D74 具有遗传表达数据的神经母细胞瘤研究神经母细胞瘤研究背景信息
神经母细胞瘤 (NB) 数据集（端点 J、K、L 和 M）由德国科隆大学儿童医院提供。 肿瘤样本在 RNA 分离前由病理学家检查；仅使用具有= 60％肿瘤含量的样品，并从化疗治疗前获得的约50mg速冻神经母细胞瘤组织中分离总RNA。 首先，为 251 名患者提供了 502 个预先存在的 11K 安捷伦染料翻转双色重复配置文件。 其中，246 个神经母细胞瘤样本的概况通过多数决定通过了独立的 MAQC-II 质量评估，并形成了 MAQC-II 训练数据集。 随后，为 256 个独立的神经母细胞瘤肿瘤样本生成了 514 个染色翻转双色 11K 复制配置文件，并选择了 253 个样本的配置文件以形成 MAQC-II 验证集。 值得注意的是，对于验证集的一名患者，使用两种版本的 2x11K 微阵列分析了两种不同的肿瘤样本（见下文）。 MAQC-II 训练集的所有双色基因表达均使用定制的 2x11K 神经母细胞瘤相关微阵列生成。 此外，还使用该微阵列对 MAQC-II 验证集的 20 名患者进行了分析。 MAQC-II 验证集的其余患者的双色图谱是使用略微修改的 2x11K 微阵列版本进行的。 该阵列的 V2.0 版本包含 200 个新的寡核苷酸探针，而原始设计的 100 个寡核苷酸探针由于在训练集配置文件中观察到的一致的低表达值（接近背景）而被移除。 这些微阵列设计的微小修改导致两个版本的 2x11K 微阵列上共有 9,986 个探针。 两组之间的实验方案没有差异，并且如所述进行基因表达谱。 此外，为 MAQC-II 双色训练和验证集（训练集 244/246；验证集 234/253）的 478/499 个神经母细胞瘤样本生成了单色基因表达谱。 对于剩余的 21 个样本，没有可用的单色数据，原因是这些患者的肿瘤材料短缺 (n=15)、生成的单色图谱的实验质量差 (n=5) 或单色图的相关性-对于使用两种版本的 2x11K 微阵列 (n=1) 进行分析的一名患者，将颜色配置文件转换为两种不同的双色配置文件。 使用 Agilent Technologies (Palo Alto, CA, USA) 生产的定制 4x44K 寡核苷酸微阵列生成单色基因表达谱。 这些 4x44K 微阵列包括安捷伦全人类基因组寡核苷酸微阵列所代表的所有探针以及 2x11K 定制微阵列 V2.0 版本的所有探针，这些探针在以前的探针组中不存在。 标记和杂交按照所述制造商的方案进行。
MAQC-II项目
神经母细胞瘤研究
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