À l'heure actuelle, beaucoup d'entre vous ont vu le annonce récente que notre produit JMP Genomics actuel ne sera plus vendu à de nouveaux clients après le 31 mars St .Cette décision a suscité plusieurs questions en interne, et à mesure que les clients entendront cette nouvelle, nous nous attendons à ce qu'ils aient des questions similaires. Voici quelques-unes de ces questions ainsi que les réponses du développement et de la gestion des produits.
Question : Abandonnons-nous nos clients JMP Genomics ?Les méthodes et outils d’analyse de données « -omic » constituent-ils toujours une partie importante de notre vision et de notre feuille de route produit ?
Réponse : Non, nous n'abandonnons pas nos clients, et oui, nous avons pleinement l'intention de soutenir nos clients dans le domaine de la génomique et des sciences de la vie connexes mieux que jamais – mais maintenant avec JMP Pro et non avec un produit distinct dédié à la génomique. Le domaine de la génomique est de plus en plus utilisé et important, au-delà de la simple recherche universitaire ou fondamentale, et nous espérons que nos clients actuels et futurs voudront utiliser nos produits pour résoudre des problèmes importants dans ce domaine.
Question : Pourquoi prenons-nous cette décision maintenant et si rapidement ?
Réponse : Les améliorations prévues pour JMP Pro 17 offriront un niveau avancé de fonctionnalités et de performances qui lui permettront de fonctionner de manière autonome sans que SAS fournisse des capacités d'analyse supplémentaires.De plus, nous devons désormais tracer notre propre voie et nous ne proposerons plus de produits SAS dans le cadre de nos offres de produits JMP après cette année.Dans le même temps, des plans étaient déjà en place pour mettre en œuvre une transition afin que nos produits des sciences de la vie utilisent uniquement JMP.Avec toutes ces considérations, c’est le meilleur moment pour prendre cette décision.
Question : Quels seront les avantages de cette transition ?
Réponse : Le produit JMP Genomics précédent possédait un frontal JMP et utilisait SAS comme back-end, ce qui présentait certains inconvénients :
- Il était difficile à installer car il nécessitait un package d'installation volumineux (12 Go), principalement à cause des composants SAS. Désormais, grâce à Genomics dans JMP Pro, il est facile à télécharger (moins de 1 Go) et rapide à installer.
- Les utilisateurs de génomique devaient commander une version spéciale de JMP. Ils disposeront désormais des fonctionnalités dont ils ont besoin dans JMP Pro : il ne sera pas nécessaire d'acquérir un autre produit ou un module complémentaire.
- SAS était requis dans les versions précédentes car JMP ne disposait pas de toutes les fonctionnalités nécessaires pour gérer les données génomiques, notamment l'importation et certaines méthodes statistiques. Désormais, JMP peut effectuer presque toutes ces tâches sans avoir recours à SAS.
- L'utilisation d'ensembles de données SAS sur disque souffrait d'un accès lent au disque, de fichiers volumineux non compressés et d'une inadéquation entre les fichiers SAS et JMP. Sous JMP Pro les fichiers seront bien plus petits, sous forme compressée, directement accessibles sur toutes les plateformes, et toutes les analyses se feront en mémoire, bien, bien plus rapidement.
- Auparavant, les fichiers devaient souvent être empilés sous une forme « haute », avec peu de colonnes et un grand nombre de lignes. La forme haute était un gaspillage, avec des données sur le sujet répétées sur tous les éléments de ce sujet. C'est bien mieux sous forme « large » ; non seulement il est beaucoup plus compact, mais il utilise de nombreuses nouvelles fonctionnalités de JMP Pro pour rendre la gestion de données étendues rapide et facile.
- Nous avons supprimé les goulots d'étranglement dans JMP Pro 17 qui ralentissaient auparavant la gestion de centaines de milliers de colonnes. Les routines couramment utilisées sont désormais multithread et optimisées pour des problèmes étendus, parfois des centaines de fois plus rapides qu'auparavant.
Question : Quelles capacités et fonctionnalités y aura-t-il dans JMP Pro 17 qui répondront aux besoins des utilisateurs actuels de génomique et qui attireront les scientifiques en données génomiques ?
