遺伝子発現データを用いたD74神経芽細胞腫の研究神経芽細胞腫研究の背景情報
神経芽細胞腫（NB）データセット（エンドポイントJ、K、L、およびM）は、ドイツのケルン大学の小児病院から提供されました。 腫瘍サンプルは、RNA分離の前に病理学者によってチェックされました。腫瘍含有量が60％のサンプルのみを使用し、化学療法治療前に得られた約50mgの急速凍結神経芽細胞腫組織からトータルRNAを単離しました。 最初に、251人の患者に502個の既存の11Kアジレント色素反転デュアルカラー複製プロファイルが提供されました。 これらのうち、246の神経芽細胞腫サンプルのプロファイルは、多数決による独立したMAQC-II品質評価に合格し、MAQC-IIトレーニングデータセットを形成しました。 続いて、256個の独立した神経芽細胞腫腫瘍サンプルの514個の色素反転デュアルカラー11K複製プロファイルが生成され、253個のサンプルのプロファイルが選択されてMAQC-II検証セットが形成されました。 注目すべきことに、検証セットの1人の患者について、2x11Kマイクロアレイの両方のバージョンを利用して2つの異なる腫瘍サンプルを分析しました（以下を参照）。 MAQC-IIトレーニングセットのすべてのデュアルカラー遺伝子発現は、カスタマイズされた2x11K神経芽細胞腫関連マイクロアレイを使用して生成されました。 さらに、MAQC-II検証セットの20人の患者もこのマイクロアレイを利用してプロファイリングされました。 MAQC-II検証セットの残りの患者のデュアルカラープロファイルは、2x11Kマイクロアレイのわずかに改訂されたバージョンを使用して実行されました。 アレイのこのバージョンV2.0は、200個の新規オリゴヌクレオチドプローブで構成されていましたが、トレーニングセットプロファイルで観察された一貫した低い発現値（バックグラウンドに近い）のため、元のデザインの100個のオリゴヌクレオチドプローブが削除されました。 マイクロアレイ設計のこれらのマイナーな変更により、2x11Kマイクロアレイの両方のバージョンに合計9,986個のプローブが存在するようになりました。 実験プロトコルは両方のセット間で異ならなかった、そして遺伝子発現プロファイルは記述されたように実行された。 さらに、MAQC-IIデュアルカラートレーニングおよび検証セット（トレーニングセット244/246;検証セット234/253）の478/499神経芽細胞腫サンプルに対して単色遺伝子発現プロファイルが生成されました。 残りの21のサンプルでは、これらの患者の腫瘍材料の不足（n = 15）、生成された単色プロファイルの実験品質の低さ（n = 5）、または1つの単一の相関のいずれかにより、単色データは利用できませんでした。 -2x11Kマイクロアレイの両方のバージョンでプロファイルされた1人の患者の2つの異なるデュアルカラープロファイルへのカラープロファイル（n = 1）。 単色遺伝子発現プロファイルは、Agilent Technologies（Palo Alto、CA、USA）によって製造されたカスタマイズされた4x44Kオリゴヌクレオチドマイクロアレイを使用して生成されました。 これらの4x44Kマイクロアレイには、AgilentのWhole Human Genome Oligo Microarrayで表されるすべてのプローブと、以前のプローブセットには存在しなかった2x11KカスタマイズマイクロアレイのバージョンV2.0のすべてのプローブが含まれていました。 標識およびハイブリダイゼーションは、記載されているように製造業者のプロトコルに従って実施された。
MAQC-IIプロジェクト
神経芽細胞腫研究
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