À ce jour, beaucoup d'entre vous ont vu le annonce récente que notre produit JMP Genomics actuel ne sera plus vendu à de nouveaux clients après le 31 mars st .Cette décision a suscité plusieurs questions en interne, et lorsque les clients apprendront cette nouvelle, nous nous attendons à ce qu'ils se posent des questions similaires. Voici quelques-unes de ces questions ainsi que les réponses du développement et de la gestion des produits.
Question : Abandonnons-nous nos clients JMP Genomics ?Les méthodes et outils d'analyse de données "-omiques" sont-ils toujours une partie importante de notre vision et de notre feuille de route produit ?
Réponse : Non, nous n'abandonnons pas nos clients, et oui, nous avons pleinement l'intention de soutenir nos clients de la génomique et des sciences de la vie connexes mieux que jamais, mais maintenant avec JMP Pro et non avec un produit distinct dédié à la génomique. Le domaine de la génomique est de plus en plus utilisé et important, au-delà de la simple recherche académique ou fondamentale, et nous prévoyons que nos clients actuels et futurs voudront utiliser nos produits pour résoudre des problèmes importants dans ce domaine.
Question : Pourquoi faisons-nous ce mouvement en ce moment, et si vite ?
Réponse : Les améliorations prévues pour JMP Pro 17 fourniront un niveau avancé de fonctionnalités et de performances qui lui permettront de fonctionner de manière autonome sans que SAS n'ait besoin de fournir des fonctionnalités d'analyse supplémentaires.De plus, nous devons maintenant tracer notre propre voie et nous ne fournirons plus de produits SAS dans le cadre de nos offres de produits JMP après cette année.Dans le même temps, des plans étaient déjà en place pour mettre en œuvre une transition afin que nos produits Life Sciences utilisent uniquement JMP.Avec toutes ces considérations, c'est le meilleur moment pour prendre cette décision.
Question : Quels seront certains des avantages de cette transition ?
Réponse : Le produit JMP Genomics précédent avait un frontal JMP et utilisait SAS comme back-end, et à cause de cela présentait quelques inconvénients :
- Il était difficile à installer car il nécessitait un package d'installation volumineux (12 Go), principalement à cause des composants SAS. Désormais, avec Genomics intégré à JMP Pro, il est facile à télécharger (moins de 1 Go) et rapide à installer.
- Les utilisateurs de génomique devaient commander une version spéciale de JMP. Ils disposent désormais des fonctionnalités dont ils ont besoin dans JMP Pro. Il n'est plus nécessaire d'acquérir un produit ou un module complémentaire différent.
- SAS était requis dans les versions précédentes, car JMP ne disposait pas de toutes les fonctionnalités nécessaires pour gérer les données génomiques, y compris l'importation et certaines méthodes statistiques. Maintenant, JMP peut faire presque toutes ces choses sans avoir besoin de SAS.
- L'utilisation d'ensembles de données SAS sur disque souffrait d'un accès disque lent, de fichiers volumineux non compressés et d'une incompatibilité entre les fichiers SAS et JMP. Sous JMP Pro, les fichiers seront beaucoup plus petits, sous forme compressée, directement accessibles à toutes les plates-formes, et toutes les analyses seront en mémoire, beaucoup, beaucoup plus rapidement.
- Auparavant, les fichiers devaient souvent être empilés sous une forme "grande", avec peu de colonnes et un grand nombre de lignes. La forme haute était inutile, avec des données de sujet répétées sur tous les éléments de ce sujet. C'est bien mieux sous forme « large » ; non seulement il est beaucoup plus compact, mais il utilise de nombreuses nouvelles fonctionnalités de JMP Pro pour faciliter et accélérer la gestion de données volumineuses.
- Nous avons supprimé les goulots d'étranglement de JMP Pro 17 qui ralentissaient auparavant la gestion de centaines de milliers de colonnes. Les routines couramment utilisées sont désormais multithread et optimisées pour des problèmes étendus, parfois des centaines de fois plus rapides qu'auparavant.
