大家好！ 我叫 Owen，是 JMP 的一名技術實習生。 我有生物學背景，尤其是合成生物學和生物技術。 在本系列的第二篇文章中，我分享了我在合成生物學背景下使用示例創建的案例研究以及與合成生物學社區互動的方式。 第1部分介紹了合成生物學和 JMP 的機遇。
生物學研究實驗設計
我的工作只專注於實驗設計。 在過去的幾周里，我有幸採訪了幾位在英國合成生物學領域工作的重要學者和行業專業人士。 我們就DOE在生物研究和DOE課程教學方面的應用進行了富有成果的討論。 我們採訪的所有專家同意向學生教授 DOE 的重要性. 然而，DOE 在生物學中的滲透仍然很差。 雖然某些大學提供課程（例如倫敦大學學院)，它還沒有得到廣泛採用，並且有很大的需要傳播對這種方法的認識。 值得慶幸的是，還有一個很棒的興趣供生物學家了解 DOE。 例如，Synthace 最近發布了一個為生物學家舉辦的關於 DOE 的三部分網絡研討會系列，註冊人數超過 700 人在出席。
在我自己的工作中，我已經開始編譯可能對 JMP 有益的合成生物學資源。 我根據使用 DOE 進行研究的研究論文創建了三本期刊。 報告已上傳至 JMP Public，本文附上期刊：
- 使用 DoE 了解乙醇生物合成的代謝相互作用 | JMP公共
- 使用 DoE 提高代謝途徑效率 | JMP公共
- 了解反應組分影響無細胞蛋白質合成的動力學和性能 | JMP公共
我希望這些日誌文件可用於向生物學研究人員展示 DOE。 關於所有三種期刊的一些進一步信息，以適應不同級別的用戶：
- Violacein 通路（初學者）：Plackett-Burman 篩選設計，然後是 Box-Behnken 優化設計；使用最小二乘法建模
- 乙醇生物合成（高級）：裂區設計；使用偏最小二乘法建模（SIMPLS、K(10) 交叉驗證）
- 無細胞系統（高級）：2x DSD 設計，然後是 RSM 設計；使用最小二乘法建模
我還使用 DOE 創建了其他合成生物學研究論文的數據庫，我將繼續更新該數據庫（參見隨附的 JMP 期刊：“使用 DoE 的生物論文”）。
參與合成生物學界
對於大多數人來說，“合成生物學”一詞可能仍然很陌生，包括那些正在研究生物學相關學科的人。 根據我個人的經驗，我最早是在本科學習的時候從一位講師那裡聽到這個詞的，當時他正在招募學生組隊參加享有盛譽的比賽iGEM比賽，這是一個年度的,全球競爭專注於合成生物學.
iGEM 基金會是一個獨立的非營利性全球組織，致力於促進合成生物學、教育和競爭，以及發展開放、協作和合作的社區。 他們主持首屈一指的國際合成生物學競賽和350個多學科團隊參加每年從世界各地的. iGEM 競賽通常是學生第一次接觸合成生物學。 大賽校友不斷培育創新創造初創企業場內。 至此，結束iGEM 參與者已經建立了 150 家初創公司.
每年都有近 7,000 人將他們的夏天奉獻給 iGEM，然後在秋天聚集在一起展示他們的工作並在會議上競爭。 大多數與會者是本科生來自世界各地的大學。 還有一小部分研究生和高中生。 評審團由約 120 名學者組成，包括博士生、博士後、首席研究員 (PI) 和教授。 可以找到已註冊參加 2022 年比賽的球隊名單這裡. 截至撰寫本文時，已有 370 多個團隊註冊。
iGEM 比賽是通過贊助來實現的。 JMP 的競爭對手 MathWorks贊助iGEM很多年了。
JMP 有機會通過直接贊助或在會議期間舉辦參展商展位和演示來與 iGEM 社區互動。 通過儘早與學生互動，我們正在投資該領域未來的研究人員、企業家和全球領導者。 更多信息可以在 iGEM 上的兩個附加文檔中找到。
雖然 iGEM 是首屈一指的學生和學術會議，但每年都會舉辦以行業為重點的會議，由用生物學建造. Built With Biology 是面向生物工程師、創新者、企業家和投資者的領先創新網絡，他們都熱衷於利用生物學來建設一個更美好、更可持續的星球。 他們為社區成員提供個人和專業發展，以及建立網絡、夥伴關係、協作和教育的寶貴機會。
每年他們舉辦全球合成生物學峰會它展示了生物學的前沿發展，這些發展正在改變我們為世界提供燃料、治愈和養活世界的方式。此外，他們全年在美國和世界各地舉辦各種其他會議、思想領袖務虛會和當地聚會。 此外，他們有時會在社區內舉辦網絡研討會和課程。 這可能是 JMP 未來的潛在合作領域經驗 (builtwithbiology.com) .
我希望這篇文章提供了一些信息、資源和參與該領域的方法。 我相信 JMP 可以幫助該領域的研究人員和科學家更快地將這些創新產品推向市場。 我將在為 JMP 創建未來資源時更新這篇文章。 我期待在評論中聽到您的想法，並且很樂意回答任何問題！
感謝 Owen 創建和分享這些寶貴的演示資源和對合成生物學的洞察力。
