缺失值 gwas 分析大家好,
我正在尝试运行我的 GWAS 分析。 在 7 号染色体中获取结果时,会出现一些缺失值。 我不明白为什么会这样。 有人能帮我吗?

分析视窗回复:缺失值 gwas 分析你好@SuperEla ,
您使用的是 JMP Genomics 还是 JMP Pro? 哪个版本?另外,您是如何进行 GWAS 分析的?
谢谢,
回复:缺失值 gwas 分析几秒钟前我的另一个想法是,从那时起,您的每个样本都有可能丢失这些 SNP 的数据。 基因型是数字编码还是其他编码?
回复:缺失值 gwas 分析你好@Chris_Kirchberg ,
感谢你能这么快回复。 我正在使用 JMP Genomics 13.2。 我通过工作流程 > 高级 > 遗传 QK 分析工作流程运行分析。
让我知道这些信息是否有帮助。
回复:缺失值 gwas 分析@Chris_Kirchberg
基因型是数字的。我知道不应该有任何缺失值,因为我的注释数据集(地图)包含每条染色体的所有信息。
回复:缺失值 gwas 分析谢谢你提供的详情。该版本号是指 JMP Genomics 正在使用的 JMP 版本。 您是否从“帮助”>“关于 JMP”选项中获得了该号码?
我不确定为什么该工作流程会为您的数据集提供缺失值。 可能是因为这些 SNP 没有足够的非缺失基因型数据(即使存在注释),也可能是其他一些原因,例如这些 SNP 的 Q 或 K 信息缺失值。 是否可以共享您用于该工作流程的设置? 屏幕截图适用于每个选项卡。
在这种情况下,我认为最好联系support@jmp.com看看他们是否可以帮助解决特定版本的 JMP Genomics 的问题根源。