スペクトルツール説明
Spectral Toolsは、 @JeremyAshJMPと@Bill_Worley 。 スペクトルデータまたは関連データ（クロマトグラムなど）を分析するための便利な機能を提供します。 ほとんどの機能はすでにJMPで実行できますが、その目的はプロセスを合理化することでした。 これにより、新規ユーザーの参入障壁が低くなり、経験豊富なユーザーの日常業務が迅速化されることを願っています。 見るパート1とパート2スペクトル分析ワークフローについて説明しているブログの
使用法
データ例：からのスペクトルデータセットの例Martensetal。肛門化学。20032月1日;75（3）：394-404。
スペクトルのインポート：スペクトルをインポートする場合、Spectral Toolsは、各スペクトルが単一のディレクトリ内の個別のファイルにあると想定します。
スペクトルのインポート>区切りテキストファイルのインポート：スペクトルは、区切られたテキストファイル（たとえば、.csvまたは.tsv）に含めることができます。Spectral Toolsは、X変数が最初の列にあり、Y変数が2番目の列にあると想定しています。
スペクトルのインポート>JCAMP-DXファイルのインポート： JCAMP-DXファイルの最も単純なバリエーションもサポートされています。これは、圧縮がなく、XYDATA =（X ++（Y..Y））変数リストがあるJCAMP-DXファイルを意味します。私はこれをファイル形式のさまざまなバリエーションでテストしていません。所有者の許可を得たら、テストしたデータをこの投稿に追加する予定です。
前処理>標準正規変量：スペクトルに適用された標準正規変量を使用して新しい列を作成します。データがスタック形式であると想定します。
前処理>Savtizky-Golay平滑化：各スペクトルにSavitzky-Golayスムーザーが適用されたGraphBuilderを起動します。 スムージングパラメータ（ローカル幅）を選択し、レポートの左上にあるボタンを使用して、スムージング用の新しい列を作成します。データがスタック形式であると想定します。JMP16以降でのみ使用できます。
グラフビルダーを起動します。比較のために、1つのスペクトル列または2つのスペクトル列のスペクトル折れ線グラフを起動します（たとえば、前処理の前後）。 使用したい機能のいくつかはあなたのために設定されています。 データがスタック形式であると想定します。
見るこのブログ投稿Savtizky-Golay微分フィルターアドインおよび実証済みの使用法。
免責事項
各起動ダイアログに表示される免責事項があります。 基本的にはこれは単なる試作品だと言っています。これは厳密にテストされておらず、エラー処理に関してはあまり効果がありません。定期的なメンテナンスやサポートを提供するつもりはありません。これは、JMPでスペクトルの分析をより便利にするための最初のステップにすぎません。
そうは言っても、試してみて、コメントやメッセージでフィードバックを送っていただければ幸いです。 @Bill_Worley 。アドインに新しい機能を実装する時間はおそらくないでしょうが、開発者が将来見たい機能について聞くことは役に立ちます。JMPウィッシュリストは、リクエストを行うのにも最適な場所です。
Spectral Toolsは、 @JeremyAshJMPと@Bill_Worley 。 スペクトルデータまたは関連データ（クロマトグラムなど）を分析するための便利な機能を提供します。
データの視覚化探索的データ分析ユーティリティRe：スペクトルツール前処理オプションとして私が忘れていたのは、古典的な平均のセンタリングとスケーリングも良い場合があるということです。 （面積またはピークへの）正規化も役立ちます。
Re：スペクトルツール@JeremyAshJMP参照濃度を追加すると、スペクトルを介して分析しようとしている化学物質などの濃度を含む列（またはいくつか）をアドインに与えることを意味します。 ID、spectra列は良いスタートですが、複数の参照値がある場合があり、スペクトルには独自のサンプル名がある場合があります。 または、濃度をID列として使用し、同じ濃度で測定値が異なる複数のスペクトルがある場合...
