Informations générales sur l'étude sur le neuroblastome
L'ensemble de données sur le neuroblastome (NB) (critères J, K, L et M) a été fourni par l'Hôpital pour enfants de l'Université de Cologne, en Allemagne. Les échantillons de tumeur ont été vérifiés par un pathologiste avant l'isolement de l'ARN ; seuls des échantillons avec une teneur en tumeur = 60 % ont été utilisés et l'ARN total a été isolé à partir d'environ 50 mg de tissu de neuroblastome congelé instantané obtenu avant le traitement chimiothérapeutique. Tout d'abord, 502 profils répliqués préexistants 11K Agilent à colorant inversé et bicolore pour 251 patients ont été fournis. Parmi ceux-ci, les profils de 246 échantillons de neuroblastome ont passé une évaluation indépendante de la qualité MAQC-II par décision majoritaire et ont formé l'ensemble de données de formation MAQC-II. Par la suite, 514 profils répliqués 11K bicolores à colorant pour 256 échantillons indépendants de tumeurs de neuroblastome ont été générés et les profils de 253 échantillons ont été sélectionnés pour former l'ensemble de validation MAQC-II. Il convient de noter que pour un patient de l'ensemble de validation, deux échantillons de tumeurs différents ont été analysés en utilisant les deux versions du microréseau 2x11K (voir ci-dessous). Toutes les expressions géniques bicolores de l'ensemble d'entraînement MAQC-II ont été générées à l'aide d'un microréseau personnalisé lié au neuroblastome 2x11K. En outre, 20 patients de l'ensemble de validation MAQC-II ont également été profilés en utilisant ce microréseau. Les profils bicolores des patients restants de l'ensemble de validation MAQC-II ont été réalisés à l'aide d'une version légèrement révisée du microréseau 2x11K. Cette version V2.0 de la matrice comprenait 200 nouvelles sondes oligonucléotidiques, tandis que 100 sondes oligonucléotidiques de la conception originale ont été supprimées en raison de valeurs d'expression faibles constantes (proche du bruit de fond) observées dans les profils d'ensemble d'apprentissage. Ces modifications mineures de la conception du microréseau ont donné lieu à un total de 9 986 sondes présentes sur les deux versions du microréseau 2x11K. Le protocole expérimental ne différait pas entre les deux ensembles et les profils d'expression génique ont été réalisés comme décrit. En outre, des profils d'expression génique à une seule couleur ont été générés pour 478/499 échantillons de neuroblastome des ensembles d'entraînement et de validation bicolores MAQC-II (ensemble d'entraînement 244/246 ; ensemble de validation 234/253). Pour les 21 échantillons restants, aucune donnée monochrome n'était disponible, en raison soit d'un manque de matériel tumoral chez ces patients (n=15), soit d'une mauvaise qualité expérimentale des profils monochromes générés (n=5), soit de la corrélation d'un seul -profil de couleur à deux profils bicolores différents pour le patient profilé avec les deux versions des puces 2x11K (n = 1). Des profils d'expression génique à une seule couleur ont été générés à l'aide de microréseaux d'oligonucléotides 4x44K personnalisés produits par Agilent Technologies (Palo Alto, CA, USA). Ces puces à ADN 4x44K comprenaient toutes les sondes représentées par la puce à oligoéléments du génome humain entier d'Agilent et toutes les sondes de la version V2.0 de la puce à ADN personnalisée 2x11K qui n'étaient pas présentes dans l'ancien ensemble de sondes. Le marquage et l'hybridation ont été effectués en suivant le protocole du fabricant tel que décrit.
Projet MAQC-II
Étude sur le neuroblastome
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