mRNA発現データを用いたD74神経芽腫研究神経芽腫研究の背景情報
神経芽細胞腫 (NB) データ セット (エンドポイント J、K、L、および M) は、ドイツのケルン大学小児病院から提供されました。 腫瘍サンプルは、RNA 分離の前に病理学者によってチェックされました。腫瘍含有量が 60% を超えるサンプルのみを使用し、化学療法前に得られた約 50 mg の急速冷凍神経芽細胞腫組織から全 RNA を分離しました。 最初に、251 人の患者の 502 の既存の 11K アジレント ダイ フリップ デュアル カラー複製プロファイルが提供されました。 これらのうち、246 の神経芽細胞腫サンプルのプロファイルが多数決による独立した MAQC-II 品質評価に合格し、MAQC-II トレーニング データ セットを形成しました。 続いて、256 個の独立した神経芽腫腫瘍サンプルの 514 個のダイフリップ デュアルカラー 11K 複製プロファイルが生成され、253 個のサンプルのプロファイルが選択されて MAQC-II 検証セットが形成されました。 注目すべきは、検証セットの 1 人の患者について、2x11K マイクロアレイの両方のバージョンを利用して 2 つの異なる腫瘍サンプルを分析したことです (以下を参照)。 MAQC-II トレーニング セットのすべてのデュアル カラー遺伝子発現は、カスタマイズされた 2x11K 神経芽細胞腫関連マイクロ アレイを使用して生成されました。 さらに、MAQC-II 検証セットの 20 人の患者も、このマイクロアレイを利用してプロファイリングされました。 MAQC-II 検証セットの残りの患者のデュアル カラー プロファイルは、2x11K マイクロ アレイのわずかに修正されたバージョンを使用して実行されました。 アレイのこのバージョン V2.0 は 200 個の新規オリゴヌクレオチド プローブで構成されていましたが、元の設計の 100 個のオリゴヌクレオチド プローブは、トレーニング セット プロファイルで観察された一貫した低い発現値 (バックグラウンドに近い) のために削除されました。 マイクロ アレイ デザインのこれらのマイナーな変更により、2x11K マイクロ アレイの両方のバージョンに合計 9,986 個のプローブが存在しました。 実験プロトコルは両方のセット間で違いはなく、遺伝子発現プロファイルは記載されているように実行されました。 さらに、MAQC-II デュアルカラー トレーニングおよび検証セット (トレーニング セット 244/246; 検証セット 234/253) の 478/499 神経芽細胞腫サンプルについて、単色遺伝子発現プロファイルが生成されました。 残りの 21 のサンプルについては、これらの患者の腫瘍材料の不足 (n=15)、生成された単色プロファイルの実験的品質の低さ (n=5)、または 1 つの単色の相関のため、単色データは利用できませんでした。 -2x11K マイクロアレイの両方のバージョンでプロファイリングされた 1 人の患者の 2 つの異なるデュアルカラー プロファイルへのカラー プロファイル (n=1)。 単色遺伝子発現プロファイルは、Agilent Technologies (Palo Alto, CA, USA) が製造したカスタマイズされた 4x44K オリゴヌクレオチド マイクロアレイを使用して生成されました。 これらの 4x44K マイクロアレイには、アジレントの全ヒトゲノムオリゴマイクロアレイに代表されるすべてのプローブと、以前のプローブセットには存在しなかった 2x11K カスタマイズされたマイクロアレイのバージョン V2.0 のすべてのプローブが含まれていました。 標識およびハイブリダイゼーションは、記載されている製造業者のプロトコルに従って行った。
MAQC-Ⅱプロジェクト
神経芽腫研究
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