Question : Quelles fonctionnalités et fonctionnalités de JMP Pro 17 répondront aux besoins des utilisateurs actuels de Genomics et attireront les spécialistes des données génomiques ?
Réponse : JMP Pro 17 sera l'un des seuls progiciels d'analyse avancée offrant la combinaison d'une expérience utilisateur interactive et attrayante qui permet une exploration rapide des données génomiques par pointer-cliquer, des outils avancés de modélisation multivariée et prédictive et une interface flexible et plate-forme adaptative (via JMP Scripting et l'intégration avec d'autres outils de science des données). Les nouvelles fonctionnalités de JMP Pro pour ce type de travail incluent :
- Améliorations des performances et de la sortie sur plusieurs plates-formes (y compris Dépistage des réponses , Composants principaux , Ajuster le modèle , Ajustement Mixte , Hiérarchique Regroupement , Clustering K-Means ) pour mieux gérer les grandes tables larges
- Un nouveau sous-menu Génétique avec deux nouvelles plateformes : Statistiques des marqueurs et Simulation de marqueur
- Méthodes multivariées de réduction et de résumé des dimensions, y compris t-SNE et UMAP, dans une nouvelle Intégration multivariée Plate-forme
- Importation simplifiée des fichiers Illumina IDAT
- De nouveaux supports de formation détaillés fournissant de nombreux conseils, stratégies et flux de travail d'analyse génomique courants
Les outils traditionnels d'analyse des données génomiques avaient tendance à être basés sur la programmation, nécessitant une longue courbe d'apprentissage pour apprendre le langage de programmation. Avec JMP Pro, tout est interactif, pointer-cliquer, parcourir et utiliser facilement. Tous les graphiques sont complètement interactifs et l'analyse devient un voyage de découverte, suivant des indices et poursuivant des idées à partir des graphiques. Comparez cela avec le processus de travail basé sur des scripts, chargé d'apprentissage et planifié à l'avance, qui domine le processus avec des outils open source. Avec JMP, les chercheurs peuvent se concentrer sur le sujet, plutôt que de passer tout leur temps à lutter contre les outils d'analyse.Pour les utilisateurs avancés qui possèdent déjà ces compétences et outils de programmation et de script, JMP Pro leur sera également bénéfique, en leur donnant la possibilité d'effectuer une analyse interactive rapide afin qu'ils puissent rapidement comprendre leurs données et leur permettre de mieux partager leurs informations. avec les autres.
Question : L'analyse des données génomiques dans JMP Pro 17 offrira-t-elle la même expérience utilisateur ou sera-t-elle différente ?
Réponse : Le mode de fonctionnement de JMP Pro 17 pour les utilisateurs de Genomics sera différent de celui du produit JMP Genomics : au lieu de remodeler et de caractériser vos données afin qu'elles correspondent à un flux de travail d'analyse prédéterminé, les utilisateurs pourront accéder directement au outils à utiliser dans JMP Pro et créer leurs propres workflows personnalisés.
Des questions supplémentaires ?
Si vous avez d'autres questions, n'hésitez pas à commenter ci-dessous ou à les envoyer à Sam Gardner ( @SamGardner ) dans la gestion des produits JMP.
Les nouvelles plates-formes JMPG seront-elles disponibles pour tous les utilisateurs de JMP Pro ?
@DonMcCormack JMP Pro viendra avec toutes ces plates-formes et fonctionnalités.
Existe-t-il un menu Genomics sur le nouveau JMP Pro, au lieu de Genomics Starter de JMP Genomics actuel ?
Nous n'aurons pas de menu Genomics distinct ni de Genomics Starter pour JMP Pro.Il existe deux nouvelles plates-formes, Marker Statistics et Marker Simulation, qui se trouvent dans un sous-menu séparé sous le menu Analyze.
