Hasta ahora, muchos de ustedes han visto el anuncio reciente que nuestro producto actual JMP Genomics ya no se venderá a nuevos clientes después del 31 de marzo calle .Esta decisión ha generado varias preguntas internas y, a medida que los clientes escuchen esta noticia, esperamos que tengan preguntas similares. Estas son algunas de esas preguntas junto con las respuestas de desarrollo y gestión de productos.
Pregunta: ¿Estamos abandonando a nuestros clientes de JMP Genomics?¿Siguen siendo los métodos y herramientas de análisis de datos "ómicos" una parte importante de la visión y hoja de ruta de nuestro producto?
Respuesta: No, no estamos abandonando a nuestros clientes y sí, tenemos toda la intención de apoyar a nuestros clientes de genómica y ciencias biológicas relacionadas mejor que nunca, pero ahora con JMP Pro y no con un producto independiente dedicado a la genómica. El campo de la genómica está creciendo en uso e importancia, más allá de la mera investigación académica o básica, y esperamos que nuestros clientes actuales y futuros quieran utilizar nuestros productos para resolver problemas importantes en esta área.
Pregunta: ¿Por qué estamos dando este paso ahora mismo y tan rápido?
Respuesta: Las mejoras planificadas para JMP Pro 17 proporcionarán un nivel avanzado de capacidad y rendimiento que le permitirá funcionar por sí solo sin la necesidad de que SAS proporcione capacidades de análisis adicionales.Además, ahora debemos forjar nuestro propio camino y ya no proporcionaremos productos SAS como parte de ninguna de nuestras ofertas de productos JMP después de este año.Al mismo tiempo, ya existían planes para implementar una transición para que nuestros productos de ciencias biológicas utilicen únicamente JMP.Con todas estas consideraciones, este es el mejor momento para tomar esta decisión.
Pregunta: ¿Cuáles serán algunos de los beneficios de esta transición?
Respuesta: El producto anterior de JMP Genomics tenía un front-end JMP y usaba SAS como back-end, y por eso tenía algunos inconvenientes:
- Fue difícil de instalar porque requirió un paquete de instalación grande (12 GB), principalmente debido a los componentes SAS. Ahora, con Genomics dentro de JMP Pro, es fácil de descargar (menos de 1 GB) y rápido de instalar.
- Los usuarios de genómica tuvieron que solicitar una versión especial de JMP. Ahora tendrán las funciones que necesitan dentro de JMP Pro; no será necesario obtener un producto o complemento diferente.
- Se requería SAS en versiones anteriores porque JMP no tenía todas las funciones necesarias para manejar datos de Genomics, incluida la importación y algunos métodos estadísticos. Ahora JMP puede hacer casi todas estas cosas sin necesidad de SAS.
- El uso de conjuntos de datos SAS en el disco sufría de acceso lento al disco, archivos grandes sin comprimir y una falta de coincidencia entre los archivos SAS y JMP. Con JMP Pro, los archivos serán mucho más pequeños, estarán comprimidos, serán directamente accesibles para todas las plataformas y todos los análisis se realizarán en la memoria, mucho, mucho más rápido.
- Anteriormente, los archivos a menudo tenían que apilarse en forma "alta", con pocas columnas y una gran cantidad de filas. La forma alta era un desperdicio, con datos del sujeto repetidos en todos los elementos de ese tema. Es mucho mejor en forma "ancha"; no sólo es mucho más compacto sino que utiliza muchas características nuevas en JMP Pro para hacer que el manejo de una gran cantidad de datos sea rápido y fácil.
- Hemos eliminado los cuellos de botella en JMP Pro 17 que anteriormente ralentizaban el manejo de cientos de miles de columnas. Las rutinas comúnmente utilizadas ahora son multiproceso y están optimizadas para problemas amplios, a veces cientos de veces más rápido que antes.
Pregunta: ¿Qué capacidades y características habrá en JMP Pro 17 que satisfagan las necesidades de los usuarios actuales de Genomics y que atraerán a los científicos de datos genómicos?
