mRNA発現データを用いたD70乳がん研究乳がん研究の背景情報
ヒト乳癌 (BR) データセット (エンドポイント D および E) は、テキサス大学 MD アンダーソン癌センター (MDACC、ヒューストン、テキサス州、米国) から提供されました。 230 のステージ I ～ III の乳がんからの遺伝子発現データは、治療前に新たに診断された乳がんの細針吸引検体から生成されました。 生検標本は、2000 年から 2008 年にかけて行われた前向き薬理ゲノミクス マーカー発見研究中に順次収集されました。 これらの標本は、最小限の間質汚染を伴う 70 ～ 90% の純粋な新生物細胞を表しています。 患者は、パクリタキセル、5-フルオロウラシル、シクロホスファミド、ドキソルビシンを含む術前（ネオアジュバント）化学療法を6か月受けた後、癌の外科的切除を受けました。 術前化学療法に対する反応は、病理学的完全奏効（pCR = 乳房またはリンパ節に残存浸潤がんがない）または残存浸潤がん（RD）に分類され、予測のエンドポイント D として使用されました。 エンドポイント E は、免疫組織化学によって確立された臨床的なエストロゲン受容体の状態です。 RNA抽出と遺伝子発現プロファイリングは、Affymetrix U133Aマイクロアレイを使用して、時間をかけて複数のバッチで実行されました。 この連続して発生した患者集団のサブセットのゲノム解析は、以前に報告されました。 各エンドポイントについて、最初の 130 ケースがトレーニング セットとして使用され、次の 100 ケースが独立した検証セットとして使用されました。
MAQC-Ⅱプロジェクト
ヒト乳癌研究
データのダウンロードはこちら (GSE16716-GPL96_series_matrix.txt.gz 17MB)
ケーススタディデータ表JMPゲノミクス
