Hintergrundinformationen zur Neuroblastom-Studie
Der Neuroblastom (NB)-Datensatz (Endpunkte J, K, L und M) wurde von der Kinderklinik der Universität zu Köln, Deutschland, beigesteuert. Tumorproben wurden vor der RNA-Isolierung von einem Pathologen untersucht; Es wurden nur Proben mit einem Tumorgehalt von = 60 % verwendet, und die Gesamt-RNA wurde aus etwa 50 mg schockgefrorenem Neuroblastomgewebe isoliert, das vor der chemotherapeutischen Behandlung erhalten wurde. Zunächst wurden 502 bereits vorhandene 11K Agilent Dye-Flip-Doppelfarb-Replikatprofile für 251 Patienten bereitgestellt. Von diesen bestanden Profile von 246 Neuroblastomproben eine unabhängige MAQC-II-Qualitätsbewertung durch Mehrheitsentscheidung und bildeten den MAQC-II-Trainingsdatensatz. Anschließend wurden 514 farbumgekehrte zweifarbige 11K-Replikatprofile für 256 unabhängige Neuroblastom-Tumorproben erstellt und Profile für 253 Proben ausgewählt, um das MAQC-II-Validierungsset zu bilden. Zu beachten ist, dass für einen Patienten des Validierungssatzes zwei verschiedene Tumorproben unter Verwendung beider Versionen des 2x11K-Mikroarrays analysiert wurden (siehe unten). Alle zweifarbigen Genexpressionen des MAQC-II-Trainingssets wurden unter Verwendung eines angepassten 2x11K-Neuroblastom-bezogenen Mikroarrays generiert. Darüber hinaus wurden auch 20 Patienten des MAQC-II-Validierungssets unter Verwendung dieses Microarrays profiliert. Zweifarbige Profile der verbleibenden Patienten des MAQC-II-Validierungssets wurden unter Verwendung einer leicht überarbeiteten Version des 2x11K-Mikroarrays erstellt. Diese Version V2.0 des Arrays umfasste 200 neue Oligonukleotidsonden, während 100 Oligonukleotidsonden des ursprünglichen Designs entfernt wurden, da in den Trainingssatzprofilen konsistent niedrige Expressionswerte (nahezu Hintergrund) beobachtet wurden. Diese geringfügigen Modifikationen des Microarray-Designs führten dazu, dass auf beiden Versionen des 2x11K-Microarrays insgesamt 9.986 Sonden vorhanden waren. Das experimentelle Protokoll unterschied sich nicht zwischen beiden Sätzen und die Genexpressionsprofile wurden wie beschrieben durchgeführt. Darüber hinaus wurden einfarbige Genexpressionsprofile für 478/499 Neuroblastomproben der zweifarbigen MAQC-II-Trainings- und Validierungssets (Trainingsset 244/246; Validierungsset 234/253) erstellt. Für die verbleibenden 21 Proben waren keine Einfarbendaten verfügbar, entweder aufgrund von Mangel an Tumormaterial dieser Patienten (n=15), schlechter experimenteller Qualität der erzeugten Einfarbenprofile (n=5) oder Korrelation von einem einzigen -Farbprofil in zwei verschiedene zweifarbige Profile für den einen Patienten, der mit beiden Versionen der 2x11K-Microarrays (n=1) profiliert wurde. Einfarbige Genexpressionsprofile wurden unter Verwendung von kundenspezifischen 4x44K-Oligonukleotid-Microarrays erzeugt, die von Agilent Technologies (Palo Alto, CA, USA) hergestellt wurden. Diese 4x44K-Microarrays enthielten alle Sonden, die von Agilents Whole Human Genome Oligo Microarray dargestellt werden, sowie alle Sonden der Version V2.0 des 2x11K-Customized-Microarrays, die im früheren Sondensatz nicht vorhanden waren. Die Markierung und Hybridisierung wurde gemäß dem Protokoll des Herstellers wie beschrieben durchgeführt.
MAQC-II-Projekt
Neuroblastom-Studie
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