D74 神经母细胞瘤研究与 mRNA 表达数据神经母细胞瘤研究背景信息
神经母细胞瘤 (NB) 数据集（端点 J、K、L 和 M）由德国科隆大学儿童医院提供。 肿瘤样本在 RNA 分离之前由病理学家检查；仅使用肿瘤含量为 60% 的样本，并从化疗前获得的约 50 毫克速冻神经母细胞瘤组织中分离出总 RNA。 首先，为 251 名患者提供了 502 个预先存在的 11K 安捷伦染料翻转双色复制图谱。 其中，246 个神经母细胞瘤样本的概况以多数决定通过了独立的 MAQC-II 质量评估，并形成了 MAQC-II 训练数据集。 随后，为 256 个独立的神经母细胞瘤肿瘤样本生成了 514 个染料翻转双色 11K 复制图谱，并选择了 253 个样本的图谱以形成 MAQC-II 验证集。 值得注意的是，对于验证集中的一名患者，使用两个版本的 2x11K 微阵列分析了两个不同的肿瘤样本（见下文）。 MAQC-II 训练集的所有双色基因表达均使用定制的 2x11K 神经母细胞瘤相关微阵列生成。 此外，MAQC-II 验证集的 20 名患者也使用该微阵列进行了分析。 MAQC-II 验证集其余患者的双色图谱是使用略微修改的 2x11K 微阵列版本进行的。 该阵列的 V2.0 版本包含 200 个新的寡核苷酸探针，而由于在训练集配置文件中观察到一致的低表达值（接近背景），原始设计的 100 个寡核苷酸探针被删除。 微阵列设计的这些微小修改导致 2x11K 微阵列的两个版本上共有 9,986 个探针。 实验方案在两组之间没有差异，并且如所述进行基因表达谱。 此外，为 MAQC-II 双色训练和验证集（训练集 244/246；验证集 234/253）的 478/499 个神经母细胞瘤样本生成了单色基因表达谱。 对于其余 21 个样本，没有可用的单色数据，原因是这些患者 (n=15) 的肿瘤材料短缺、生成的单色图谱 (n=5) 的实验质量差，或者一个单一的相关性- 一名患者使用两种版本的 2x11K 微阵列 (n = 1) 分析的颜色配置文件到两个不同的双色配置文件。 使用安捷伦科技公司（美国加利福尼亚州帕洛阿尔托）生产的定制 4x44K 寡核苷酸微阵列生成单色基因表达谱。 这些 4x44K 微阵列包括以安捷伦全人类基因组寡核苷酸微阵列为代表的所有探针，以及之前探针组中不存在的 2x11K 定制微阵列 V2.0 版本的所有探针。 按照所述制造商的方案进行标记和杂交。
MAQC-II项目
神经母细胞瘤研究
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