스펙트럼 도구설명
Spectral Tools는 @JeremyAshJMP 그리고 @Bill_Worley . 스펙트럼 데이터 또는 관련 데이터(크로마토그램 등)를 분석하기 위한 몇 가지 편의 기능을 제공합니다. 대부분의 기능은 이미 JMP에서 수행할 수 있지만 의도는 프로세스를 간소화하는 것이었습니다. 이를 통해 신규 사용자의 진입 장벽을 낮추고 숙련된 사용자의 일상적인 작업을 더 빠르게 수행할 수 있기를 바랍니다. 보다 1 부 그리고 2 부 스펙트럼 분석 워크플로를 설명하는 블로그.
용법
예시 데이터: 스펙트럼 데이터 세트의 예 Martens et al. 항문 화학.2003년 2월 1일;75(3):394-404.
스펙트럼 가져오기: 스펙트럼을 가져올 때 Spectral Tools는 각 스펙트럼이 단일 디렉토리의 별도 파일에 있다고 가정합니다.
스펙트럼 가져오기 > 구분된 텍스트 파일 가져오기: Spectra는 구분된 텍스트 파일(예: .csv 또는 .tsv)에 있을 수 있습니다.Spectral 도구는 X 변수가 첫 번째 열에 있고 Y 변수가 두 번째 열에 있다고 가정합니다.
스펙트럼 가져오기 > JCAMP-DX 파일 가져오기: JCAMP-DX 파일의 가장 간단한 변형도 지원됩니다.이는 압축이 없고 XYDATA=(X++(Y..Y)) 변수 목록이 있는 JCAMP-DX 파일을 의미합니다.파일 형식의 다양한 변형에서 이것을 테스트하지 않았습니다.소유자로부터 허가를 받으면 이 게시물에 테스트한 일부 데이터를 추가할 계획입니다.
전처리 > 표준 정규 변량: 스펙트럼에 적용된 표준 법선 변량으로 새 열을 만듭니다.데이터가 스택 형식이라고 가정합니다.
전처리 > Savtizky-Golay 평활화: 각 스펙트럼에 Savitzky-Golay 스무더가 적용된 그래프 빌더를 시작합니다. 평활화 매개변수(로컬 너비)를 선택한 다음 보고서 왼쪽 상단에 있는 버튼을 사용하여 평활화를 위한 새 열을 만드십시오.데이터가 스택 형식이라고 가정합니다.JMP 16 이상에서만 사용할 수 있습니다.
그래프 빌더 시작: 비교를 위해 하나의 스펙트럼 열 또는 두 개의 스펙트럼 열에 대한 스펙트럼 선 플롯을 시작합니다(예: 사전 처리 전후). 사용하려는 기능 중 일부가 자동으로 설정됩니다. 데이터가 스택 형식이라고 가정합니다.
보다 이 블로그 게시물 Savtizky-Golay 파생 필터 추가 기능에 대해 설명하고 사용법을 시연했습니다.
부인 성명
각 실행 대화 상자에 표시되는 면책 조항이 있습니다. 기본적으로 이것은 프로토타입일 뿐입니다.이것은 엄격하게 테스트되지 않았으며 오류 처리 측면에서 많은 작업을 수행하지 않습니다.우리는 정기적인 유지 관리 또는 지원을 제공할 계획이 없으며 이는 JMP에서 스펙트럼을 보다 편리하게 분석하기 위한 첫 번째 단계일 뿐입니다.
즉, 그것을 시도하고 의견이나 메시지로 피드백을 줄 수 있다면 좋을 것입니다. @Bill_Worley .추가 기능에서 새 기능을 구현할 시간이 없을 수도 있지만 향후 보고 싶은 기능에 대해 듣는 것은 개발에 도움이 될 것입니다.JMP 위시리스트는 또한 요청을 하기에 좋은 곳입니다.
Spectral Tools는 @JeremyAshJMP 그리고 @Bill_Worley . 스펙트럼 데이터 또는 관련 데이터(크로마토그램 등)를 분석하기 위한 몇 가지 편의 기능을 제공합니다.
