缺失值 gwas 分析大家好,
我正在嘗試運行我的 GWAS 分析。 在 7 號染色體中獲取結果時,出現了一些缺失值。 我不明白為什麼會這樣。 有人能幫我嗎?

分析視窗回复:缺失值 gwas 分析你好@SuperEla ,
您使用的是 JMP Genomics 還是 JMP Pro? 哪個版本?另外,您是如何進行 GWAS 分析的?
謝謝,
回复:缺失值 gwas 分析幾秒鐘前我的另一個想法是,從那時起,您的每個樣本都有可能丟失這些 SNP 的數據。 基因型是數字編碼還是其他編碼?
回复:缺失值 gwas 分析你好@Chris_Kirchberg ,
感謝你能這麼快回复。 我正在使用 JMP Genomics 13.2。 我通過工作流程 > 高級 > 遺傳 QK 分析工作流程運行分析。
讓我知道這些信息是否有幫助。
回复:缺失值 gwas 分析@Chris_Kirchberg
基因型是數字的。我知道不應該有任何缺失值,因為我的註釋數據集(地圖)包含每條染色體的所有信息。
回复:缺失值 gwas 分析謝謝你提供的詳情。該版本號是指 JMP Genomics 正在使用的 JMP 版本。 您是否從“幫助”>“關於 JMP”選項中獲得了該號碼?
我不確定為什麼該工作流程會為您的數據集提供缺失值。 可能是因為這些 SNP 沒有足夠的非缺失基因型數據(即使存在註釋),也可能是其他一些原因,例如這些 SNP 的 Q 或 K 信息缺失值。 是否可以共享您用於該工作流程的設置? 屏幕截圖適用於每個選項卡。
在這種情況下,我認為最好聯繫support@jmp.com看看他們是否可以幫助解決特定版本的 JMP Genomics 的問題根源。