Fehlende Werte gwas-AnalyseHallo alle,
Ich versuche, meine GWAS-Analyse auszuführen. Beim Erhalten der Ergebnisse in Chromosom 7 erscheinen einige fehlende Werte. Ich verstehe nicht, warum es so erscheint. Kann mir jemand helfen?
AnalytikFensterBetreff: Fehlende Werte gwas AnalyseHi @SuperEla ,
Verwenden Sie JMP Genomics oder JMP Pro? Welche Version?Und wie führen Sie Ihre GWAS-Analyse durch?
Vielen Dank,
Betreff: Fehlende Werte gwas AnalyseEin weiterer Gedanke, den ich vor ein paar Sekunden hatte, war die Möglichkeit, dass ab diesem Zeitpunkt für jede Ihrer Proben Daten für diese SNPs fehlen. Werden die Genotypen numerisch oder anderweitig kodiert?
Betreff: Fehlende Werte gwas AnalyseHallo @Chris_Kirchberg ,
Danke für die schnelle Antwort. Ich verwende JMP Genomics 13.2. Ich habe die Analyse über Workflows > Erweitert > Arbeitsablauf für genetische QK-Analyse durchgeführt.
Lassen Sie mich wissen, ob diese Informationen helfen.
Betreff: Fehlende Werte gwas Analyse@Chris_Kirchberg
Die Genotypen sind numerisch.Ich verstehe, dass es keinen fehlenden Wert geben sollte, da mein Annotationsdatensatz (Karte) alle Informationen für jedes Chromosom enthält.
Betreff: Fehlende Werte gwas AnalyseDanke für die Auskunft.Diese Versionsnummer bezieht sich auf die Version von JMP, die JMP Genomics verwendet. Haben Sie die Nummer über die Option „Hilfe“ > „Über JMP“ erhalten?
Ich bin mir nicht sicher, warum dieser Workflow fehlende Werte für Ihren Datensatz angibt. Es könnte ein paar Dinge sein, wie nicht genügend nicht fehlende Genotypdaten für diese SNPs (obwohl die Anmerkung vorhanden ist) oder andere Gründe wie fehlende Werte für Q- oder K-Informationen für diese SNPs. Ist es möglich, die Einstellungen zu teilen, die Sie für diesen Workflow verwendet haben? Screenshots sind gut für jede Registerkarte.
In diesem Fall denke ich, dass es am besten ist, Kontakt aufzunehmen support@jmp.com um zu sehen, ob sie helfen können, die Ursache der Probleme für diese bestimmte Version von JMP Genomics zu beheben.