데이터 시각화탐색적 데이터 분석유용Re: 스펙트럼 도구그리고 내가 전처리 옵션으로 잊어버린 것: 고전적인 평균 센터링 및 스케일링도 때때로 좋을 것입니다. 정규화(영역 또는 피크로)도 도움이 될 수 있습니다.
Re: 스펙트럼 도구@JeremyAshJMP 참조 농도를 추가하면 스펙트럼을 통해 분석하려는 화학 물질 등의 농도가 포함된 Addin에 열(또는 여러 개)을 제공할 수 있습니다. ID, 스펙트럼 열은 좋은 시작이지만 때로는 하나 이상의 참조 값이 있고 스펙트럼에 자체 샘플 이름이 있을 수 있습니다. 또는 농도를 ID 열로 사용하고 농도는 같지만 측정값이 다른 스펙트럼이 두 개 이상 있는 경우...
디콘볼루션에 관해서도 1, 2 모두 큰 이득이 될 것이라고 생각합니다. MCR은 시간 분석 데이터가 있거나 다른 방식으로 주문할 때 훌륭합니다. 단일 스펙트럼 또는 (적시에) 분리된 스펙트럼을 해결하려고 할 때 1이 더 잘 작동할 수 있습니다. 피크 피팅은 스펙트럼을 다룰 때 큰 고전입니다.
Re: 스펙트럼 도구정말 감사합니다. 구현되기를 기대합니다
Re: 스펙트럼 도구@빈첸조 EPR 스펙트럼의 혼합물 모델링은 우리가 생각했던 2에 대한 적용의 완벽한 예입니다.JMP가 비선형에서 약간의 교육받은 추측으로 피크 혼합에 맞도록 할 수 있다는 소식을 들으니 정말 도움이 됩니다.
1은 종종 2에 대한 좋은 솔루션을 얻는 데 필요한 교육적인 추측을 제공하므로 1과 2가 모두 유용할 것이라고 생각하는 것 같습니다.비슷한 유형의 스펙트럼(예: XRD)을 모델링한 사람들을 알고 있으며 적절한 적합도를 얻는 데 필요한 교육적 추측을 얻는 데 많은 어려움을 겪었습니다.다른 수의 구성 요소, 초기화, 제약 조건을 시도해야 하는 경우가 많습니다.따라서 2에서 읽은 내용은 일반적으로 잘 작동하는 것을 만들려면 사용자 개입의 기회가 많은 풍부한 UI가 필요할 수 있다는 것입니다. 그래도 다르게 느끼신다면 알려주세요.
우리는 1과 2를 더 사용자 친화적으로 만드는 데 확실히 관심이 있으며 사용 사례에 대해 아는 것이 좋습니다.
다른 사용자도 요청했기 때문에 MCR 사용 사례에 대해 듣는 것도 흥미로워서 요청 기록에 추가하겠습니다!
계속해서 제안을 해주셔서 정말 감사합니다!
Re: 스펙트럼 도구안녕 제레미,
과거에는 1)과 2) 사이에서 뭔가를 하는 EPR 스펙트럼을 분석했습니다.나는 가우스 또는 로렌츠 함수의 고정된 수(선험적으로 정의됨)를 사용하여 곡선을 피팅하고 있었습니다. JMP는 약간의 교육받은 초기 추측으로 안정적으로 잘 작동했습니다.
나는 또한 SAXS 및 UV VIS 곡선에 적합했지만 그 혼합물 모델은 실제로 유용하지 않았습니다. 첫 번째 단계로 PCA를 사용하여 곡선을 분해하고 있었고 다변수 곡선 분해능을 사용하여 동역학 모델에 맞추기 위해 더 나은 분해를 만들고 있었습니다. 그러나 이 나중 단계 JMP에서는 불가능했습니다.
