Informazioni di base sullo studio del cancro al seno
Il set di dati sul cancro al seno umano (BR) (endpoint D ed E) è stato fornito dal MD Anderson Cancer Center dell'Università del Texas (MDACC, Houston, TX, USA). I dati di espressione genica di 230 tumori al seno in stadio I-III sono stati generati da campioni di aspirazione con ago sottile di tumori al seno di nuova diagnosi prima di qualsiasi terapia. I campioni bioptici sono stati raccolti in sequenza durante uno studio prospettico di scoperta di marcatori farmacogenomici tra il 2000 e il 2008. Questi campioni rappresentano il 70-90% di cellule neoplastiche pure con contaminazione stromale minima. I pazienti hanno ricevuto 6 mesi di chemioterapia preoperatoria (neoadiuvante) comprendente paclitaxel, 5-fluorouracile, ciclofosfamide e doxorubicina seguita da resezione chirurgica del tumore. La risposta alla chemioterapia preoperatoria è stata classificata come risposta patologica completa (pCR = nessun carcinoma invasivo residuo nella mammella o nei linfonodi) o carcinoma invasivo residuo (RD) e utilizzata come endpoint D per la previsione. L'endpoint E è lo stato clinico del recettore degli estrogeni come stabilito dall'immunoistochimica. L'estrazione dell'RNA e la profilazione dell'espressione genica sono state eseguite in più lotti nel tempo utilizzando i microarray Affymetrix U133A. L'analisi genomica di un sottogruppo di questa popolazione di pazienti accumulata in sequenza è stata riportata in precedenza. Per ciascun endpoint, i primi 130 casi sono stati utilizzati come set di addestramento e i successivi 100 casi sono stati utilizzati come set di convalida indipendente.
Progetto MAQC II
Studio sul cancro al seno umano
Scarica i dati qui (GSE16716-GPL96_series_matrix.txt.gz 17MB)
