ANOVA 与二进制数据 - 这些极端异常值是什么意思？您好，我有一大组二进制数据 (0, 1)。 我正在使用 JMP Genomics ANOVA 来比较两组之间的平均值。 我预计第 1 组和 HC 之间存在显着差异，因为某些基因在火山图和相关数据上均不显着。 例如，对于 Gene S，第 1 组具有 100% 的同质性（平均值为 1），而 HC 的平均值为 0.2。 但是，火山图（附加）显示 X 值为 -10，Y 值仅为 0.3（其中 1.3 的 Y 值很重要）。 你能告诉我是什么导致了这些不重要的极端 X 轴值吗？ X 轴上有两组不与其他点一起参与 V，我不确定这些异常值是什么意思。
我想确保我为我的数据使用了正确的设置，因为我真的希望像 Gene S 这样的基因在各组之间存在显着差异。
下面是一些具体的设置：
模型分布：二进制
链接功能：Logit
简单的区别
多重测试方法：FDR
-log10（p 值）截止值：1.3
我还包括了我用于 ANOVA 的数据输入以及仅 Gene S 的相关数据输出作为示例。
另外，任何人都可以指出用于计算方差分析和相关数据的特定公式的文档吗？ 当我手动计算 LSMean 时，我得到的结果与 JMP 不同，所以我想看看具体计算了什么来获取相关数据文件中的数据。
非常感谢您的帮助！！！
分析图形其他回复：二进制数据的方差分析 - 这些极端异常值是什么意思？你好@JMPUser5400 ,
如果您使用的是 ANOVA，则文档从这里开始：过程描述 (jmp.com)
但是，在 ANOVA 的对话框中，有“？”每个提供更多信息的选项旁边。要注意的一件事是每个选项卡都有一组默认选项。 一个可能会给您带来问题的选项是在标准化方法设置为 STD 的选项选项卡中。 我认为你不需要这个，因为你有二进制数据。 尝试选择顶部的空白选项，这意味着不使用标准化方法。
在没有看到实际数据的情况下，很难解决您为什么会出现与预期不同的问题。 即使在较大的平均差异中，每组的方差也会影响 p 值。 所以在 HC 中，所有 1 的平均值可能为 0.2，但方差可能非常大。 此外，第 1 组（全为 1）中的方差为 0 也可能会导致问题。
我怀疑问题可能是标准化方法。
您也可以联系support@jmp.com深入了解实施细节以及在数据敏感时获得额外帮助。
干杯，
回复：二进制数据的方差分析 - 这些极端异常值是什么意思？你好@Chris_Kirchberg ,
谢谢您的答复！ 不幸的是，将标准化方法更改为空白并不能解决问题，但感谢您的建议。
我附上了用于 ANOVA 分析的输入数据以及 JMP 生成的输出“关联数据”。 它是匿名的，但 Gene S 对应于 Gene #7092。 这是您需要的数据吗？ 我很乐意发送任何有助于解决这个问题的东西！
另外，我已经阅读了所有的“？”和 JMP Genomics User's Guides on ANOVA，不幸的是，它们都没有列出这些计算中使用的具体公式。
再次感谢！
回复：二进制数据的方差分析 - 这些极端异常值是什么意思？谢谢@JMPUser5400 ,
这正是我希望看到的。 我已经尝试了基因 7092 本身以及所有其他基因，并获得了与您在 JMP Genomics 中所做的相同的 p 值。 我尝试单独使用 JMP（基因 7092 作为 Y，两组作为 X 在 Fit Y by X 中使用单向方差分析或偶然性）并得到一个非常小的 p 值，它可以满足 -log10(p -值）= 1.3 截止值，因此具有统计学意义。我会联系技术支持（ support@jmp.com ) 来弄清楚为什么会有这样的差异，因为我无法解释为什么会有如此大的不同。 我也一定错过了什么。
您还可以使用顶部分析>筛选菜单下的响应筛选平台，并能够执行与 JMP Genomics ANOVA 相同的任务。唯一的区别是您必须在 JMP 中导入 Excel 文件（轻松拖放并确保前两行是标题），转置数据，然后将包含组和示例信息的列解析为两列（文本到 Cols>Utilities 下的列）。 响应筛选的输出不会为您提供火山图，但如果您从 Response Screening 旁边的红色三角形中选择 Save Compare Means，您可以使用差异作为 X 制作火山图，然后创建一个转换 Plain Dif PValue 的列到 -log10(p-value) 在 Y 上绘图。
问题：当你手动计算 LSMeans 时，你是怎么做的？
顺便说一句，我们在 JMP Genomics 中使用 SAS PROC GLIMMIX 进行 ANOVA 模型（概述：PROC GLIMMIX :: SAS/STAT(R) 13.1 用户指南）。 此链接包含许多我们在 JMP Genomics 中未使用的详细信息和选项，但在适当时提供了每个选项背后的数学基础。
另请注意，火山图中显示的 p 值未经过 FDR 校正。 仅校正水平线（截止）。 因此，当您使用 Enter new -log10(p) 截止值 1.3 时，它会显示一条线，用于每个基因的截止值以及未校正的 p 值。
回复：二进制数据的方差分析 - 这些极端异常值是什么意思？嗨，克里斯，
谢谢您的答复。 您是否能够在 JMP Pro 上指定 Binary 和 Logit 方法？ 我有 JMP Pro，但是，我并不精通它，也无法在那里找到用于 Oneway 分析的那些规范。 在这种情况下，JMP Pro 可能假设正态分布，因此给出了不同的答案。 我手工进行的计算也假设了一个正态分布（我只是做了一个经典的均方和 F 检验方法），并且 P 值非常低（如 0.0000004）。 尽管模型不正确，但我同意二进制方法会如此大地改变 P 值是很奇怪的。 尤其是当存在其他基因的数据看起来更差但 p 值显着时。 我可以就这些差异联系技术支持，但是，您介意解释一下您是如何获得 JMP Pro 结果的，以便我可以将信息传递给他们吗？ 谢谢！
在您的第一个回复中，您提到差异是一个问题。 看了数据之后，你认为这可能是问题所在吗？ 第 1 组的数据过于同质？ 如果是这样，我该如何解决这个问题？
感谢您提供有关 GLIMMIX 的信息！ 我没有找到那个资源。
