ここまでで、ご覧になった方も多いと思いますが、最近の発表現在の JMP Genomics 製品は 3 月 31 日以降、新規顧客への販売は終了します。セント。この決定により、社内ではいくつかの疑問が生じており、お客様もこのニュースを聞いて同様の疑問を持つことになると予想されます。 ここでは、それらの質問の一部と、開発および製品管理からの回答を紹介します。
質問: JMP Genomics の顧客を見捨てることになるのでしょうか?「-omic」データ分析手法とツールは依然として当社の製品ビジョンとロードマップの重要な部分を占めていますか?
回答: いいえ、私たちは顧客を見捨てているわけではありません。はい、ゲノミクスおよび関連するライフ サイエンスの顧客をこれまで以上にサポートするつもりです。ただし、ゲノミクス専用の個別の製品ではなく、JMP Pro を使用するようになりました。 ゲノミクス分野は学術研究や基礎研究を超えてその利用と重要性が高まっており、現在および将来の顧客がこの分野の重要な問題を解決するために当社の製品を使用したいと考えるようになると予想しています。
質問: なぜ今、これほど急速にこの動きを進めているのでしょうか?
回答: JMP Pro 17 で計画されている改善により、高度なレベルの機能とパフォーマンスが提供され、SAS が追加の分析機能を提供する必要がなくても自立できるようになります。さらに、当社は独自の道を切り開く必要があり、今年以降、JMP 製品の一部として SAS 製品を提供することはなくなります。同時に、当社のライフ サイエンス製品でのみ JMP を使用する移行を実施する計画がすでに策定されていました。これらすべてを考慮すると、今がこの決定を下す最適な時期です。
質問: この移行の利点にはどのようなものがありますか?
回答: 以前の JMP Genomics 製品には JMP フロントエンドがあり、SAS をバックエンドとして使用していましたが、そのためにいくつかの欠点がありました。
- 主に SAS コンポーネントが原因で、大規模なインストール パッケージ (12 GB) が必要になるため、インストールは困難でした。 JMP Pro 内に Genomics が組み込まれているため、ダウンロードが簡単 (1 GB 未満) で、インストールも高速です。
- ゲノミクス ユーザーは特別バージョンの JMP を注文する必要がありました。 必要な機能が JMP Pro 内に備わるようになり、別の製品やアドオンを入手する必要はなくなります。
- JMP にはインポートや一部の統計手法など、ゲノミクス データの処理に必要な機能がすべて備わっていなかったので、以前のバージョンでは SAS が必要でした。 現在、JMP は SAS を必要とせずに、これらのほとんどすべてのことを行うことができます。
- ディスク上で SAS データ セットを使用すると、ディスク アクセスが遅くなり、非圧縮ファイルが大きくなり、SAS ファイルと JMP ファイル間の不一致が発生します。 JMP Pro では、ファイルは圧縮形式ではるかに小さくなり、すべてのプラットフォームに直接アクセスでき、すべての分析がメモリ内で行われるため、はるかに高速になります。
- 以前は、ファイルを列数が少なく、行数が膨大な「縦長」の形式に積み重ねる必要があることがよくありました。 縦長の形式は無駄であり、主題データがその主題のすべての要素にわたって繰り返されていました。 「ワイド」形式の方がはるかに優れています。はるかにコンパクトになっただけでなく、JMP Pro の多くの新機能を利用して、幅広いデータを迅速かつ簡単に処理できるようになりました。
- 以前は数十万の列の処理を遅くしていた JMP Pro 17 のボトルネックが解消されました。 一般的に使用されるルーチンは現在マルチスレッド化され、幅広い問題に対して最適化されており、場合によっては以前よりも数百倍高速になります。
質問: JMP Pro 17 には、現在の Genomics ユーザーのニーズを満たし、ゲノム データ サイエンティストを魅了するどのような機能と特徴がありますか?