Réponse : JMP Pro 17 sera l'un des seuls progiciels d'analyse avancée offrant la combinaison d'une expérience utilisateur interactive et engageante qui permet une exploration rapide par pointer-cliquer des données génomiques, des outils avancés de modélisation multivariée et prédictive et une interface flexible et intuitive. plate-forme adaptative (via JMP Scripting et l'intégration avec d'autres outils de science des données). Les nouvelles fonctionnalités de JMP Pro pour ce type de travail incluent :
- Améliorations des performances et des résultats sur plusieurs plates-formes (y compris Dépistage des réponses , Composants principaux , Modèle adapté , Coupe Mixte , Hiérarchique Regroupement , Clustering K-Means ) pour mieux gérer les grandes tables larges
- Un nouveau sous-menu Génétique avec deux nouvelles plateformes : Statistiques des marqueurs et Simulation de marqueurs
- Méthodes de réduction et de synthèse de dimensions multivariées, notamment t-SNE et UMAP, dans un nouveau Incorporation multivariée plate-forme
- Importation simplifiée des fichiers Illumina IDAT
- Nouveaux supports de formation détaillés fournissant de nombreux conseils, stratégies et flux de travail courants d’analyse génomique
Les outils traditionnels d’analyse des données génomiques étaient généralement basés sur la programmation, ce qui nécessitait une longue courbe d’apprentissage pour apprendre le langage de programmation. Avec JMP Pro, tout est interactif, pointer-cliquer, simple d'accès et d'utilisation. Tous les graphiques sont entièrement interactifs et l'analyse devient un voyage de découverte, suivant les indices et les enseignements des graphiques. Comparez cela avec le processus de travail basé sur des scripts, chargé d'apprentissage et de planification à l'avance, qui domine le processus avec les outils open source. Avec JMP, les chercheurs peuvent se concentrer sur leur sujet, plutôt que de passer tout leur temps à lutter contre les outils d'analyse.Pour les utilisateurs avancés qui possèdent déjà ces compétences et outils de programmation et de script, JMP Pro leur sera également bénéfique, en leur donnant la possibilité d'effectuer une analyse interactive rapide afin qu'ils puissent rapidement comprendre leurs données et leur permettant de mieux partager leurs informations. avec les autres.
Question : L'analyse des données génomiques dans JMP Pro 17 offrira-t-elle la même expérience utilisateur, ou sera-t-elle différente ?
Réponse : Le style de fonctionnement de JMP Pro 17 pour les utilisateurs de Genomics sera différent de celui du produit JMP Genomics : au lieu de remodeler et de caractériser vos données afin qu'elles correspondent à un flux de travail d'analyse prédéterminé, les utilisateurs pourront accéder directement au utiliser les outils de JMP Pro et créer leurs propres flux de travail personnalisés.
Des questions supplémentaires ?
Si vous avez d'autres questions, n'hésitez pas à commenter ci-dessous ou à les envoyer à Sam Gardner ( @SamGardner ) dans Gestion des produits JMP.
@wendytseng Je ne suis pas sûr des éléments exacts qui ont été optimisés pour de nombreuses colonnes. Peut être @SamGardner serait en mesure de le découvrir grâce au développement.
Concernant l'avantage suivant... est-ce uniquement dans Pro ?Par exemple, peut-on s'attendre à des performances différentes en matière de filtrage des réponses dans JMP et JMP Pro, toutes choses égales par ailleurs ?
« Nous avons supprimé les goulots d'étranglement dans JMP Pro 17 qui ralentissaient auparavant la gestion de centaines de milliers de colonnes.Les routines couramment utilisées sont désormais multithread et optimisées pour des problèmes étendus , parfois des centaines de fois plus rapide que avant."
@wendytseng , il n'y a pas de liste à ma connaissance. Il est préférable d'indiquer ce que nous pouvons faire et si ce qu'un utilisateur souhaite n'est pas là mais est quelque chose qu'il a fait dans JMP Genomics, alors mettez-le sur la liste de souhaits. De nombreuses fonctionnalités ne sont pas disponibles dans JMP/JMP Pro, mais dans JMP Genomics. La manière dont JMP Genomics a abordé les données peut être définie dans JMP/JMP Pro, mais en plusieurs étapes combinant quelques fonctionnalités différentes.
Quelles fonctionnalités existaient dans JMP Genomics et ne sont pas dans JMP Pro ?(Faites-moi savoir si cette information existe ailleurs.)
Nous n'aurons pas de menu Genomics séparé ni de Genomics Starter pour JMP Pro.Il existe deux nouvelles plates-formes, Marker Statistics et Marker Simulation, qui se trouvent dans un sous-menu séparé sous le menu Analyse.
Existe-t-il un menu Génomique sur le nouveau JMP Pro, au lieu du menu Genomics Starter du JMP Genomics actuel ?
@DonMcCormack JMP Pro sera livré avec toutes ces plates-formes et fonctionnalités.
Les nouvelles plateformes JMPG seront-elles disponibles pour tous les utilisateurs de JMP Pro ?
