D74 神經母細胞瘤研究與 mRNA 表達數據神經母細胞瘤研究背景信息
神經母細胞瘤 (NB) 數據集（端點 J、K、L 和 M）由德國科隆大學兒童醫院提供。 腫瘤樣本在 RNA 分離之前由病理學家檢查；僅使用腫瘤含量為 60% 的樣本，並從化療前獲得的約 50 毫克速凍神經母細胞瘤組織中分離出總 RNA。 首先，為 251 名患者提供了 502 個預先存在的 11K 安捷倫染料翻轉雙色複製圖譜。 其中，246 個神經母細胞瘤樣本的概況以多數決定通過了獨立的 MAQC-II 質量評估，並形成了 MAQC-II 訓練數據集。 隨後，為 256 個獨立的神經母細胞瘤腫瘤樣本生成了 514 個染料翻轉雙色 11K 複製圖譜，並選擇了 253 個樣本的圖譜以形成 MAQC-II 驗證集。 值得注意的是，對於驗證組的一名患者，使用兩個版本的 2x11K 微陣列分析了兩個不同的腫瘤樣本（見下文）。 MAQC-II 訓練集的所有雙色基因表達均使用定制的 2x11K 神經母細胞瘤相關微陣列生成。 此外，MAQC-II 驗證集的 20 名患者也使用該微陣列進行了分析。 MAQC-II 驗證集其餘患者的雙色圖譜是使用略微修改的 2x11K 微陣列版本進行的。 該陣列的 V2.0 版本包含 200 個新的寡核苷酸探針，而由於在訓練集配置文件中觀察到一致的低表達值（接近背景），原始設計的 100 個寡核苷酸探針被刪除。 微陣列設計的這些微小修改導致 2x11K 微陣列的兩個版本上共有 9,986 個探針。 實驗方案在兩組之間沒有差異，並且如所述進行基因表達譜。 此外，為 MAQC-II 雙色訓練和驗證集（訓練集 244/246；驗證集 234/253）的 478/499 個神經母細胞瘤樣本生成了單色基因表達譜。 對於其餘 21 個樣本，沒有可用的單色數據，原因是這些患者 (n=15) 的腫瘤材料短缺、生成的單色圖譜 (n=5) 的實驗質量差，或者一個單一的相關性- 一名患者使用兩種版本的 2x11K 微陣列 (n = 1) 分析的顏色配置文件到兩個不同的雙色配置文件。 使用安捷倫科技公司（美國加利福尼亞州帕洛阿爾托）生產的定制 4x44K 寡核苷酸微陣列生成單色基因表達譜。 這些 4x44K 微陣列包括以安捷倫全人類基因組寡核苷酸微陣列為代表的所有探針，以及之前探針組中不存在的 2x11K 定制微陣列 V2.0 版本的所有探針。 按照所述製造商的方案進行標記和雜交。
MAQC-II項目
神經母細胞瘤研究
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實例探究數據表JMP 基因組學