回答: JMP Pro 17 は、ポイント アンド クリックによるゲノミクス データの迅速な探索、高度な多変量および予測モデリング ツール、および柔軟な分析ツールと、アダプティブ プラットフォーム (JMP スクリプトおよび他のデータ サイエンス ツールとの統合による)。 この種の作業向けの JMP Pro の新機能には次のものがあります。
- いくつかのプラットフォーム (以下を含む) のパフォーマンスと出力が強化されました。反応スクリーニング、主成分、フィットモデル、フィットミックス、階層的クラスタリング、 K 平均法クラスタリング) 大きくて幅の広いテーブルをより適切に処理するため
- 2 つの新しいプラットフォームを備えた新しい Genetics サブメニュー:マーカーの統計情報そしてマーカーシミュレーション
- 新しいバージョンでの t-SNE や UMAP などの多変量次元削減および要約手法多変量埋め込みプラットホーム
- Illumina IDAT ファイルの効率的なインポート
- 多数のヒント、戦略、一般的なゲノミクス分析ワークフローを提供する新しい詳細なトレーニング資料
ゲノミクスデータを分析するための従来のツールはプログラミングベースである傾向があり、プログラミング言語を習得するには長い学習曲線が必要でした。 JMP Pro を使用すると、すべてがインタラクティブで、ポイントアンドクリック、ウォークアップして簡単に使用できます。 すべてのグラフは完全にインタラクティブであり、分析は手がかりを追ってグラフから洞察を追求する発見の旅になります。 これを、オープンソース ツールを使用したプロセスの大半を占めている、事前計画による学習負荷の高いスクリプトベースの作業プロセスと比較してください。 JMP を使用すると、研究者は分析ツールと格闘することにすべての時間を費やすのではなく、主題に集中できます。プログラミングやスクリプトベースのスキルやツールをすでに持っている上級ユーザーにとっても、JMP Pro は有益であり、迅速なインタラクティブ分析を実行できるため、データを迅速に理解し、洞察をより適切に共有できるようになります。他の人と一緒に。
質問: JMP Pro 17 のゲノミクス データ分析のユーザー エクスペリエンスは同じですか、それとも異なりますか?
回答: Genomics ユーザー向けの JMP Pro 17 の操作スタイルは、JMP Genomics 製品とは異なります。ユーザーは、事前に決定された分析ワークフローに適合するようにデータを再形成して特徴付けるのではなく、簡単なデータに直接アクセスできます。 JMP Pro のツールを使用し、独自のカスタム ワークフローを作成します。
他にご質問はありますか?
他にご質問がございましたら、お気軽に以下にコメントするか、Sam Gardner ( @SamGardner ) JMP 製品管理。
@ウェンディツェン多くの列に対して最適化された正確な項目がわかりません。 多分@SamGardner開発から分かるだろう。
以下の特典ですが…これはProのみなのでしょうか？たとえば、JMP と JMP Pro では、他のすべてが等しい場合の応答スクリーニングで異なるパフォーマンスが期待できるでしょうか?
「以前は数十万のカラムの処理を遅くしていた JMP Pro 17 のボトルネックを解消しました。一般的に使用されるルーチンはマルチスレッド化され、広範な問題に対して最適化されています。 、場合によっては数百倍速い前に。"
@ウェンディツェン、私の知っているリストはありません。 私たちに何ができるかを指摘し、ユーザーが望んでいることがそこにはなく、JMP Genomics で実行したことである場合は、それをウィッシュリストに追加する方が良いでしょう。 JMP/JMP Pro にはなく、JMP Genomics にはあった機能がたくさんあります。 JMP Genomics がデータにアプローチする方法は JMP/JMP Pro で実行できますが、いくつかの異なる機能を組み合わせて複数のステップを実行します。
JMP Genomics のどの機能がではありませんJMPプロでは？(この情報が他の場所に存在する場合はお知らせください。)
JMP Pro 用の個別の Genomics メニューまたは Genomics Starter はありません。マーカー統計とマーカー シミュレーションという 2 つの新しいプラットフォームがあり、これらは Analyze.menu の下の別のサブメニュー メニューにあります。
現在の JMP Genomics の Genomics Starter の代わりに、新しい JMP Pro に Genomics メニューはありますか?
@donmcormack JMP Pro には、これらのプラットフォームと機能がすべて搭載されています。
新しい JMPG プラットフォームはすべての JMP Pro ユーザーが利用できるようになりますか?
