안녕하세요 여러분! 제 이름은 Owen이고 JMP의 기술 인턴입니다. 저는 생물학, 특히 합성 생물학 및 생명 공학에 대한 배경 지식이 있습니다. 이 시리즈의 두 번째 게시물에서는 합성 생물학의 맥락에서 예를 사용하여 만든 사례 연구와 합성 생물학 커뮤니티에 참여하는 방법을 공유합니다. 1 부 JMP에 대한 합성 생물학 및 기회를 소개했습니다.
생물학 연구를 위한 실험 설계
내 작업은 실험 계획에만 집중했습니다. 지난 몇 주 동안 저는 영국의 합성 생물학 분야에서 일하는 여러 주요 학자 및 업계 전문가를 인터뷰할 수 있는 특권을 가졌습니다. 우리는 DOE에 대한 생물학적 연구 및 교육 과정을 위한 DOE 적용에 대해 유익한 토론을 했습니다. 우리가 인터뷰한 모든 전문가들 학생들에게 DOE를 가르치는 것의 중요성에 동의했습니다. . 그러나 생물학에서 DOE의 침투는 여전히 열악합니다. 선택한 대학에서 제공되는 과정이 있지만(예: UCL ), 널리 채택되지 않았으며 필요 이 방법론에 대한 인식을 확산합니다. 다행히도 훌륭한 관심 생물학자들이 DOE에 대해 배울 수 있습니다. 예를 들어 Synthace는 최근에 700명 이상의 등록자가 있는 생물학자를 위한 DOE에 대한 3부작 웹 세미나 시리즈 참석.
내 작업에서 JMP에 도움이 될 수 있는 합성 생물학 리소스를 컴파일하기 시작했습니다. 저는 연구에 DOE를 사용하는 연구 논문을 기반으로 3개의 저널을 만들었습니다. 보고서는 JMP Public에 업로드되었으며 저널은 이 기사에 첨부되어 있습니다.
- DoE를 사용한 에탄올 생합성의 대사 상호작용 이해 | JMP 공개
- DoE를 사용한 대사 경로 효율성 향상 | JMP 공개
- 반응 성분을 이해하면 무세포 단백질 합성의 동역학 및 성능에 영향을 미칩니다 | JMP 공개
이 저널 파일이 생물학 연구자에게 DOE를 입증하는 데 사용할 수 있기를 바랍니다. 다양한 수준의 사용자에 맞는 세 가지 저널에 대한 추가 정보:
- Violacein pathway(초보자): Plackett-Burman 스크리닝 디자인에 이어 Box-Behnken 최적화 디자인; 최소제곱을 사용한 모델링
- 에탄올 생합성(고급): 분할구 설계; 부분 최소 제곱을 사용한 모델링(SIMPLS, K(10) 교차 검증)
- 무세포 시스템(고급): 2x DSD 설계에 이어 RSM 설계; 최소제곱을 사용한 모델링
또한 DOE를 사용하여 다른 합성 생물학 연구 논문의 데이터베이스를 만들었으며 계속 업데이트할 예정입니다(첨부된 JMP 저널: "Bio Papers using DoE" 참조).
합성 생물학 커뮤니티 참여
'합성 생물학'이라는 용어는 생물학 관련 분야를 공부하는 사람들을 포함하여 대부분의 사람들에게 여전히 생소할 수 있습니다. 제 개인적인 경험으로, 저는 학부 과정 초기에 명문 대회에서 경쟁하기 위해 팀을 구성하기 위해 학생들을 모집하던 강사로부터 처음으로 이 용어를 들었습니다. iGEM 대회 , 이는 연간 , 글로벌 경쟁 에 초점을 맞춘 합성생물학 .
iGEM 재단은 합성 생물학, 교육 및 경쟁의 발전과 개방적이고 협력적이며 협력적인 커뮤니티의 개발에 전념하는 독립적인 비영리 글로벌 조직입니다. 그들은 호스트 최고의 국제 합성 생물학 대회 ~와 함께 350개의 다학제 팀 참여 매년 ~에서 전 세계 . iGEM 대회는 학생이 합성 생물학을 처음 접하는 경우가 많습니다. 대회 동문들은 계속해서 혁신을 배양하고 신생 기업 필드 내에서. 지금까지, 이상 150개의 스타트업이 iGEM 참가자에 의해 구축되었습니다. .
매년 거의 7,000명의 사람들이 여름을 iGEM에 바친 다음 가을에 함께 모여 자신의 작업을 발표하고 회의에서 경쟁합니다. 참석자 대부분은 서울의 학부생들이다. 전 세계의 대학. 대학원생과 고등학생의 소규모 풀도 있습니다. 심사 위원단은 박사 과정 학생, Post-Docs, PI(Principal Investigators) 및 교수에 이르는 120명의 학자로 구성됩니다. 2022 대회에 등록한 팀 목록을 확인할 수 있습니다. 여기 . 이 글을 쓰는 현재, 370개 이상의 팀이 등록했습니다.
iGEM 대회는 후원을 통해 가능합니다. JMP의 경쟁자인 MathWorks는 후원하는 iGEM 몇 년 동안.
JMP는 직접 후원을 통해 또는 컨퍼런스 기간 동안 전시업체 부스 및 시연을 주최하여 iGEM 커뮤니티와 교류할 수 있는 기회가 있습니다. 조기에 학생들과 교류함으로써 미래 연구원, 기업가 및 해당 분야의 글로벌 리더에게 투자하고 있습니다. 자세한 내용은 iGEM에 첨부된 2개의 문서에서 확인하실 수 있습니다.
iGEM은 최고의 학생 및 학술 회의이지만, 생물학으로 구축 . Build With Biology는 더 좋고 지속 가능한 지구를 만들기 위해 생물학을 사용하려는 열정을 공유하는 생물학 엔지니어, 혁신가, 기업가 및 투자자를 위한 선도적인 혁신 네트워크입니다. 그들은 지역 사회 구성원에게 개인 및 전문 개발뿐만 아니라 네트워킹, 파트너십, 협업 및 교육을 위한 귀중한 기회를 제공합니다.
매년 그들은 호스트 글로벌 합성 생물학 정상 회담 우리가 세계에 연료를 공급하고, 치유하고, 먹여 살리는 방식을 변화시키고 있는 생물학의 최첨단 발전을 보여줍니다.또한 연중 내내 미국과 전 세계에서 다양한 회의, 사상가 수련회 및 지역 모임을 개최합니다. 또한 커뮤니티 내에서 웹 세미나 및 코스를 주최하기도 합니다. 이것은 향후 JMP의 잠재적인 협업 영역이 될 수 있습니다. 경험(builtwithbiology.com) .
이 게시물이 이 분야에 참여할 수 있는 정보, 리소스 및 방법을 제공했기를 바랍니다. 저는 JMP가 이 분야의 연구원과 과학자들이 이러한 혁신적인 제품을 시장에 더 빨리 출시할 수 있도록 돕는 데 많은 도움이 될 것이라고 믿습니다. JMP에 대한 향후 리소스를 만들 때 이 기사를 업데이트하겠습니다. 댓글로 여러분의 생각을 들을 수 있기를 기대하며 질문에 답변해 드리겠습니다!
이러한 귀중한 데모 리소스와 합성 생물학에 대한 통찰력을 만들고 공유해 주신 Owen에게 감사드립니다.
