Antecedentes del estudio de cáncer de mama
El conjunto de datos de cáncer de mama humano (BR) (puntos finales D y E) fue aportado por el MD Anderson Cancer Center de la Universidad de Texas (MDACC, Houston, TX, EE. UU.). Los datos de expresión génica de 230 cánceres de mama en etapa I-III se generaron a partir de muestras de aspiración con aguja fina de cánceres de mama recién diagnosticados antes de cualquier terapia. Las muestras de biopsia se recolectaron secuencialmente durante un estudio prospectivo de descubrimiento de marcadores farmacogenómicos entre 2000 y 2008. Estas muestras representan un 70-90 % de células neoplásicas puras con una contaminación estromal mínima. Los pacientes recibieron 6 meses de quimioterapia preoperatoria (neoadyuvante) que incluía paclitaxel, 5-fluorouracilo, ciclofosfamida y doxorrubicina, seguida de resección quirúrgica del cáncer. La respuesta a la quimioterapia preoperatoria se clasificó como respuesta patológica completa (pCR = sin cáncer invasivo residual en la mama o los ganglios linfáticos) o cáncer invasivo residual (RD), y se usó como criterio de valoración D para la predicción. El criterio de valoración E es el estado clínico del receptor de estrógeno según lo establecido por inmunohistoquímica. La extracción de ARN y el perfil de expresión génica se realizaron en múltiples lotes a lo largo del tiempo utilizando microarrays Affymetrix U133A. El análisis genómico de un subconjunto de esta población de pacientes acumulada secuencialmente se informó anteriormente. Para cada criterio de valoración, los primeros 130 casos se usaron como un conjunto de entrenamiento y los siguientes 100 casos se usaron como un conjunto de validación independiente.
Proyecto MAQC-II
Estudio de cáncer de mama humano
Descargar datos aquí (GSE16716-GPL96_series_matrix.txt.gz 17 MB)
