Analyse gwas des valeurs manquantesBonjour à tous,
J'essaie d'exécuter mon analyse GWAS. Lors de l'obtention des résultats sur le chromosome 7, certaines valeurs manquantes apparaissent. Je ne comprends pas pourquoi il apparaît de cette façon. Est-ce que quelqu'un peut m'aider?
Analytiqueles fenêtresRe : Analyse gwas des valeurs manquantesSalut @SuperEla ,
Utilisez-vous JMP Genomics ou JMP Pro ? Quelle version ?De plus, comment exécutez-vous votre analyse GWAS ?
Merci,
Re : Analyse gwas des valeurs manquantesUne autre pensée que j'ai eue il y a quelques secondes était le potentiel de données manquantes pour ces SNP à partir de ce moment-là pour chacun de vos échantillons. Les génotypes sont-ils codés numériquement ou par un autre codage ?
Re : Analyse gwas des valeurs manquantesBonjour @Chris_Kirchberg ,
Merci pour la réponse rapide. J'utilise JMP Genomics 13.2. J'ai exécuté l'analyse via des flux de travail> avancé> flux de travail d'analyse QK génétique.
Faites-moi savoir si cette information vous aide.
Re : Analyse gwas des valeurs manquantes@Chris_Kirchberg
Les génotypes sont numériques.Je comprends qu'il ne devrait y avoir aucune valeur manquante puisque mon ensemble de données d'annotation (carte) contient toutes les informations pour chaque chromosome.
Re : Analyse gwas des valeurs manquantesMerci pour l'information.I ce numéro de version fait référence à la version de JMP utilisée par JMP Genomics. Avez-vous obtenu le numéro de l'option Aide > À propos de JMP ?
Je ne sais pas pourquoi ce flux de travail donne des valeurs manquantes pour votre ensemble de données. Il peut s'agir de quelques éléments, comme le manque de données de génotype non manquantes pour ces SNP (même si l'annotation existe) ou d'une autre raison, comme des valeurs manquantes pour les informations Q ou K pour ces SNP. Est-il possible de partager les paramètres que vous avez utilisés pour ce workflow ? Les captures d'écran sont bonnes pour chaque onglet.
Dans ce cas, je pense qu'il serait préférable de contacter support@jmp.com pour voir s'ils peuvent aider à résoudre la source des problèmes pour cette version particulière de JMP Genomics.
