¡Hola a todos! Mi nombre es Owen y soy pasante técnico aquí en JMP. Tengo formación en biología, en particular biología sintética y biotecnología. En esta segunda publicación de la serie, comparto estudios de casos que he creado utilizando ejemplos en el contexto de la biología sintética y formas de interactuar con la comunidad de biología sintética. Parte 1 introdujo la biología sintética y oportunidades para JMP.
Diseño de experimentos para la investigación biológica
Mi trabajo se ha centrado únicamente en el diseño de experimentos. En las últimas semanas, tuve el privilegio de entrevistar a varios académicos y profesionales de la industria clave que trabajan en el campo de la biología sintética en el Reino Unido. Tuvimos una discusión fructífera sobre las aplicaciones del DOE para la investigación biológica y la enseñanza de cursos sobre el DOE. Todos los expertos que entrevistamos estuvo de acuerdo en la importancia de enseñar DOE a los estudiantes . Sin embargo, la penetración del DOE en biología aún es pobre. Si bien hay cursos disponibles en universidades seleccionadas (como UCL ), no ha ganado una adopción generalizada y hay una gran NECESITAR para dar a conocer esta metodología. Afortunadamente, también hay una gran INTERÉS para que los biólogos aprendan sobre el DOE. Como ejemplo, Synthace lanzó recientemente un serie de seminarios web de tres partes sobre el DOE para biólogos con más de 700 inscritos en asistencia.
En mi propio trabajo, he comenzado a compilar recursos de biología sintética que pueden ser beneficiosos para JMP. Creé tres revistas basadas en trabajos de investigación que usan DOE para su investigación. Los informes se cargaron en JMP Public y las revistas se adjuntan en este artículo:
- Comprender las interacciones metabólicas para la biosíntesis de etanol usando DoE | JMP Público
- Mejora de la eficiencia de la vía metabólica utilizando DoE | JMP Público
- Comprender los componentes de la reacción que afectan la cinética y el rendimiento de la síntesis de proteínas libres de células | JMP Público
Espero que estos archivos de diario se puedan usar para demostrar el DOE a los investigadores biológicos. Más información sobre las tres revistas para adaptarse a los diferentes niveles de usuarios:
- Vía de la violaceína (principiante): diseño de cribado de Plackett-Burman seguido de diseño de optimización de Box-Behnken; modelado usando mínimos cuadrados
- Biosíntesis de etanol (avanzado): diseño de parcelas divididas; modelado usando Mínimos Cuadrados Parciales (SIMPLS, K(10) validación cruzada)
- Sistemas sin celdas (avanzado): 2 diseños DSD seguidos de diseño RSM; modelado usando mínimos cuadrados
También creé una base de datos de otros trabajos de investigación de biología sintética usando DOE, que continuaré actualizando (ver el diario JMP adjunto: "Bio Papers usando DoE").
Comprometerse con la comunidad de biología sintética
El término 'biología sintética' aún puede ser extraño para la mayoría de las personas, incluidas aquellas que estudian disciplinas relacionadas con la biología. Desde mi propia experiencia personal, escuché el término por primera vez al principio de mis estudios universitarios de un profesor que estaba reclutando estudiantes para formar un equipo para competir en el prestigioso competencia iGEM , que es un anual , competencia global centrado en Biología sintética .
La Fundación iGEM es una organización global independiente sin fines de lucro dedicada al avance de la biología sintética, la educación y la competencia, y al desarrollo de una comunidad abierta, colaborativa y cooperativa. Ellos albergan el principal competencia internacional de biología sintética con 350 equipos multidisciplinarios participativo anualmente de por todo el mundo . La competencia iGEM es a menudo la primera exposición de un estudiante a la biología sintética. Los ex alumnos de la competencia han seguido cultivando la innovación y creando Inauguración dentro del campo. Hasta ahora, más 150 startups han sido construidas por los participantes de iGEM .
Cada año, cerca de 7000 personas dedican su verano a iGEM y luego se reúnen en otoño para presentar su trabajo y competir en la conferencia. La mayoría de los asistentes son estudiantes de pregrado en universidades de todo el mundo. También hay un grupo más pequeño de estudiantes de posgrado y estudiantes de secundaria. El panel de jueces está compuesto por ~120 académicos que van desde estudiantes de doctorado, posdoctorados, investigadores principales (PI) y profesores. Se puede encontrar una lista de equipos que se han registrado para la competencia de 2022 aquí . Al momento de escribir este artículo, se han registrado más de 370 equipos.
La competencia iGEM es posible gracias a los patrocinios. MathWorks, un competidor de JMP, ha iGEM patrocinado durante muchos años.
JMP tiene la oportunidad de interactuar con la comunidad iGEM, ya sea a través de patrocinios directos o mediante la organización de stands de expositores y demostraciones durante la conferencia. Al comprometernos con los estudiantes desde el principio, estamos invirtiendo en futuros investigadores, empresarios y líderes mundiales en el campo. Se puede encontrar más información en los dos documentos adjuntos en iGEM.
Si bien iGEM es la principal conferencia académica y estudiantil, también hay una conferencia anual centrada en la industria organizada por Construido con biología . Built With Biology es la red de innovación líder para ingenieros biológicos, innovadores, empresarios e inversores que comparten la pasión por utilizar la biología para construir un planeta mejor y más sostenible. Brindan a los miembros de su comunidad desarrollo personal y profesional, así como valiosas oportunidades para establecer contactos, asociaciones, colaboración y educación.
Todos los años albergan La Cumbre Mundial de Biología Sintética que muestra los desarrollos de vanguardia en biología que están transformando la forma en que alimentamos, curamos y alimentamos al mundo.Además, organizan una variedad de otras conferencias, retiros de líderes de opinión y reuniones locales durante todo el año, tanto en los Estados Unidos como en todo el mundo. Además, a veces organizan seminarios web y cursos dentro de su comunidad. Esta podría ser un área potencial de colaboración para JMP en el futuro Experiencia (construidoconbiología.com) .
Espero que esta publicación haya proporcionado información, recursos y formas de participar en este campo. Creo que JMP tiene mucho que ofrecer para ayudar a los investigadores y científicos en este campo a impulsar estos productos innovadores en el mercado más rápido. Actualizaré este artículo a medida que cree recursos futuros para JMP. ¡Espero escuchar sus pensamientos en los comentarios y estaré encantado de responder cualquier pregunta!