일반적으로 화학계량학은 다양한 방법과 흥미로운 적용이 가능한 매우 흥미로운 분야입니다.저는 특히 다양한 온도와 시간에서 생성된 일련의 스펙트럼을 분석하는 데 관심이 있었고 동시에 얼마나 많은 독립적인 현상이 발생했는지 이해하는 유사 동역학 모델을 만들려고 했습니다.
Re: 스펙트럼 도구@펠리 @빈첸조 디콘볼루션과 관련하여 찾고 있는 것이 무엇인지 설명해 주시겠습니까?이것은 종종 1) 피크를 감지하고 피크 면적과 같은 피크 매개변수를 계산하거나 2) 스펙트럼에 완전한 혼합 모델을 맞추고 기본 혼합물 성분을 추정하는 것을 말합니다.2는 더 도전적이고 다른 소프트웨어에서는 종종 지루한 프로세스입니다. 이는 혼합기에서 매개변수를 많이 조정해야 하기 때문입니다.하지만 이에 대한 유저들의 관심이 많다면 좋을텐데....
Re: 스펙트럼 도구@펠리 피드백 주셔서 감사합니다. 워크플로를 개선할 수 있는 방법에 대한 아이디어가 있으면 도움이 됩니다!
참조 스펙트럼을 빼면 애드인에서 전처리 옵션으로 쉽게 추가할 수 있으므로 곧 다루도록 하겠습니다.
PLS에 대한 다른 제안을 개발에 전달하겠습니다.우리는 그런 일을 하는 것을 고려했습니다.
하지만 마지막 요청을 이해했는지 잘 모르겠습니다.스펙트럼에 참조 농도를 추가한다는 것이 의미하는 바를 명확히 해주실 수 있습니까?
Re: 스펙트럼 도구최근에 SpectralTools로 작업할 때(지금 너무 재미있습니다. 감사합니다!), 두 가지 기능이 누락되었습니다.
- 기준 스펙트럼(예: 물)의 쉬운 빼기
- 나는 스펙트럼에서 PLS로 바로 건너뛰는 것을 좋아합니다. 불행히도 PLS는 FDE와 달리 스택 형식이 아닌 넓은 테이블 형식에서만 작동합니다. 올바른 스택되지 않은 형식을 만드는 버튼이 좋을 것입니다.
스펙트럼에 참조 농도를 추가할 가능성(PLS의 y 변수)도 좋을 것입니다.
Re: 스펙트럼 도구@joelahn 답변이 늦어 죄송합니다.데이터가 csv와 같이 구분된 텍스트 파일에 저장되어 있다고 가정합니다.구분된 텍스트 파일의 경우 spectral 도구는 여러 파일 가져오기 도구에 간소화된 인터페이스를 제공하므로 작업을 수행할 수 있어야 합니다.다음을 시도하시겠습니까?
1. 파일 >> 여러 파일 가져오기로 이동합니다.
2. 파일 디렉토리로 이동하여 가져올 파일을 선택합니다.
3. 파일 이름 열을 원하면 파일 이름 열 추가를 선택합니다.
4. 설정으로 이동합니다.had 헤더 섹션에서. 첫 번째 데이터 줄을 38로 설정합니다. 헤더 줄은 37줄에 있으며 한 줄입니다.
5. 가져오기를 클릭합니다.
그 절차는 내가 방금 조롱한 테스트 데이터 세트에서 저에게 효과적이었습니다.이 옵션을 애드인에 추가하는 것은 쉬워야 하므로 이것이 효과가 있다면 계속 진행하겠습니다.요청과 필요한 사항에 대한 명확한 예에 감사드립니다!
Re: 스펙트럼 도구폴더에 있는 파일을 가져올 때 X & Y 변수에 대한 데이터를 시작할 줄을 선택하는 옵션을 제공할 수 있습니까?
FTIR 원시 데이터 형식에 대한 스펙트럼 데이터에는 파일 설명의 37행과 2열이 있습니다. 따라서 Column#1에는 문자 레이블이 있고 Column#2에는 문자와 숫자가 혼합된 값이 있습니다. 그 후, column#1&2의 row#38의 모든 행은 과학 수치 형식의 숫자를 갖습니다.
