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Analisi gwas valori mancanti

Ciao a tutti,

 

Sto cercando di eseguire la mia analisi GWAS. Quando si ottengono i risultati nel cromosoma 7, compaiono alcuni valori mancanti. Non capisco perché appaia in questo modo. Qualcuno può aiutarmi?

 

 

AnaliticafinestreRe: Analisi gwas valori mancanti

Ciao @SuperEla ,

 

Stai usando JMP Genomics o JMP Pro? Quale versione?Inoltre, come stai eseguendo l'analisi GWAS?

Grazie,

Re: Analisi gwas valori mancanti

Un altro pensiero che ho avuto qualche secondo fa è stato il potenziale di dati mancanti per quegli SNP da quel momento in poi per ciascuno dei tuoi campioni. I genotipi sono codificati numericamente o altre codifiche?

Re: Analisi gwas valori mancanti

Ciao @Chris_Kirchberg ,

 

Grazie per la rapida risposta. Sto usando JMP Genomics 13.2. Ho eseguito l'analisi attraverso flussi di lavoro > avanzato > flusso di lavoro di analisi genetica QK.

 

Fammi sapere se questa informazione aiuta.

Re: Analisi gwas valori mancanti

@Chris_Kirchberg

 

I genotipi sono numerici.Comprendo che non dovrebbe esserci alcun valore mancante poiché il mio set di dati di annotazione (mappa) ha tutte le informazioni per ogni cromosoma.