Salve a tutti! Mi chiamo Owen e sono uno stagista tecnico qui a JMP. Ho una formazione in biologia, in particolare biologia sintetica e biotecnologia. In questo secondo post della serie, condivido casi di studio che ho creato utilizzando esempi nel contesto della biologia sintetica e modi per interagire con la comunità della biologia sintetica. Parte 1 ha introdotto la biologia sintetica e le opportunità per JMP.
Progettazione di esperimenti per la ricerca biologica
Il mio lavoro si è concentrato esclusivamente sulla progettazione di esperimenti. Nelle ultime settimane ho avuto il privilegio di intervistare diversi accademici chiave e professionisti del settore che lavorano nel campo della biologia sintetica nel Regno Unito. Abbiamo avuto una fruttuosa discussione sulle applicazioni DOE per la ricerca biologica e corsi di insegnamento sul DOE. Tutti gli esperti che abbiamo intervistato concordato sull'importanza di insegnare il DOE agli studenti . Tuttavia, la penetrazione del DOE in biologia è ancora scarsa. Mentre ci sono corsi disponibili in università selezionate (come UCL ), non ha ottenuto un'adozione diffusa e ce n'è una grande BISOGNO per diffondere la conoscenza di questa metodologia. Per fortuna, c'è anche un grande INTERESSE per i biologi per conoscere DOE. Ad esempio, Synthace ha recentemente rilasciato a serie di webinar in tre parti sul DOE per biologi con oltre 700 dichiaranti in attesa.
Nel mio lavoro, ho iniziato a compilare risorse di biologia sintetica che potrebbero essere utili per JMP. Ho creato tre riviste basate su documenti di ricerca che utilizzano DOE per le loro ricerche. I report sono stati caricati in JMP Public e le riviste sono allegate in questo articolo:
- Comprendere le interazioni metaboliche per la biosintesi dell'etanolo utilizzando DoE | JMP pubblico
- Migliorare l'efficienza del percorso metabolico utilizzando DoE | JMP pubblico
- La comprensione dei componenti della reazione influisce sulla cinetica e sulle prestazioni della sintesi proteica priva di cellule | JMP pubblico
Spero che questi file del diario possano essere usati per dimostrare il DOE ai ricercatori biologici. Alcune ulteriori informazioni su tutte e tre le riviste per soddisfare i diversi livelli di utenti:
- Percorso della violaceina (principiante): progettazione di screening Plackett-Burman seguita da progettazione di ottimizzazione Box-Behnken; modellazione utilizzando i minimi quadrati
- Biosintesi dell'etanolo (avanzata): progettazione a trama divisa; modellazione utilizzando i minimi quadrati parziali (SIMPLS, convalida incrociata K(10))
- Sistemi senza celle (avanzati): 2x design DSD seguiti da design RSM; modellazione utilizzando i minimi quadrati
Ho anche creato un database di altri documenti di ricerca di biologia sintetica utilizzando DOE, che continuerò ad aggiornare (vedi diario JMP allegato: "Bio Papers using DoE").
Impegnarsi con la comunità della biologia sintetica
Il termine "biologia sintetica" potrebbe essere ancora estraneo alla maggior parte delle persone, compresi coloro che studiano discipline legate alla biologia. Per mia esperienza personale, ho sentito per la prima volta il termine all'inizio dei miei studi universitari da un docente che stava reclutando studenti per formare una squadra per competere nel prestigioso Concorso iGEM , che è un annuale , Competizione globale focalizzata sulla biologia sintetica .
La iGEM Foundation è un'organizzazione globale indipendente e senza scopo di lucro dedicata al progresso della biologia sintetica, all'istruzione e alla concorrenza e allo sviluppo di una comunità aperta, collaborativa e cooperativa. Ospitano il primo concorso internazionale di biologia sintetica insieme a 350 squadre multidisciplinari partecipando annualmente da tutto il mondo . La competizione iGEM è spesso la prima esposizione di uno studente alla biologia sintetica. Gli alunni della competizione hanno continuato a coltivare innovazione e creare start-up all'interno del campo. Finora, finita 150 startup sono state create dai partecipanti a iGEM .
Ogni anno quasi 7.000 persone dedicano la loro estate a iGEM e poi si riuniscono in autunno per presentare il loro lavoro e competere alla conferenza. La maggior parte dei partecipanti sono studenti universitari università di tutto il mondo. C'è anche un pool più piccolo di studenti laureati e studenti delle scuole superiori. La giuria comprende circa 120 accademici che vanno da dottorandi, dottorandi, ricercatori principali (PI) e professori. È possibile trovare l'elenco delle squadre che si sono iscritte alla competizione 2022 qui . Al momento della stesura di questo documento, si sono registrate oltre 370 squadre.
Il concorso iGEM è reso possibile grazie alle sponsorizzazioni. MathWorks, un concorrente di JMP, ha sponsorizzato iGEM per molti anni.
JMP ha l'opportunità di impegnarsi con la comunità iGEM, sia attraverso sponsorizzazioni dirette sia ospitando stand di espositori e dimostrazioni durante la conferenza. Interagendo con gli studenti in anticipo, stiamo investendo in futuri ricercatori, imprenditori e leader globali nel campo. Maggiori informazioni possono essere trovate nei due documenti allegati su iGEM.
Mentre iGEM è la principale conferenza studentesca e accademica, c'è anche una conferenza annuale incentrata sul settore ospitata da Costruito con la biologia . Built With Biology è la principale rete di innovazione per ingegneri biologici, innovatori, imprenditori e investitori che condividono la passione per l'utilizzo della biologia per costruire un pianeta migliore e più sostenibile. Forniscono ai membri della loro comunità sviluppo personale e professionale, nonché preziose opportunità di networking, partnership, collaborazione e istruzione.
Ogni anno ospitano Il vertice globale di biologia sintetica che mette in mostra gli sviluppi all'avanguardia della biologia che stanno trasformando il modo in cui alimentiamo, curiamo e nutriamo il mondo.Inoltre, organizzano una serie di altre conferenze, ritiri per leader di pensiero e incontri locali durante tutto l'anno, sia negli Stati Uniti che in tutto il mondo. Inoltre, a volte ospitano webinar e corsi all'interno della loro comunità. Questa potrebbe essere una potenziale area di collaborazione per JMP in futuro Esperienza (builtwithbiology.com) .
Spero che questo post abbia fornito alcune informazioni, risorse e modi per impegnarsi in questo campo. Credo che JMP abbia molto da offrire nell'aiutare ricercatori e scienziati in questo campo a immettere più rapidamente sul mercato questi prodotti innovativi. Aggiornerò questo articolo mentre creo risorse future per JMP. Non vedo l'ora di sentire i tuoi pensieri nei commenti e sarò felice di rispondere a qualsiasi domanda!
