Informazioni di base sullo studio del neuroblastoma
Il set di dati sul neuroblastoma (NB) (endpoint J, K, L e M) è stato fornito dall'ospedale pediatrico dell'Università di Colonia, in Germania. I campioni di tumore sono stati controllati da un patologo prima dell'isolamento dell'RNA; sono stati utilizzati solo campioni con un contenuto tumorale = 60% e l'RNA totale è stato isolato da circa 50 mg di tessuto di neuroblastoma congelato ottenuto prima del trattamento chemioterapico. In primo luogo, sono stati forniti 502 profili replicati 11K Agilent 11K preesistenti, replicati a doppio colore, per 251 pazienti. Di questi, i profili di 246 campioni di neuroblastoma hanno superato una valutazione della qualità MAQC-II indipendente con decisione a maggioranza e hanno formato il set di dati di addestramento MAQC-II. Successivamente, sono stati generati 514 profili replicati a doppio colore 11K con dyeflip per 256 campioni di tumore neuroblastoma indipendente e sono stati selezionati profili per 253 campioni per formare il set di convalida MAQC-II. Da notare, per un paziente del set di convalida, sono stati analizzati due diversi campioni di tumore utilizzando entrambe le versioni del microarray 2x11K (vedi sotto). Tutta l'espressione genica a doppio colore del set di addestramento MAQC-II è stata generata utilizzando un microarray personalizzato correlato al neuroblastoma 2x11K. Inoltre, 20 pazienti del set di validazione MAQC-II sono stati profilati utilizzando questo microarray. I profili a doppio colore dei restanti pazienti del set di convalida MAQC-II sono stati eseguiti utilizzando una versione leggermente rivista del microarray 2x11K. Questa versione V2.0 dell'array comprendeva 200 nuove sonde oligonucleotidiche mentre 100 sonde oligonucleotidiche del progetto originale sono state rimosse a causa di valori di espressione bassi coerenti (vicino allo sfondo) osservati nei profili del set di addestramento. Queste piccole modifiche al design del microarray hanno portato a un totale di 9.986 sonde presenti su entrambe le versioni del microarray 2x11K. Il protocollo sperimentale non differiva tra i due set e i profili di espressione genica sono stati eseguiti come descritto. Inoltre, sono stati generati profili di espressione genica a colore singolo per 478/499 campioni di neuroblastoma dei set di formazione e convalida a doppio colore MAQC-II (set di formazione 244/246; set di convalida 234/253). Per i restanti 21 campioni non erano disponibili dati sul singolo colore, a causa della carenza di materiale tumorale di questi pazienti (n=15), della scarsa qualità sperimentale dei profili del singolo colore generati (n=5) o della correlazione di un singolo colore -profilo colore a due diversi profili bicolore per un paziente profilato con entrambe le versioni dei microarrays 2x11K (n=1). I profili di espressione genica a colore singolo sono stati generati utilizzando microarray di oligonucleotidi 4x44K personalizzati prodotti da Agilent Technologies (Palo Alto, CA, USA). Questi microarray 4x44K includevano tutte le sonde rappresentate da Whole Human Genome Oligo Microarray di Agilent e tutte le sonde della versione V2.0 del microarray personalizzato 2x11K che non erano presenti nel precedente set di sonde. L'etichettatura e l'ibridazione sono state eseguite seguendo il protocollo del produttore come descritto.
Progetto MAQC-II
Studio sul neuroblastoma
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