신경모세포종 연구 배경 정보
신경모세포종(NB) 데이터 세트(엔드포인트 J, K, L 및 M)는 독일 쾰른 대학교 아동 병원에서 기증했습니다. RNA 분리 전에 병리학자가 종양 샘플을 확인했습니다. 종양 함량이 60% 이하인 샘플만 활용하고 화학요법 치료 전에 얻은 스냅 동결된 신경모세포종 조직 약 50mg에서 총 RNA를 분리했습니다. 먼저, 251명의 환자에 대한 502개의 기존 11K 애질런트 염료 플립, 이중 색상 복제 프로필이 제공되었습니다. 이 중 246개 신경모세포종 샘플의 프로필은 다수결에 의한 독립적인 MAQC-II 품질 평가를 통과했으며 MAQC-II 훈련 데이터 세트를 형성했습니다. 그 후, 256개의 독립적인 신경모세포종 종양 샘플에 대한 514개의 염색 이중 색상 11K 복제 프로파일이 생성되었고 253개의 샘플에 대한 프로파일이 선택되어 MAQC-II 검증 세트를 형성했습니다. 주목할만한 것은 검증 세트의 한 환자에 대해 두 가지 다른 종양 샘플이 2x11K 마이크로어레이의 두 가지 버전을 모두 사용하여 분석되었다는 것입니다(아래 참조). MAQC-II 훈련 세트의 모든 이중 색상 유전자 발현은 맞춤형 2x11K 신경모세포종 관련 마이크로어레이를 사용하여 생성되었습니다. 또한, MAQC-II 검증 세트의 20명의 환자도 이 마이크로어레이를 사용하여 프로파일링되었습니다. MAQC-II 검증 세트의 나머지 환자의 이중 색상 프로파일은 2x11K 마이크로어레이의 약간 수정된 버전을 사용하여 수행되었습니다. 어레이의 이 버전 V2.0은 200개의 새로운 올리고뉴클레오티드 프로브를 포함하는 반면, 원래 디자인의 100개의 올리고뉴클레오티드 프로브는 트레이닝 세트 프로파일에서 관찰된 일관된 낮은 발현 값(배경 근처)으로 인해 제거되었습니다. 마이크로어레이 설계의 이러한 사소한 수정으로 인해 2x11K 마이크로어레이의 두 버전에 총 9,986개의 프로브가 존재했습니다. 실험 프로토콜은 두 세트 간에 다르지 않았으며 유전자 발현 프로필은 설명된 대로 수행되었습니다. 또한, MAQC-II 이중 색상 훈련 및 검증 세트(훈련 세트 244/246; 검증 세트 234/253)의 478/499 신경모세포종 샘플에 대해 단일 색상 유전자 발현 프로파일이 생성되었습니다. 나머지 21개 샘플의 경우 이러한 환자의 종양 물질 부족(n=15), 생성된 단색 프로파일의 낮은 실험 품질(n=5) 또는 하나의 단일 색상의 상관관계로 인해 단일 색상 데이터를 사용할 수 없었습니다. - 두 가지 버전의 2x11K 마이크로어레이(n=1)로 프로파일링된 한 환자에 대한 두 가지 이중 색상 프로파일에 대한 색상 프로파일. 단색 유전자 발현 프로필은 Agilent Technologies(Palo Alto, CA, USA)에서 제작한 맞춤형 4x44K 올리고뉴클레오티드 마이크로어레이를 사용하여 생성되었습니다. 이 4x44K 마이크로어레이에는 Agilent의 Whole Human Genome Oligo Microarray로 대표되는 모든 프로브와 이전 프로브 세트에는 없었던 2x11K 맞춤형 마이크로어레이 버전 V2.0의 모든 프로브가 포함되었습니다. 라벨링 및 하이브리드화는 설명된 대로 제조업체의 프로토콜에 따라 수행되었습니다.
MAQC-II 프로젝트
신경모세포종 연구
여기에서 데이터 다운로드
