Análisis de gwas de valores perdidosHola a todos,
Estoy tratando de ejecutar mi análisis GWAS. Al obtener los resultados en el cromosoma 7, aparecen algunos valores faltantes. No entiendo por qué aparece de esta manera. ¿Alguien me puede ayudar?
AnalíticaventanasRe: Análisis gwas de valores perdidosHola @SuperEla ,
¿Está utilizando JMP Genomics o JMP Pro? ¿Cual version?Además, ¿cómo está ejecutando su análisis GWAS?
Gracias,
Re: Análisis gwas de valores perdidosOtro pensamiento que tuve hace unos segundos fue la posibilidad de que falten datos para esos SNP a partir de ese momento para cada una de sus muestras. ¿Los genotipos están codificados numéricamente u otra codificación?
Re: Análisis gwas de valores perdidosHola @Chris_Kirchberg ,
Gracias por la rápida respuesta. Estoy usando JMP Genomics 13.2. Ejecuté el análisis a través de flujos de trabajo > avanzado > Flujo de trabajo de análisis genético QK.
Déjame saber si esa información ayuda.
Re: Análisis gwas de valores perdidos@Chris_Kirchberg
Los genotipos son numéricos.Entiendo que no debería faltar ningún valor ya que mi conjunto de datos de anotación (mapa) tiene toda la información para cada cromosoma.
Re: Análisis gwas de valores perdidosGracias por la información.I ese número de versión se refiere a la versión de JMP que utiliza JMP Genomics. ¿Recibió el número de la opción Ayuda>Acerca de JMP?
No estoy seguro de por qué ese flujo de trabajo está dando valores faltantes para su conjunto de datos. Podrían ser algunas cosas, como que no faltan suficientes datos de genotipo para esos SNP (aunque exista la anotación) o alguna otra razón, como valores faltantes para la información Q o K para esos SNP. ¿Es posible compartir qué configuración usó para ese flujo de trabajo? Las capturas de pantalla son buenas para cada pestaña.
En este caso, creo que sería mejor ponerse en contacto con support@jmp.com para ver si pueden ayudar a solucionar el origen de los problemas para esa versión particular de JMP Genomics.
