Analisi gwas valori mancantiCiao a tutti,
Sto cercando di eseguire la mia analisi GWAS. Quando si ottengono i risultati nel cromosoma 7, compaiono alcuni valori mancanti. Non capisco perché appaia in questo modo. Qualcuno può aiutarmi?
AnaliticafinestreRe: Analisi gwas valori mancantiCiao @SuperEla ,
Stai usando JMP Genomics o JMP Pro? Quale versione?Inoltre, come stai eseguendo l'analisi GWAS?
Grazie,
Re: Analisi gwas valori mancantiUn altro pensiero che ho avuto qualche secondo fa è stato il potenziale di dati mancanti per quegli SNP da quel momento in poi per ciascuno dei tuoi campioni. I genotipi sono codificati numericamente o altre codifiche?
Re: Analisi gwas valori mancantiCiao @Chris_Kirchberg ,
Grazie per la rapida risposta. Sto usando JMP Genomics 13.2. Ho eseguito l'analisi attraverso flussi di lavoro > avanzato > flusso di lavoro di analisi genetica QK.
Fammi sapere se questa informazione aiuta.
Re: Analisi gwas valori mancanti@Chris_Kirchberg
I genotipi sono numerici.Comprendo che non dovrebbe esserci alcun valore mancante poiché il mio set di dati di annotazione (mappa) ha tutte le informazioni per ogni cromosoma.
Re: Analisi gwas valori mancantiGrazie per l'informazione.Il numero di versione si riferisce alla versione di JMP utilizzata da JMP Genomics. Hai ottenuto il numero dall'opzione Aiuto>Informazioni su JMP?
Non sono sicuro del motivo per cui quel flusso di lavoro sta fornendo valori mancanti per il tuo set di dati. Potrebbero essere alcune cose come non abbastanza dati genotipici non mancanti per quegli SNP (anche se l'annotazione esiste) o qualche altro motivo come valori mancanti per le informazioni Q o K per quegli SNP. È possibile condividere le impostazioni utilizzate per quel flusso di lavoro? Gli screenshot sono buoni per ogni scheda.
In questo caso, penso che potrebbe essere meglio contattare support@jmp.com per vedere se possono aiutare a risolvere l'origine dei problemi per quella particolare versione di JMP Genomics.
