Ormai molti di voi hanno visto il recente annuncio che il nostro attuale prodotto JMP Genomics non sarà più venduto a nuovi clienti dopo il 31 marzo st .Questa decisione ha portato a diverse domande a livello interno e, man mano che i clienti apprendono questa notizia, ci aspettiamo che abbiano domande simili. Ecco alcune di queste domande insieme alle risposte dello sviluppo e della gestione del prodotto.
Domanda: Stiamo abbandonando i nostri clienti JMP Genomics?I metodi e gli strumenti di analisi dei dati "-omici" sono ancora una parte importante della nostra visione del prodotto e della nostra roadmap?
Risposta: No, non stiamo abbandonando i nostri clienti e sì, intendiamo supportare meglio che mai i nostri clienti nel campo della genomica e delle scienze della vita correlate, ma ora con JMP Pro e non con un prodotto separato dedicato alla genomica. Il campo della genomica sta crescendo in uso e importanza, andando oltre la semplice ricerca accademica o di base, e ci aspettiamo che i nostri clienti attuali e futuri vorranno utilizzare i nostri prodotti per risolvere importanti problemi in questo settore.
Domanda: Perché stiamo facendo questa mossa proprio adesso, e così velocemente?
Risposta: i miglioramenti pianificati per JMP Pro 17 forniranno un livello avanzato di funzionalità e prestazioni che gli consentiranno di funzionare da solo senza la necessità che SAS fornisca funzionalità di analisi aggiuntive.Inoltre, ora dobbiamo tracciare la nostra strada e, a partire da quest'anno, non forniremo più prodotti SAS come parte della nostra offerta di prodotti JMP.Allo stesso tempo, erano già in atto piani per implementare una transizione affinché i nostri prodotti Life Sciences utilizzassero esclusivamente JMP.Con tutte queste considerazioni, questo è il momento migliore per prendere questa decisione.
Domanda: quali saranno alcuni dei vantaggi di questa transizione?
Risposta: Il precedente prodotto JMP Genomics aveva un front-end JMP e utilizzava SAS come back-end e per questo motivo presentava alcuni inconvenienti:
- È stato difficile da installare perché richiedeva un pacchetto di installazione di grandi dimensioni (12 GB), principalmente a causa dei componenti SAS. Ora, con Genomics all'interno di JMP Pro, è facile da scaricare (meno di 1 GB) e veloce da installare.
- Gli utenti di genomica dovevano ordinare una versione speciale di JMP. Ora disporranno delle funzionalità di cui hanno bisogno all'interno di JMP Pro: non sarà più necessario acquistare un prodotto o un componente aggiuntivo diverso.
- SAS era richiesto nelle versioni precedenti perché JMP non disponeva di tutte le funzionalità necessarie per gestire i dati di genomica, inclusa l'importazione e alcuni metodi statistici. Ora JMP può fare quasi tutte queste cose senza bisogno di SAS.
- L'utilizzo dei set di dati SAS su disco presentava un accesso lento al disco, file non compressi di grandi dimensioni e una mancata corrispondenza tra file SAS e JMP. Con JMP Pro i file saranno molto più piccoli, in formato compresso, direttamente accessibili a tutte le piattaforme e tutte le analisi saranno in memoria, molto, molto più veloci.
- In precedenza, i file spesso dovevano essere impilati in una forma "alta", con poche colonne e un numero enorme di righe. Il modulo alto era uno spreco, con i dati del soggetto ripetuti in tutti gli elementi di quel soggetto. È molto meglio nella forma "larga"; non solo è molto più compatto, ma utilizza molte nuove funzionalità di JMP Pro per rendere la gestione di dati di grandi dimensioni semplice e veloce.
- Abbiamo rimosso i colli di bottiglia in JMP Pro 17 che in precedenza rallentavano la gestione di centinaia di migliaia di colonne. Le routine comunemente usate sono ora multithread e ottimizzate per problemi di vasta portata, a volte centinaia di volte più veloci di prima.
Domanda: Quali funzionalità e caratteristiche saranno presenti in JMP Pro 17 in grado di soddisfare le esigenze degli attuali utenti di genomica e di attrarre scienziati specializzati in dati genomici?
