Antecedentes del estudio de neuroblastoma
El conjunto de datos de neuroblastoma (NB) (criterios de valoración J, K, L y M) fue aportado por el Children's Hospital de la Universidad de Colonia, Alemania. Las muestras tumorales fueron revisadas por un patólogo antes del aislamiento del ARN; sólo se utilizaron muestras con un contenido de tumor =60% y se aisló el ARN total de ~50 mg de tejido de neuroblastoma ultracongelado obtenido antes del tratamiento quimioterapéutico. En primer lugar, se proporcionaron 502 perfiles de réplica de dos colores con cambio de tinte 11K Agilent preexistentes para 251 pacientes. De estos, los perfiles de 246 muestras de neuroblastoma pasaron una evaluación de calidad MAQC-II independiente por decisión mayoritaria y formaron el conjunto de datos de entrenamiento MAQC-II. Posteriormente, se generaron 514 perfiles de réplica de 11K de color dual con cambio de tinte para 256 muestras de tumores de neuroblastoma independientes y se seleccionaron perfiles para 253 muestras para formar el conjunto de validación MAQC-II. Es de destacar que para un paciente del conjunto de validación, se analizaron dos muestras de tumores diferentes utilizando ambas versiones de la micromatriz 2x11K (ver más abajo). Toda la expresión génica de color dual del conjunto de entrenamiento MAQC-II se generó utilizando un microarreglo relacionado con neuroblastoma 2x11K personalizado. Además, también se perfilaron 20 pacientes del conjunto de validación MAQC-II utilizando este microarreglo. Los perfiles de dos colores de los pacientes restantes del conjunto de validación MAQC-II se realizaron utilizando una versión ligeramente revisada del microarreglo 2x11K. Esta versión V2.0 de la matriz constaba de 200 sondas de oligonucleótidos novedosas, mientras que se eliminaron 100 sondas de oligonucleótidos del diseño original debido a los valores de expresión bajos consistentes (casi el fondo) observados en los perfiles del conjunto de entrenamiento. Estas modificaciones menores del diseño del microarreglo dieron como resultado un total de 9986 sondas presentes en ambas versiones del microarreglo 2x11K. El protocolo experimental no difirió entre ambos conjuntos y los perfiles de expresión génica se realizaron como se describe. Además, se generaron perfiles de expresión génica de un solo color para 478/499 muestras de neuroblastoma de los conjuntos de entrenamiento y validación de dos colores MAQC-II (conjunto de entrenamiento 244/246; conjunto de validación 234/253). Para las 21 muestras restantes no se disponía de datos de un solo color, debido a la escasez de material tumoral de estos pacientes (n=15), la mala calidad experimental de los perfiles de un solo color generados (n=5) o la correlación de un solo color. -perfil de color a dos perfiles de dos colores diferentes para el perfil de un paciente con ambas versiones de los microarrays 2x11K (n=1). Se generaron perfiles de expresión génica de un solo color utilizando microarrays de oligonucleótidos 4x44K personalizados producidos por Agilent Technologies (Palo Alto, CA, EE. UU.). Estos microarreglos de 4x44K incluían todas las sondas representadas por el microarreglo de oligoelementos del genoma humano completo de Agilent y todas las sondas de la versión V2.0 del microarreglo personalizado de 2x11K que no estaban presentes en el conjunto de sondas anterior. El marcaje y la hibridación se realizaron siguiendo el protocolo del fabricante descrito.
Proyecto MAQC-II
Estudio de neuroblastoma
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