Respuesta: JMP Pro 17 será uno de los únicos paquetes de software de análisis avanzado que brindará la combinación de una experiencia de usuario interactiva y atractiva que permite una exploración rápida de datos genómicos con solo apuntar y hacer clic, herramientas avanzadas de modelado multivariado y predictivo, y un sistema flexible y Plataforma adaptativa (a través de JMP Scripting e integración con otras herramientas de ciencia de datos). Las nuevas capacidades de JMP Pro para este tipo de trabajo incluyen:
- Mejoras de rendimiento y resultados en varias plataformas (incluidas Evaluación de respuesta , Componentes principales , Modelo de ajuste , Ajuste mixto , Jerárquico Agrupación , Agrupación de K-medias ) para manejar mejor mesas grandes y anchas
- Un nuevo submenú de Genética con dos nuevas plataformas: Estadísticas de marcadores y Simulación de marcadores
- Métodos de resumen y reducción de dimensiones multivariantes, incluidos t-SNE y UMAP, en un nuevo Incrustación multivariante plataforma
- Importación simplificada de archivos IDAT de Illumina
- Nuevos materiales de capacitación detallados que brindan numerosos consejos, estrategias y flujos de trabajo de análisis genómicos comunes.
Las herramientas tradicionales para analizar datos genómicos tendían a estar basadas en programación, lo que requería una larga curva de aprendizaje para aprender el lenguaje de programación. Con JMP Pro todo es interactivo, apuntar y hacer clic, acceder y usar fácilmente. Todos los gráficos son completamente interactivos y el análisis se convierte en un viaje de descubrimiento, siguiendo pistas y buscando ideas a partir de los gráficos. Compare esto con el proceso de trabajo basado en guiones, cargado de aprendizaje y planificación anticipada, que domina el proceso con herramientas de código abierto. Con JMP, los investigadores pueden concentrarse en el tema en cuestión, en lugar de perder todo el tiempo luchando contra las herramientas de análisis.Para los usuarios avanzados que ya tienen esas habilidades y herramientas de programación y basadas en scripts, JMP Pro también será beneficioso para ellos, brindándoles la capacidad de realizar análisis interactivos rápidos para que puedan comprender rápidamente sus datos y permitirles compartir mejor sus conocimientos. con otros.
Pregunta: ¿El análisis de datos genómicos de JMP Pro 17 tendrá la misma experiencia de usuario o será diferente?
Respuesta: El estilo de funcionamiento de JMP Pro 17 para usuarios de Genomics será diferente al del producto JMP Genomics: en lugar de remodelar y caracterizar sus datos para que se ajusten a un flujo de trabajo de análisis predeterminado, los usuarios podrán acceder directamente al fácil utilizar herramientas en JMP Pro y crear sus propios flujos de trabajo personalizados.
¿Alguna pregunta adicional?
Si tiene alguna otra pregunta, no dude en comentar a continuación o enviarla a Sam Gardner ( @SamGardner ) en Gestión de productos JMP.
@wendytseng No estoy seguro de los elementos exactos que se optimizaron para muchas columnas. Tal vez @SamGardner Podría averiguarlo en desarrollo.
Respecto al siguiente beneficio... ¿es solo en Pro?Por ejemplo, ¿se esperaría un rendimiento diferente en la detección de respuestas en JMP frente a JMP Pro, en igualdad de condiciones?
"Hemos eliminado los cuellos de botella en JMP Pro 17 que anteriormente ralentizaban el manejo de cientos de miles de columnas.Las rutinas comúnmente utilizadas ahora son multiproceso y están optimizadas para problemas amplios. , a veces cientos de veces más rápido que antes."
@wendytseng , no hay una lista que yo sepa. Es mejor señalar lo que podemos hacer y si lo que un usuario quiere no está ahí pero fue algo que hizo en JMP Genomics, entonces ponerlo en la Lista de deseos. Hay muchas capacidades que no están en JMP/JMP Pro pero sí en JMP Genomics. La forma en que JMP Genomics abordó los datos se puede realizar en JMP/JMP Pro, pero se requieren varios pasos con algunas capacidades diferentes combinadas.
¿Qué capacidades había en JMP Genomics que no son en JMP Pro?(Avíseme si esta información existe en otro lugar).
No tendremos un menú Genomics separado ni Genomics Starter para JMP Pro.Hay dos nuevas plataformas, Estadísticas de marcadores y Simulación de marcadores, que se encuentran en un submenú separado en el menú Analizar.
¿Existe un menú Genomics en el nuevo JMP Pro, en lugar del Genomics Starter del JMP Genomics actual?
@DonMcCormack JMP Pro vendrá con todas estas plataformas y funciones.
¿Las nuevas plataformas JMPG estarán disponibles para todos los usuarios de JMP Pro?
