
아래는 이에 대한 예입니다.
| RES | 4 |
| 구멍 | 열려 있는 |
| 빔 | 지능 |
| DET | INT1 |
| 필터 | 1.2 |
| 감광도 | 1 |
| 심 | 심 |
| UDR | 2 |
| 스캔 | 64 |
| X축 레이블 | 파수 |
| Y축 레이블 | 흡광도 |
| 제목 | 흡광도 |
| 포인트 분리 | 1.93E+00 |
| 시작점 번호 | 207 |
| 피크 위치 | 3555 |
| XLabel | 20402 |
| 와이라벨 | 20502 |
| 파일 유형 | 20602 |
| 디스플레이 방향 | 20300 |
| PeakDirection | 20312 |
| X 위치(mm) | 0 |
| Y 위치(mm) | 0 |
| 반경(mm) | 0 |
| 세타(도) | 90 |
| 사이트 번호 | 1 |
| 시간 | 06302021_155524 |
| 레시피 | asdadsadsd |
| 배경 | |
| 스캔 속도(kHz) | 5 |
| 기준선 방법 | 로컬/조각별/선형 |
| 스무딩 사용됨 | 거짓 |
| 스무딩 방법 | 이동 평균 |
| 스무딩 윈도우 길이 | 삼 |
| 다항식 차수 평활화 | 2 |
| 대기 보정 사용 | 진실 |
| CO2 기준 스펙트럼 | ReferenceSpectrumCO2_20210617T084605.csv |
| H2O 기준 스펙트럼 | ReferenceSpectrumH2O_20210617T084605.csv |
| 파수 | 흡광도 |
| 3.99263973E+02 | 4.29913431E-02 |
| 4.01192784E+02 | 4.45658502E-02 |
| 4.03121596E+02 | 4.56853577E-02 |
| 4.05050407E+02 | 4.88489802E-02 |
| 4.06979219E+02 | 5.18775801E-02 |
| 4.08908030E+02 | 5.25619803E-02 |
| 4.10836841E+02 | 5.26030929E-02 |
| 4.12765653E+02 | 5.19562901E-02 |
| 4.14694464E+02 | 5.12063073E-02 |
| 4.16623276E+02 | 5.23197525E-02 |
Re: 스펙트럼 도구@빈센조 동의하다. Spectral deconvolution은 매우 훌륭합니다.
Re: 스펙트럼 도구@빈센조 감사합니다.이것이 우리가 찾고 있는 요청 유형입니다!
Re: 스펙트럼 도구일부 스펙트럼 데이터 디콘볼루션 기능을 구축하는 데 유용할 것입니다.
Re: 스펙트럼 도구@펠리 , 첨부된 업데이트는 15.2에서 작동합니다. Savitsky-Golay 스무딩은 16에서만 사용할 수 있습니다.JMP 14를 통해 이전 버전과의 호환성을 위해 애드인을 테스트했습니다. 감사합니다!
Re: 스펙트럼 도구감사해요 @펠리 .그다지 우아하지 않았죠?추가 기능에 16개 종속 JSL이 있는 것 같습니다. 아직 16개가 배송되지 않았다는 사실을 몰랐습니다.3월 말쯤에 가능할 것 같아요.나는 이것을 15.2와 하위 호환되도록 만들기 위해 노력하고 있습니다.빨리 정상화되길 바랍니다.
Re: 스펙트럼 도구두 분 감사합니다! 나는 항상 스펙트럼 분석을 위한 더 나은 도구를 놓치고 있었습니다.
안타깝게도 샘플 데이터와 함께 시작 그래프 빌더를 사용하려고 하면 JMP 15.2가 충돌합니다.
답변: 스펙트럼 도구라만 스펙트럼을 텍스트 파일로 가져오고 JMP에서 스펙트럼 분석을 수행하는 데 문제가 있습니다. Functional Data Explorer를 사용하여 기준선 수정을 계획하고 수행할 수 있었습니다. 그러나 이 모든 작업은 플롯에 파수를 추가하지 못한 채 수행되었습니다. Matlab에서 이 작업을 수행하려고 생각 중이지만 JMP에서도 수행할 수 있어야 한다고 생각합니다. 이거 어떻게 하는지 아는 사람 있어?
감사합니다.
