Salut tout le monde! Je m'appelle Owen et je suis stagiaire technique ici chez JMP. J'ai une formation en biologie, notamment en biologie synthétique et en biotechnologie. Dans ce deuxième article de la série, je partage des études de cas que j'ai créées en utilisant des exemples dans le contexte de la biologie synthétique et des moyens de collaborer avec la communauté de la biologie synthétique. Partie 1 introduit la biologie synthétique et les opportunités pour JMP.
Conception d'expériences pour la recherche biologique
Mon travail s'est concentré uniquement sur la conception d'expériences. Au cours des dernières semaines, j'ai eu le privilège d'interviewer plusieurs universitaires et professionnels clés de l'industrie travaillant dans le domaine de la biologie synthétique au Royaume-Uni. Nous avons eu une discussion fructueuse sur les applications du DOE pour la recherche biologique et les cours d'enseignement sur le DOE. Tous les experts que nous avons interviewés convenu sur l’importance d’enseigner le DOE aux étudiants . Cependant, la pénétration du DOE en biologie est encore faible. Bien qu'il existe des cours disponibles dans certaines universités (telles que UCL ), il n’a pas été largement adopté et il existe un grand BESOIN faire connaître cette méthodologie. Heureusement, il existe aussi un excellent INTÉRÊT pour que les biologistes en apprennent davantage sur le DOE. A titre d'exemple, Synthace a récemment publié un série de webinaires en trois parties sur le DOE pour les biologistes avec plus de 700 inscrits en attendant.
Dans mon propre travail, j'ai commencé à compiler des ressources de biologie synthétique qui pourraient être bénéfiques pour JMP. J'ai créé trois revues basées sur des articles de recherche qui utilisent le DOE pour leurs recherches. Les rapports ont été téléchargés dans JMP Public et les revues sont jointes dans cet article :
- Comprendre les interactions métaboliques pour la biosynthèse de l'éthanol à l'aide du DoE | JMP Public
- Améliorer l'efficacité des voies métaboliques grâce au DoE | JMP Public
- Comprendre les composants de la réaction affectent la cinétique et les performances de la synthèse des protéines acellulaires | JMP Public
J'espère que ces fichiers de revues pourront être utilisés pour démontrer le DOE aux chercheurs en biologie. Quelques informations supplémentaires sur les trois revues pour convenir à différents niveaux d'utilisateurs :
- Voie de la violaceine (débutant) : conception de criblage Plackett-Burman suivie d'une conception d'optimisation Box-Behnken ; modélisation par moindres carrés
- Biosynthèse de l'éthanol (avancé) : conception en parcelles divisées ; modélisation par moindres carrés partiels (SIMPLS, validation croisée K(10))
- Systèmes sans cellules (avancés) : 2 conceptions DSD suivies d'une conception RSM ; modélisation par moindres carrés
J'ai également créé une base de données d'autres articles de recherche en biologie synthétique utilisant le DOE, que je continuerai à mettre à jour (voir le journal JMP ci-joint : "Bio Papers using DoE").
S'engager avec la communauté de la biologie synthétique
Le terme « biologie synthétique » pourrait encore paraître étranger à la plupart des gens, y compris à ceux qui étudient des disciplines liées à la biologie. D'après mon expérience personnelle, j'ai entendu ce terme pour la première fois au début de mes études de premier cycle par un professeur qui recrutait des étudiants pour former une équipe pour concourir dans le prestigieux Concours iGEM , qui est un annuel , compétition mondiale concentré sur la biologie de synthèse .
La Fondation iGEM est une organisation mondiale indépendante à but non lucratif dédiée à l'avancement de la biologie synthétique, à l'éducation et à la compétition, ainsi qu'au développement d'une communauté ouverte, collaborative et coopérative. Ils hébergent le premier concours international de biologie synthétique avec 350 équipes multidisciplinaires participant annuellement depuis dans le monde entier . Le concours iGEM constitue souvent la première exposition d'un étudiant à la biologie synthétique. Les anciens élèves du concours ont continué à cultiver l'innovation et à créer start-up au sein du champ. Jusqu'à présent, fini 150 startups ont été créées par les participants à iGEM .
Chaque année, près de 7 000 personnes consacrent leur été à iGEM, puis se réunissent à l'automne pour présenter leurs travaux et participer à la conférence. La plupart des participants sont des étudiants de premier cycle en universités du monde entier. Il existe également un bassin plus restreint d'étudiants diplômés et d'étudiants du secondaire. Le jury comprend environ 120 universitaires, parmi lesquels des doctorants, des post-doctorants, des chercheurs principaux (PI) et des professeurs. Une liste des équipes inscrites au concours 2022 est disponible ici . Au moment d’écrire ces lignes, plus de 370 équipes se sont inscrites.
Le concours iGEM est rendu possible grâce au parrainage. MathWorks, un concurrent de JMP, a iGEM sponsorisé pendant de nombreuses années.
JMP a l'opportunité de s'engager avec la communauté iGEM, soit par le biais de parrainages directs, soit en organisant des stands d'exposants et des démonstrations pendant la conférence. En nous engageant auprès des étudiants dès le début, nous investissons dans les futurs chercheurs, entrepreneurs et leaders mondiaux dans le domaine. Plus d’informations peuvent être trouvées dans les deux documents ci-joints sur iGEM.
Bien qu'iGEM soit la principale conférence étudiante et universitaire, il existe également une conférence annuelle axée sur l'industrie organisée par Construit avec la biologie . Built With Biology est le principal réseau d'innovation pour les ingénieurs en biologie, les innovateurs, les entrepreneurs et les investisseurs qui partagent une passion pour l'utilisation de la biologie pour construire une planète meilleure et plus durable. Ils offrent aux membres de leur communauté un développement personnel et professionnel, ainsi que de précieuses opportunités de réseautage, de partenariat, de collaboration et d'éducation.
Chaque année, ils accueillent Le Sommet mondial de la biologie synthétique qui présente les développements de pointe en biologie qui transforment la façon dont nous alimentons, guérissons et nourrissons le monde.En outre, ils organisent diverses autres conférences, retraites de leaders d'opinion et rencontres locales tout au long de l'année, aux États-Unis et dans le monde. De plus, ils organisent parfois des webinaires et des cours au sein de leur communauté. Cela pourrait être un domaine potentiel de collaboration pour JMP à l’avenir. Expérience (builtwithbiology.com) .
J'espère que cet article a fourni des informations, des ressources et des moyens de s'engager dans ce domaine. Je pense que JMP a beaucoup à offrir pour aider les chercheurs et les scientifiques dans ce domaine à commercialiser plus rapidement ces produits innovants. Je mettrai à jour cet article au fur et à mesure que je créerai de futures ressources pour JMP. J’attends avec impatience vos commentaires dans les commentaires et je serai heureux de répondre à vos questions !
Merci Owen d'avoir créé et partagé ces précieuses ressources de démonstration et cet aperçu de la biologie synthétique.
