Hintergrundinformationen zur Brustkrebsstudie
Der Datensatz zum menschlichen Brustkrebs (BR) (Endpunkte D und E) wurde vom MD Anderson Cancer Center der Universität von Texas (MDACC, Houston, TX, USA) beigesteuert. Genexpressionsdaten von 230 Brustkrebserkrankungen der Stadien I-III wurden aus Feinnadelaspirationsproben neu diagnostizierter Brustkrebsarten vor jeglicher Therapie generiert. Die Biopsieproben wurden nacheinander während einer prospektiven Studie zur Entdeckung pharmakogenomischer Marker zwischen 2000 und 2008 entnommen. Diese Proben repräsentieren 70–90 % reine neoplastische Zellen mit minimaler Stromakontamination. Die Patienten erhielten 6 Monate lang eine präoperative (neoadjuvante) Chemotherapie mit Paclitaxel, 5-Fluorouracil, Cyclophosphamid und Doxorubicin, gefolgt von einer chirurgischen Resektion des Krebses. Das Ansprechen auf die präoperative Chemotherapie wurde als pathologisches vollständiges Ansprechen (pCR = kein verbleibender invasiver Krebs in der Brust oder in den Lymphknoten) oder verbleibender invasiver Krebs (RD) kategorisiert und als Endpunkt D für die Vorhersage verwendet. Endpunkt E ist der klinische Östrogenrezeptorstatus, wie er durch Immunhistochemie ermittelt wurde. RNA-Extraktion und Genexpressionsprofilierung wurden im Laufe der Zeit in mehreren Chargen unter Verwendung von Affymetrix U133A-Microarrays durchgeführt. Genomische Analysen einer Untergruppe dieser sequenziell aufgelaufenen Patientenpopulation wurden zuvor berichtet. Für jeden Endpunkt wurden die ersten 130 Fälle als Trainingssatz und die nächsten 100 Fälle als unabhängiger Validierungssatz verwendet.
MAQC-II-Projekt
Humane Brustkrebsstudie
Daten hier herunterladen (GSE16716-GPL96_series_matrix.txt.gz 17 MB)