즉, 가져올 때 파일 이름을 포함한 스택 데이터와 특정 행 번호 이상의 모든 데이터를 자를 수 있습니까?
아래는 이에 대한 예입니다.
| 해상도 | 4 |
| 구멍 | 열려 있는 |
| 빔 | 지능 |
| DET | INT1 |
| 필터 | 1.2 |
| 감광도 | 1 |
| 심 | 심 |
| UDR | 2 |
| 스캔 | 64 |
| XAxisLabel | 파수 |
| Y축 레이블 | 흡광도 |
| 제목 | 흡광도 |
| 점 분리 | 1.93E+00 |
| 시작점 번호 | 207 |
| 피크 위치 | 3555 |
| 엑스레이블 | 20402 |
| Y라벨 | 20502 |
| 파일 형식 | 20602 |
| 디스플레이 방향 | 20300 |
| 피크디렉션 | 20312 |
| X 위치(mm) | 0 |
| Y 위치(mm) | 0 |
| 반경(mm) | 0 |
| 세타(도) | 90 |
| 사이트 번호 | 1 |
| 시간 | 06302021_155524 |
| 레시피 | asdadsadsd |
| 배경 | |
| 스캔 속도(kHz) | 5 |
| 기준 방법 | 로컬/조각/선형 |
| 스무딩 사용 | 거짓 |
| 평활화 방법 | 이동 평균 |
| 스무딩 창 길이 | 삼 |
| 다항식 차수 평활화 | 2 |
| 대기 보상 사용 | 진실 |
| CO2 기준 스펙트럼 | ReferenceSpectrumCO2_20210617T084605.csv |
| H2O 참조 스펙트럼 | ReferenceSpectrumH2O_20210617T084605.csv |
| 파수 | 흡광도 |
| 3.99263973E+02 | 4.29913431E-02 |
| 4.01192784E+02 | 4.45658502E-02 |
| 4.03121596E+02 | 4.56853577E-02 |
| 4.05050407E+02 | 4.88489802E-02 |
| 4.06979219E+02 | 5.18775801E-02 |
| 4.08908030E+02 | 5.25619803E-02 |
| 4.10836841E+02 | 5.26030929E-02 |
| 4.12765653E+02 | 5.19562901E-02 |
| 4.14694464E+02 | 5.12063073E-02 |
| 4.16623276E+02 | 5.23197525E-02 |
Re: 스펙트럼 도구@빈첸조 동의하다. 스펙트럼 디콘볼루션은 매우 훌륭할 것입니다.
Re: 스펙트럼 도구@빈첸조 감사합니다.이것이 우리가 찾고 있는 요청 유형입니다!
Re: 스펙트럼 도구일부 스펙트럼 데이터 디콘볼루션 기능을 구축하는 데도 유용할 것입니다.
Re: 스펙트럼 도구@펠리 , 첨부된 업데이트는 15.2에서 작동해야 합니다. Savitsky-Golay 스무딩은 16에서만 사용할 수 있습니다.JMP 14를 통해 이전 버전과의 호환성을 위해 추가 기능을 테스트했습니다. 감사합니다!
Re: 스펙트럼 도구감사 @펠리 .글쎄, 그것은 매우 우아하지 않았습니까?16 종속적인 추가 기능에 JSL이 있는 것 같습니다. 나는 16이 아직 발송되지 않았다는 것을 깨닫지 못했다.3월 말에 출시될 것 같습니다.저는 이것을 15.2와 역호환하도록 하기 위해 노력하고 있습니다.빨리 고쳐지기를 바랍니다.
Re: 스펙트럼 도구두분 감사합니다! 나는 항상 스펙트럼 분석을 위한 더 나은 도구를 놓치고 있었습니다.
불행히도 샘플 데이터와 함께 시작 그래프 빌더를 사용하려고 하면 JMP 15.2가 충돌합니다.
