신경모세포종 연구 배경 정보
신경모세포종(NB) 데이터 세트(종점 J, K, L 및 M)는 독일 쾰른 대학교 아동 병원에서 제공했습니다. 종양 샘플은 RNA 분리 전에 병리학자가 확인했습니다. 종양 함량이 60%인 샘플만 사용하고 화학요법 치료 전에 얻은 ~50mg의 급속 동결된 신경모세포종 조직에서 총 RNA를 분리했습니다. 먼저, 251명의 환자에 대해 502개의 기존 11K Agilent 염료 뒤집힌 이중 색상 복제 프로파일이 제공되었습니다. 이들 중 246개 신경모세포종 샘플의 프로필은 다수의 결정에 의한 독립적인 MAQC-II 품질 평가를 통과했으며 MAQC-II 훈련 데이터 세트를 형성했습니다. 그 후, 256개의 독립적인 신경모세포종 종양 샘플에 대한 514개의 염색 반전된 이중 색상 11K 복제 프로파일이 생성되었고 253개의 샘플에 대한 프로파일이 선택되어 MAQC-II 검증 세트를 형성했습니다. 참고로, 검증 세트의 한 환자에 대해 2x11K 마이크로어레이의 두 버전을 모두 사용하여 두 가지 다른 종양 샘플을 분석했습니다(아래 참조). MAQC-II 훈련 세트의 모든 이중 색상 유전자 발현은 맞춤형 2x11K 신경모세포종 관련 마이크로어레이를 사용하여 생성되었습니다. 또한, MAQC-II 검증 세트의 20명의 환자도 이 마이크로어레이를 사용하여 프로파일링되었습니다. MAQC-II 검증 세트의 나머지 환자의 이중 색상 프로파일은 2x11K 마이크로어레이의 약간 수정된 버전을 사용하여 수행되었습니다. 어레이의 이 버전 V2.0은 200개의 신규 올리고뉴클레오티드 프로브로 구성된 반면 원래 디자인의 100개 올리고뉴클레오티드 프로브는 트레이닝 세트 프로파일에서 관찰된 일관된 낮은 발현 값(배경에 가까운)으로 인해 제거되었습니다. 마이크로어레이 디자인의 이러한 사소한 수정으로 인해 2x11K 마이크로어레이의 두 버전에 총 9,986개의 프로브가 존재하게 되었습니다. 실험 프로토콜은 두 세트 간에 차이가 없었고 유전자 발현 프로파일은 설명된 대로 수행되었습니다. 또한, MAQC-II 이중 색상 훈련 및 검증 세트(훈련 세트 244/246, 검증 세트 234/253)의 478/499 신경모세포종 샘플에 대해 단일 색상 유전자 발현 프로파일이 생성되었습니다. 나머지 21개 샘플의 경우 이러한 환자의 종양 물질 부족(n=15), 생성된 단일 색상 프로파일의 열악한 실험 품질(n=5) 또는 -두 가지 버전의 2x11K 마이크로어레이(n=1)로 프로파일링된 한 환자에 대한 두 가지 다른 이중 색상 프로파일에 대한 색상 프로파일. 단일 색상 유전자 발현 프로파일은 Agilent Technologies(Palo Alto, CA, USA)에서 생산한 맞춤형 4x44K 올리고뉴클레오티드 마이크로어레이를 사용하여 생성되었습니다. 이러한 4x44K 마이크로어레이에는 Agilent의 Whole Human Genome Oligo Microarray로 대표되는 모든 프로브와 이전 프로브 세트에는 없었던 2x11K 맞춤형 마이크로어레이 버전 V2.0의 모든 프로브가 포함되었습니다. 라벨링 및 하이브리드화는 설명된 대로 제조업체의 프로토콜에 따라 수행되었습니다.
MAQC-II 프로젝트
신경모세포종 연구
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