Salut tout le monde! Je m'appelle Owen et je suis stagiaire technique chez JMP. J'ai une formation en biologie, notamment en biologie synthétique et en biotechnologie. Dans ce deuxième article de la série, je partage des études de cas que j'ai créées à l'aide d'exemples dans le contexte de la biologie synthétique et des moyens de dialoguer avec la communauté de la biologie synthétique. Partie 1 introduit la biologie synthétique et les opportunités pour JMP.
Conception d'expériences pour la recherche biologique
Mon travail s'est concentré uniquement sur la conception d'expériences. Au cours des dernières semaines, j'ai eu le privilège d'interviewer plusieurs universitaires et professionnels clés de l'industrie travaillant dans le domaine de la biologie synthétique au Royaume-Uni. Nous avons eu une discussion fructueuse sur les applications du DOE pour la recherche biologique et l'enseignement de cours sur le DOE. Tous les experts que nous avons interrogés convenu de l'importance d'enseigner le DOE aux étudiants . Cependant, la pénétration du DOE en biologie est encore faible. Bien qu'il existe des cours disponibles dans certaines universités (telles que UCL ), il n'a pas été adopté à grande échelle et il y a un grand BESOIN faire connaître cette méthodologie. Heureusement, il y a aussi un grand INTÉRÊT pour les biologistes de se renseigner sur le DOE. Par exemple, Synthace a récemment publié un série de webinaires en trois parties sur le DOE pour les biologistes avec plus de 700 inscrits en attendant.
Dans mon propre travail, j'ai commencé à compiler des ressources de biologie synthétique qui pourraient être bénéfiques pour JMP. J'ai créé trois revues basées sur des articles de recherche qui utilisent le DOE pour leurs recherches. Les rapports ont été téléchargés dans JMP Public et les revues sont jointes dans cet article :
- Comprendre les interactions métaboliques pour la biosynthèse de l'éthanol à l'aide du DoE | Publique JMP
- Améliorer l'efficacité des voies métaboliques à l'aide du DoE | Publique JMP
- Comprendre les composants de la réaction affecte la cinétique et les performances de la synthèse protéique acellulaire | Publique JMP
J'espère que ces fichiers journaux pourront être utilisés pour démontrer le DOE aux chercheurs en biologie. Quelques informations supplémentaires sur les trois revues adaptées aux différents niveaux d'utilisateurs :
- Voie de la violaceine (débutant) : conception de criblage Plackett-Burman suivie d'une conception d'optimisation Box-Behnken ; modélisation à l'aide des moindres carrés
- Biosynthèse de l'éthanol (Avancé) : conception en parcelles divisées ; modélisation par moindres carrés partiels (SIMPLS, validation croisée K(10))
- Systèmes sans cellule (avancé) : 2 conceptions DSD suivies d'une conception RSM ; modélisation à l'aide des moindres carrés
J'ai également créé une base de données d'autres articles de recherche en biologie synthétique utilisant DOE, que je continuerai à mettre à jour (voir le journal JMP ci-joint : "Bio Papers using DoE").
S'engager avec la communauté de la biologie synthétique
Le terme « biologie synthétique » pourrait encore être étranger pour la plupart des gens, y compris ceux qui étudient des disciplines liées à la biologie. D'après ma propre expérience personnelle, j'ai entendu le terme pour la première fois au début de mes études de premier cycle d'un chargé de cours qui recrutait des étudiants pour former une équipe pour concourir dans le prestigieux Concours iGEM , qui est un annuel , compétition mondiale concentré sur la biologie de synthèse .
La Fondation iGEM est une organisation mondiale indépendante à but non lucratif dédiée à l'avancement de la biologie synthétique, de l'éducation et de la compétition, et au développement d'une communauté ouverte, collaborative et coopérative. Ils hébergent le premier concours international de biologie synthétique avec 350 équipes pluridisciplinaires participant annuellement de dans le monde entier . Le concours iGEM est souvent la première exposition d'un étudiant à la biologie synthétique. Les anciens du concours ont continué à cultiver l'innovation et à créer start-up au sein du champ. Jusqu'à présent, plus 150 startups ont été construites par les participants iGEM .
Chaque année, près de 7 000 personnes consacrent leur été à iGEM, puis se réunissent à l'automne pour présenter leurs travaux et concourir lors de la conférence. La plupart des participants sont des étudiants de premier cycle en universités du monde entier. Il existe également un plus petit bassin d'étudiants diplômés et d'étudiants du secondaire. Le jury comprend environ 120 universitaires allant des doctorants, des post-doctorants, des chercheurs principaux (PI) et des professeurs. Une liste des équipes qui se sont inscrites pour la compétition 2022 est disponible ici . Au moment d'écrire ces lignes, plus de 370 équipes se sont inscrites.
Le concours iGEM est rendu possible grâce aux parrainages. MathWorks, un concurrent de JMP, a iGEM sponsorisé pendant de nombreuses années.
JMP a la possibilité de s'engager avec la communauté iGEM, soit par le biais de parrainages directs, soit en accueillant des stands d'exposants et des démonstrations pendant la conférence. En nous engageant tôt auprès des étudiants, nous investissons dans de futurs chercheurs, entrepreneurs et leaders mondiaux dans le domaine. Plus d'informations peuvent être trouvées dans les deux documents joints sur iGEM.
Bien que l'iGEM soit la première conférence étudiante et universitaire, il existe également une conférence annuelle axée sur l'industrie organisée par Construit avec la biologie . Built With Biology est le principal réseau d'innovation pour les ingénieurs biologiques, les innovateurs, les entrepreneurs et les investisseurs qui partagent une passion pour l'utilisation de la biologie pour construire une planète meilleure et plus durable. Ils offrent aux membres de leur communauté un développement personnel et professionnel, ainsi que de précieuses opportunités de réseautage, de partenariat, de collaboration et d'éducation.
Ils accueillent chaque année Le Sommet mondial de la biologie synthétique qui présente les développements de pointe en biologie qui transforment la façon dont nous alimentons, guérissons et nourrissons le monde.En outre, ils organisent une variété d'autres conférences, des retraites de leaders d'opinion et des rencontres locales tout au long de l'année, aux États-Unis et dans le monde. De plus, ils organisent parfois des webinaires et des cours au sein de leur communauté. Cela pourrait être un domaine de collaboration potentiel pour JMP à l'avenir Expérience (builtwithbiology.com) .
J'espère que cet article a fourni des informations, des ressources et des moyens de s'engager dans ce domaine. Je pense que JMP a beaucoup à offrir pour aider les chercheurs et les scientifiques dans ce domaine à accélérer la mise sur le marché de ces produits innovants. Je mettrai à jour cet article au fur et à mesure que je créerai de futures ressources pour JMP. J'ai hâte d'entendre vos pensées dans les commentaires et je serai heureux de répondre à toutes vos questions!