デコンボリューションに関しても、1と2の両方が大きなメリットになると思います。 MCRは、時間分解データがある場合や順序付けされている場合に最適です。1は、単一のスペクトルまたは（タイムリーに）ばらばらのスペクトルを解決しようとする場合に適しています。 スペクトルを扱う場合、ピークフィッティングは大きな古典です。
Re：スペクトルツールどうもありがとうございました、これが実装されるのを楽しみにしています
Re：スペクトルツール@ヴィンチェンツォEPRスペクトルの混合モデリングは、私たちが考えていた2のアプリケーションの完璧な例です。JMPを取得して、非線形の知識に基づいた推測でピークの混合を適合させることができたと聞いて、本当に役に立ちました。
1は、2の適切なソリューションを取得するために必要な知識に基づいた推測を提供することが多いため、1と2の両方が役立つと思われるようです。私は、同様のタイプのスペクトル（たとえば、XRD）をモデル化していて、適切に適合させるために必要な知識に基づいた推測を得るのに多くの困難を抱えている人々を知っています。多くの場合、さまざまな数のコンポーネント、初期化、制約を試してみる必要があります。したがって、2について読んだところによると、一般的にうまく機能するものを作成するには、ユーザーが介入する機会が多いリッチなUIが必要になる可能性があります。 気分が違う場合はお知らせください。
1と2の両方をよりユーザーフレンドリーにすることに間違いなく関心があり、ユースケースについて知っておくとよいでしょう。
また、MCRのユースケースについてもおもしろいです。これは他のユーザーからもリクエストされているため、リクエストの記録に追加します。
提案が続くことを本当に感謝します！
Re：スペクトルツールこんにちはジェレミー、
過去に、私は1）と2）の間で何かをしているEPRスペクトルを分析しました。ガウス関数またはローレンツ関数の固定数（アプリオリに定義）を使用して曲線をフィッティングしていました。 JMPは、ある程度の知識に基づいた初期推測で安定したフィット感でうまく動作していました。
SAXS曲線とUVVIS曲線もフィッティングしていましたが、混合モデルがあまり役に立たなかったため、最初のステップとしてPCAを使用して曲線を分解し、多変量曲線の解像度を使用して動力学オーデルに適合するように分解を作成しましたが、この後のステップJMPでは不可能でした。
一般に、ケモメトリックスは非常に興味深い分野であり、多くの方法が利用可能であり、興味深いアプリケーションがあります。私は特に、さまざまな温度と時間で生成された一連のスペクトルの分析に興味があり、同時にいくつの独立した現象が発生しているかを理解して、疑似動力学モデルを作成しようとしていました。
Re：スペクトルツール@Feli @ヴィンチェンツォデコンボリューションに関して、あなたが探しているものについていくつか説明してもらえますか？これは多くの場合、1）ピークを検出し、ピーク面積などのピークパラメータを計算すること、または2）本格的な混合モデルをスペクトルに適合させて基礎となる混合成分を推定することを指します。2はより困難であり、混合フィッターでパラメーターを大幅に調整する必要があるため、他のソフトウェアでは面倒なプロセスになることがよくあります。しかし、これに多くのユーザーの関心があるかどうかを知ることは良いことです...。
Re：スペクトルツール@Feliこのフィードバックをありがとう。 ワークフローを改善する方法についてのアイデアがあれば役に立ちます。
参照スペクトルを差し引くことは、アドインの前処理オプションとして簡単に追加できるので、すぐにそれを回避しようと思います。
PLSに関する他の提案を開発に渡します。そんなことを考えています。
しかし、あなたの最後の要求を理解できるかどうかはわかりません。スペクトルに参照濃度を追加することで、意味を明確にできますか？
Re：スペクトルツール最近SpectralToolsを使用しているとき（今はとても楽しいです、ありがとう！）、 私は2つの機能が欠けていました：
-参照スペクトル（水など）の簡単な減算
-私はスペクトルからPLSに直接ジャンプするのが好きです。 残念ながら、PLSは、FDEとは異なり、ワイドテーブル形式でのみ機能し、スタック形式では機能しません。 正しいスタックされていないフォーマットを作成するためのボタンがいいでしょう
スペクトルに参照濃度を追加する可能性（PLSではy変数）も素晴らしいでしょう
Re：スペクトルツール@joelahn応答が遅れてすみません。データはcsvなどの区切りテキストファイルに保存されていると思いますか？区切られたテキストファイルの場合、スペクトルツールは、複数ファイルインポータへの合理化されたインターフェイスを提供するだけです。これにより、タスクを実行できるようになります。次のことを試してみませんか。
1.[ファイル]>>[複数のファイルのインポート]に移動します。
2.ファイルのディレクトリに移動し、インポートするファイルを選択します。