Risposta: JMP Pro 17 sarà uno dei pochi pacchetti software di analisi avanzata che offre la combinazione di un'esperienza utente interattiva e coinvolgente che consente una rapida esplorazione "punta e clicca" dei dati genomici, strumenti avanzati di modellazione multivariata e predittiva e un'interfaccia flessibile e piattaforma adattiva (tramite JMP Scripting e integrazione con altri strumenti di data science). Le nuove funzionalità di JMP Pro per questo tipo di lavoro includono:
- Miglioramenti delle prestazioni e dell'output su diverse piattaforme (inclusi Screening della risposta , Componenti principali , Modello adatto , Vestibilità mista , Gerarchico Raggruppamento , K-significa clustering ) per gestire meglio tavoli grandi e larghi
- Un nuovo sottomenu Genetica con due nuove piattaforme: Statistiche dei marcatori E Simulazione dei marcatori
- Metodi di riduzione e riepilogo delle dimensioni multivariate, inclusi t-SNE e UMAP, in una nuova versione Incorporamento multivariato piattaforma
- Importazione semplificata dei file IDAT Illumina
- Nuovi materiali di formazione dettagliati che forniscono numerosi suggerimenti, strategie e flussi di lavoro comuni per l'analisi genomica
Gli strumenti tradizionali per l’analisi dei dati genomici tendevano ad essere basati sulla programmazione, richiedendo una lunga curva di apprendimento per apprendere il linguaggio di programmazione. Con JMP Pro tutto è interattivo, è semplice puntare e fare clic, accedere e utilizzare facilmente. Tutti i grafici sono completamente interattivi e l'analisi diventa un viaggio di scoperta, seguendo indizi e perseguendo approfondimenti dai grafici. Confrontate questo con il processo di lavoro basato su script, gravato dall’apprendimento pianificato in anticipo, che domina il processo con strumenti open source. Con JMP, i ricercatori possono concentrarsi sull'argomento, invece di dedicare tutto il loro tempo a combattere gli strumenti di analisi.Per gli utenti avanzati che già dispongono di competenze e strumenti di programmazione e basati su script, JMP Pro sarà vantaggioso, offrendo loro la possibilità di eseguire analisi interattive rapide in modo che possano comprendere rapidamente i propri dati e consentendo loro di condividere meglio le proprie informazioni. con altri.
Domanda: L'analisi dei dati genomici con JMP Pro 17 offrirà la stessa esperienza utente o sarà diversa?
Risposta: Lo stile di funzionamento di JMP Pro 17 per gli utenti di Genomics sarà diverso rispetto al prodotto JMP Genomics: invece di rimodellare e caratterizzare i dati in modo che si adattino a un flusso di lavoro di analisi predeterminato, gli utenti saranno in grado di accedere direttamente al semplice utilizzare gli strumenti di JMP Pro e creare flussi di lavoro personalizzati.
Altre domande?
Se hai altre domande, non esitare a commentare di seguito o inviarle a Sam Gardner ( @SamGardner ) in Gestione prodotto JMP.
@wendytseng Non sono sicuro degli elementi esatti ottimizzati per molte colonne. Forse @SamGardner sarebbe in grado di scoprirlo dallo sviluppo.
Per quanto riguarda il seguente vantaggio... è disponibile solo nella versione Pro?Ad esempio, ci si aspetterebbe prestazioni diverse nello screening delle risposte in JMP rispetto a JMP Pro a parità di condizioni?
"Abbiamo rimosso i colli di bottiglia di JMP Pro 17 che in precedenza rallentavano la gestione di centinaia di migliaia di colonne.Le routine comunemente utilizzate sono ora multithread e ottimizzate per problemi di ampia portata , a volte centinaia di volte più veloce di Prima."
@wendytseng , non esiste un elenco che io conosca. È meglio sottolineare cosa possiamo fare e se ciò che un utente desidera non c'è ma è stato fatto in JMP Genomics, inserirlo nella Lista dei desideri. Esistono molte funzionalità che non sono presenti in JMP/JMP Pro ma erano presenti in JMP Genomics. Il modo in cui JMP Genomics ha affrontato i dati può essere eseguito in JMP/JMP Pro, ma richiede più passaggi con la combinazione di alcune funzionalità diverse.
Quali funzionalità erano presenti in JMP Genomics non sono in JMP Pro?(Fammi sapere se queste informazioni esistono altrove.)
Non avremo un menu Genomics separato o Genomics Starter per JMP Pro.Sono disponibili due nuove piattaforme, Marker Statistics e Marker Simulation, che si trovano in un sottomenu separato nel menu Analizza.
È presente il menu Genomics sul nuovo JMP Pro, anziché Genomics Starter dell'attuale JMP Genomics?
@DonMcCormack JMP Pro verrà fornito con tutte queste piattaforme e funzionalità.
Le nuove piattaforme JMPG saranno disponibili per tutti gli utenti JMP Pro?
