Renseignements généraux sur l'étude sur le cancer du sein
L'ensemble de données sur le cancer du sein humain (BR) (critères d'évaluation D et E) a été fourni par le MD Anderson Cancer Center de l'Université du Texas (MDACC, Houston, TX, États-Unis). Les données d'expression génique de 230 cancers du sein de stade I-III ont été générées à partir d'échantillons d'aspiration à l'aiguille fine de cancers du sein nouvellement diagnostiqués avant toute thérapie. Les échantillons de biopsie ont été prélevés séquentiellement au cours d'une étude prospective de découverte de marqueurs pharmacogénomiques entre 2000 et 2008. Ces échantillons représentent 70 à 90 % de cellules néoplasiques pures avec une contamination stromale minimale. Les patients ont reçu 6 mois de chimiothérapie préopératoire (néoadjuvante) comprenant du paclitaxel, du 5-fluorouracile, du cyclophosphamide et de la doxorubicine suivie d'une résection chirurgicale du cancer. La réponse à la chimiothérapie préopératoire a été classée comme une réponse pathologique complète (pCR = pas de cancer invasif résiduel dans le sein ou les ganglions lymphatiques) ou un cancer invasif résiduel (DR), et utilisée comme critère d'évaluation D pour la prédiction. Le critère d'évaluation E est le statut clinique des récepteurs aux œstrogènes tel qu'établi par immunohistochimie. L'extraction d'ARN et le profilage de l'expression génique ont été effectués en plusieurs lots au fil du temps à l'aide de microréseaux Affymetrix U133A. L'analyse génomique d'un sous-ensemble de cette population de patients séquentiellement augmentée a été rapportée précédemment. Pour chaque paramètre, les 130 premiers cas ont été utilisés comme ensemble d'apprentissage et les 100 cas suivants ont été utilisés comme ensemble de validation indépendant.
Projet MAQC-II
Étude sur le cancer du sein humain
Téléchargez les données ici (GSE16716-GPL96_series_matrix.txt.gz 17 Mo)