3.ファイル名列が必要な場合は、[ファイル名列の追加]をオンにします。
4.設定に移動します。持っていたヘッダーセクション。 最初のデータ行を38に設定します。ヘッダー行は37行目にあり、1行です。
5.[インポート]をクリックします。
その手順は、私がモックアップしたばかりのテストデータセットでうまくいきました。このオプションをアドインに追加するのは簡単なはずなので、これがうまくいけば、先に進んでそれを行います。リクエストと必要なものの明確な例をありがとう！
Re：スペクトルツールフォルダ内のファイルをインポートするときに、X変数とY変数のデータを開始する行を選択するオプションを提供できますか？
FTIR生データ形式のスペクトルデータには、37行2列のファイル記述があります。 したがって、Column＃1には文字ラベルがあり、Column＃2には文字と数字の混合値があります。 その後、列＃1と2の行＃38以降のすべての行には、有効数字形式の数字が表示されます。
つまり、インポート時に、特定の行番号を超えるすべてのデータと、ファイル名を含むスタックデータを切り捨てることができますか？
以下はその一例です。
| RES | 4 |
| 絞り | 開いた |
| ビーム | INT |
| DET | INT1 |
| フィルター | 1.2 |
| 感度 | 1 |
| SYM | SYM |
| UDR | 2 |
| SCANS | 64 |
| XAxisLabel | 波数 |
| YAxisLabel | 吸光度 |
| 題名 | 吸光度 |
| ポイント分離 | 1.93E + 00 |
| 開始点番号 | 207 |
| ピーク位置 | 3555 |
| XLabel | 20402 |
| YLabel | 20502 |
| ファイルの種類 | 20602 |
| DisplayDirection | 20300 |
| PeakDirection | 20312 |
| X位置（mm） | 0 |
| Y位置（mm） | 0 |
| 半径（mm） | 0 |
| シータ（度） | 90 |
| サイト番号 | 1 |
| 時間 | 06302021_155524 |
| レシピ | asdadsadsd |
| バックグラウンド | |
| スキャン速度（kHz） | 5 |
| ベースライン方式 | ローカル/区分的/線形 |
| 使用したスムージング | 間違い |
| 平滑化方法 | 移動平均 |
| スムージングウィンドウの長さ | 3 |
| 多項式次数の平滑化 | 2 |
| 使用される大気補償 | 真実 |
| CO2参照スペクトル | ReferenceSpectrumCO2_20210617T084605.csv |
| H2O参照スペクトル | ReferenceSpectrumH2O_20210617T084605.csv |
| 波数 | 吸光度 |
| 3.99263973E + 02 | 4.29913431E-02 |
| 4.01192784E + 02 | 4.45658502E-02 |
| 4.03121596E + 02 | 4.56853577E-02 |
| 4.05050407E + 02 | 4.88489802E-02 |
| 4.06979219E + 02 | 5.18775801E-02 |
| 4.08908030E + 02 | 5.25619803E-02 |
| 4.10836841E + 02 | 5.26030929E-02 |
| 4.12765653E + 02 | 5.19562901E-02 |
| 4.14694464E + 02 | 5.12063073E-02 |
| 4.16623276E + 02 | 5.23197525E-02 |
Re：スペクトルツール@ヴィンチェンツォ同意。 スペクトルデコンボリューションは非常に気の利いたものになります。
Re：スペクトルツール@ヴィンチェンツォ感謝の意を表します。これらは私たちが探しているタイプのリクエストです！
Re：スペクトルツールいくつかのスペクトルデータデコンボリューション機能も構築するのに役立ちます
Re：スペクトルツール@Feli 、添付のアップデートは15.2で動作するはずです。 Savitsky-Golay平滑化は16でのみ使用可能であることに注意してください。JMP 14を使用して、下位互換性についてアドインをテストしました。ありがとうございます。
Re：スペクトルツールありがとう@Feli 。さて、それはあまり優雅ではありませんでしたね？アドインに16依存のJSLがあるようです。 16がまだ出荷されていないことに気づきませんでした。3月下旬に発売されるはずだと思います。私はこれを15.2との下位互換性を持たせるために取り組んでいます。すぐに修正されることを望んでいます。
Re：スペクトルツール2人ありがとう！ 私は常にスペクトル分析のためのより良いツールを欠いていました。
残念ながら、サンプルデータで起動グラフビルダーを使用しようとすると、JMP15.2がクラッシュします。
