大家好! 我叫 Owen,是 JMP 的技术实习生。 我有生物学背景,尤其是合成生物学和生物技术。 在该系列的第二篇文章中,我分享了我在合成生物学背景下使用示例创建的案例研究,以及与合成生物学界互动的方式。 第1部分为 JMP 介绍了合成生物学和机会。
生物研究实验设计
我的工作只专注于实验设计。 在过去的几周里,我有幸采访了几位在英国合成生物学领域工作的重要学者和行业专业人士。 我们就 DOE 的生物研究和教学课程的 DOE 应用进行了富有成果的讨论。 我们采访的所有专家同意向学生教授 DOE 的重要性. 然而,DOE在生物学中的渗透仍然很差。 虽然某些大学提供课程(例如伦敦大学学院),它没有得到广泛的采用,而且有很大的需要传播这种方法的意识。 谢天谢地,还有一个很棒的兴趣让生物学家了解 DOE。 例如,Synthace 最近发布了一个关于 DOE 的三部分网络研讨会系列,面向 700 多名注册人的生物学家出席。
在我自己的工作中,我已经开始编译可能对 JMP 有益的合成生物学资源。 我根据使用 DOE 进行研究的研究论文创建了三本期刊。 报告已上传至 JMP Public,本文附有期刊:
- 使用 DoE 了解乙醇生物合成的代谢相互作用JMP 公共
- 使用 DoE 提高代谢途径效率 | JMP 公共
- 了解反应组分影响无细胞蛋白质合成的动力学和性能 | JMP 公共
我希望这些期刊文件可以用来向生物学研究人员展示 DOE。 有关所有三种期刊的更多信息,以适合不同级别的用户:
- Violacein 途径(初学者):Plackett-Burman 筛选设计,然后是 Box-Behnken 优化设计;使用最小二乘法建模
- 乙醇生物合成(高级):裂区设计;使用偏最小二乘法建模(SIMPLS,K(10) 交叉验证)
- 无细胞系统(高级):2x DSD 设计,然后是 RSM 设计;使用最小二乘法建模
我还使用 DOE 创建了一个包含其他合成生物学研究论文的数据库,我将继续对其进行更新(参见随附的 JMP 期刊:“Bio Papers using DoE”)。
参与合成生物学界
对于大多数人来说,“合成生物学”这个词可能仍然是陌生的,包括那些正在研究生物学相关学科的人。 从我个人的经验来看,我在本科学习的早期第一次听到这个词是从一位讲师那里招募的,他正在招募学生组成一个团队来参加有声望的比赛。 iGEM 比赛,这是一个年度的,全球竞争专注于合成生物学.
iGEM 基金会是一个独立的非营利性全球组织,致力于促进合成生物学、教育和竞争,以及发展开放、协作和合作的社区。 他们主持首屈一指的国际合成生物学竞赛和350个多学科团队参与每年从世界各地的. iGEM 竞赛通常是学生第一次接触合成生物学。 来自比赛的校友不断培养创新和创造初创企业场内。 至此,结束iGEM 参与者已经建立了 150 家初创公司.
每年有近 7,000 人将他们的夏季奉献给 iGEM,然后在秋季齐聚一堂,展示他们的作品并参加会议。 参加者多为本科生来自世界各地的大学。 还有一小部分研究生和高中生。 评审团由约 120 名学者组成,包括博士生、博士后、首席研究员 (PI) 和教授。 可以找到已注册参加 2022 年比赛的团队列表这里. 截至撰写本文时,已有 370 多个团队注册。
iGEM 比赛是通过赞助实现的。 JMP 的竞争对手 MathWorks赞助 iGEM很多年了。
JMP 有机会通过直接赞助或在会议期间举办参展商展位和演示来与 iGEM 社区互动。 通过尽早与学生互动,我们正在对该领域的未来研究人员、企业家和全球领导者进行投资。 更多信息可以在 iGEM 的两个附加文件中找到。
虽然 iGEM 是首屈一指的学生和学术会议,但每年还会举办一次以行业为中心的会议,由用生物学建造. Built With Biology 是领先的创新网络,面向生物工程师、创新者、企业家和投资者,他们共同热衷于利用生物学来建设一个更美好、更可持续的星球。 他们为社区成员提供个人和职业发展,以及建立联系、合作、协作和教育的宝贵机会。
他们每年都会举办全球合成生物学峰会它展示了生物学的前沿发展,这些发展正在改变我们为世界提供燃料、治愈和养活的方式。此外,他们全年在美国和世界各地举办各种其他会议、思想领袖静修会和当地聚会。 此外,他们有时会在社区内举办网络研讨会和课程。 这可能是 JMP 未来的潜在合作领域经验(builtwithbiology.com) .
我希望这篇文章提供了一些信息、资源和参与该领域的方法。 我相信 JMP 可以帮助该领域的研究人员和科学家更快地将这些创新产品推向市场。 我将在为 JMP 创建未来资源时更新本文。 我期待在评论中听到您的想法,并很乐意回答任何问题!